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- PDB-6wn8: 2.70 Angstrom Resolution Crystal Structure of Uracil Phosphoribos... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wn8
タイトル2.70 Angstrom Resolution Crystal Structure of Uracil Phosphoribosyl Transferase from Klebsiella pneumoniae
要素Uracil phosphoribosyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / Uracil Phosphoribosyl Transferase
機能・相同性
機能・相同性情報


uracil salvage / uracil phosphoribosyltransferase / uracil phosphoribosyltransferase activity / UMP salvage / GTP binding / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Uracil phosphoribosyltransferase, bacterial-type / Uracil phosphoribosyl transferase / Uracil phosphoribosyltransferase / : / Rossmann fold - #2020 / Phosphoribosyltransferase-like / Phosphoribosyltransferase domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
sucrose / beta-D-fructopyranose / Uracil phosphoribosyltransferase / Uracil phosphoribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Dubrovska, I. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: Microbiol Resour Announc / 年: 2023
タイトル: A Structural Systems Biology Approach to High-Risk CG23 Klebsiella pneumoniae.
著者: Inniss, N.L. / Kochan, T.J. / Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Chang, C. / Tan, K. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Pshenychnyi, S. / Wu, R. / Dubrovska, I. / Babnigg, G. / Endres, M. / ...著者: Inniss, N.L. / Kochan, T.J. / Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Chang, C. / Tan, K. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Pshenychnyi, S. / Wu, R. / Dubrovska, I. / Babnigg, G. / Endres, M. / Anderson, W.F. / Hauser, A.R. / Joachimiak, A. / Satchell, K.J.F.
履歴
登録2020年4月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年6月14日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / citation_author / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_abbrev ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uracil phosphoribosyltransferase
B: Uracil phosphoribosyltransferase
C: Uracil phosphoribosyltransferase
D: Uracil phosphoribosyltransferase
E: Uracil phosphoribosyltransferase
F: Uracil phosphoribosyltransferase
G: Uracil phosphoribosyltransferase
H: Uracil phosphoribosyltransferase
I: Uracil phosphoribosyltransferase
J: Uracil phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)239,466130
ポリマ－228,66610
非ポリマー10,800120
水8,521473
1
A: Uracil phosphoribosyltransferase
B: Uracil phosphoribosyltransferase
C: Uracil phosphoribosyltransferase
D: Uracil phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,03754
ポリマ－91,4664
非ポリマー4,57150
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22410 Å2
ΔGint-699 kcal/mol
Surface area31120 Å2
手法PISA
2
E: Uracil phosphoribosyltransferase
F: Uracil phosphoribosyltransferase
G: Uracil phosphoribosyltransferase
H: Uracil phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,91151
ポリマ－91,4664
非ポリマー4,44547
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22120 Å2
ΔGint-667 kcal/mol
Surface area31110 Å2
手法PISA
3
I: Uracil phosphoribosyltransferase
J: Uracil phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子

I: Uracil phosphoribosyltransferase
J: Uracil phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,03750
ポリマ－91,4664
非ポリマー3,57046
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area21340 Å2
ΔGint-685 kcal/mol
Surface area30880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)203.349, 203.349, 157.775
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 10分子 ABCDEFGHIJ

#1: タンパク質
Uracil phosphoribosyltransferase / UMP pyrophosphorylase / UPRTase


分子量: 22866.570 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (肺炎桿菌)
遺伝子: upp, C4Y86_021390, C4Z38_007125, E3U37_17930, E3U38_17635, E9161_15415, E9167_16225, EJ893_03135, FAT88_15980, NCTC9504_02023, RJA_06790
プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): (DE3)magic
参照: UniProt: A0A1Y0PUH0, UniProt: A6TCB0*PLUS, uracil phosphoribosyltransferase

-
糖 , 2種, 6分子

#2: 多糖 beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose / sucrose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: sucrose
記述子タイププログラム
DFrufb2-1DGlcpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖
ChemComp-BDF / beta-D-fructopyranose / beta-D-fructose / D-fructose / fructose / β-D-フルクトピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DFrupbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-fructopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-FrupIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FruSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 587分子

