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- PDB-6wos: Structure of broadly neutralizing antibody AR3B -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wos
タイトルStructure of broadly neutralizing antibody AR3B
要素
  • Fab AR3B heavy chain
  • Fab AR3B light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / HCV / broadly neutralizing antibodies / bNAbs / E2 core / IGHV1-69
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.645 Å
データ登録者Tzarum, N. / Wilson, I.A. / Law, M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)Al123365 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)Al106005 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2020
タイトル: An alternate conformation of HCV E2 neutralizing face as an additional vaccine target.
著者: Tzarum, N. / Giang, E. / Kadam, R.U. / Chen, F. / Nagy, K. / Augestad, E.H. / Velazquez-Moctezuma, R. / Keck, Z.Y. / Hua, Y. / Stanfield, R.L. / Dreux, M. / Prentoe, J. / Foung, S.K.H. / ...著者: Tzarum, N. / Giang, E. / Kadam, R.U. / Chen, F. / Nagy, K. / Augestad, E.H. / Velazquez-Moctezuma, R. / Keck, Z.Y. / Hua, Y. / Stanfield, R.L. / Dreux, M. / Prentoe, J. / Foung, S.K.H. / Bukh, J. / Wilson, I.A. / Law, M.
履歴
登録2020年4月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Fab AR3B heavy chain
L: Fab AR3B light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4542
ポリマ－47,4542
非ポリマー00
水7,350408
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3190 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area19740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.341, 72.167, 135.468
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.200, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11L-491-

HOH

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要素

#1: 抗体 Fab AR3B heavy chain


分子量: 24035.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Fab AR3B light chain


分子量: 23418.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 408 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20% (w/v) PEG 3350, 0.2M Na thiocyanate, 10% ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.645→35 Å / Num. obs: 52082 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 2.6 % / CC1/2: 0.92 / Net I/σ(I): 24.2
反射 シェル解像度: 1.645→1.68 Å / Num. unique obs: 1976 / CC1/2: 0.72

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
Blu-Ice3.25データ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6BKC

6bkc


解像度: 1.645→29.768 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.76
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2317 2547 4.89 %
Rwork0.1937 --
obs0.1955 52069 96.08 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 91.84 Å2 / Biso mean: 23.0917 Å2 / Biso min: 7.39 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.645→29.768 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3216 0 0 408 3624
Biso mean---32.21 -
残基数----427
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063291
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8544480
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059510
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006573
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2321981
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.645-1.67630.3655810.3222193268
1.6763-1.71060.3421420.29241884
1.7106-1.74770.33611230.2729258492
1.7477-1.78840.31391400.2543278095
1.7884-1.83310.2711310.2445269696
1.8331-1.88270.28831510.2279280299
1.8827-1.93810.27471400.2301287499
1.9381-2.00060.23381680.22312772100
2.0006-2.07210.24131330.21982861100
2.0721-2.1550.24751790.20912850100
2.155-2.25310.24191520.20892863100
2.2531-2.37180.25151450.2032856100
2.3718-2.52030.25551530.20522849100
2.5203-2.71480.24691840.20512810100
2.7148-2.98780.2211250.19632857100
2.9878-3.41960.22541280.18072893100
3.4196-4.30630.19021190.1493292899
4.3063-29.7680.16431530.1492289799

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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