#4: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物...
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 473 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 69 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: Protein: 10.8 mg/ml, 0.5M Sodium chloride, 0.01M Tris pH 8.3; Screen (AmSO4, H2): 0.1M Sodium acetate pH 4.6, 2.0M Ammonium sulfate; Cryo: 25% Sucrose, 2.0M Ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年3月7日 / 詳細: BE
放射モノクロメーター: DIAMOND(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→30 Å / Num. obs: 103165 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 55.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.098 / Rsym value: 0.09 / Χ2: 1.006 / Net I/σ(I): 20.3
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.79 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 5133 / CC1/2: 0.737 / CC star: 0.921 / Rpim(I) all: 0.332 / Rrim(I) all: 0.857 / Rsym value: 0.79 / Χ2: 1.001 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ehj

2ehj


解像度: 2.7→29.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 19.449 / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.389 / ESU R Free: 0.25
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2187 5203 5 %RANDOM
Rwork0.1888 ---
obs0.1903 97876 99.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 157.93 Å2 / Biso mean: 55.587 Å2 / Biso min: 30.24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å2-0.02 Å20 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3---0.1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→29.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15854 0 561 473 16888
Biso mean--90.02 53.56 -
残基数----2087
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.01316597
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01716101
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1671.63722542
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.2911.57637410
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg1.15952085
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg9.32623.435655
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg5.445152990
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg6.7921570
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.050.22209
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0540.0217725
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0530.022865
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.308 355 -
Rwork0.291 7134 -
all-7489 -
obs--99.63 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.4910.0702-0.54584.7821-1.49323.3229-0.05510.2604-0.7852-0.1975-0.0666-0.47780.14830.31930.12170.36330.01450.01630.1944-0.05020.232392.886135.650518.2784
29.95282.98825.72162.12362.28143.7740.08810.191-0.05190.0247-0.16270.155-0.0320.17280.07460.1836-0.020.04820.16950.00350.050588.813642.072224.69
33.5682-0.29675.98191.2449-1.35710.9695-0.02670.04690.105-0.0637-0.1165-0.1231-0.24160.23480.14320.2162-0.03790.03850.0319-0.02870.116196.81853.304334.7816
44.0782-0.09641.18792.07940.24856.58020.1440.01390.3909-0.32080.1712-0.233-0.3696-0.0312-0.31520.3097-0.02060.04350.036-0.00170.097487.480555.379615.5514
52.1833-0.3618-0.32354.43660.91753.66780.05530.26310.0682-0.49570.018-0.1877-0.29310.3915-0.07330.2815-0.04830.07430.15420.03230.040796.0150.681813.0595
64.8916-2.705-2.98725.55473.86073.0294-0.18510.17530.0050.0282-0.00970.3440.0665-0.04370.19480.2493-0.0187-0.01770.11280.04170.065478.902143.50611.9631
72.60241.7489-0.80061.9847-1.87664.0360.1139-0.03980.0225-0.1048-0.0831-0.4168-0.25370.5707-0.03090.526-0.13650.14690.5435-0.05860.7324101.206741.579242.1405
81.6861-2.7659-3.46385.73827.660511.1503-0.11520.0681-0.1262-0.1312-0.08850.3226-0.20780.22930.20370.16860.0049-0.04440.24740.01240.220191.922938.769637.7687
90.1013-0.01470.35141.55120.61028.61530.00840.0008-0.1038-0.1058-0.15130.02190.0970.09130.1430.0666-0.0028-0.03020.10020.00020.159586.27128.752329.4808
102.59850.0177-1.06662.759-1.970411.07090.015-0.0818-0.50030.17650.05880.25490.0820.1866-0.07380.0854-0.0453-0.00820.04880.03440.127185.762924.723549.1842
112.89521.42961.5032.82830.84033.22920.15450.0407-0.16940.11540.0247-0.13530.17230.3635-0.17920.02590.0148-0.02450.0680.01450.067897.52826.618446.93
1211.5963-0.4662-0.14380.2401-0.02610.0137-0.058-0.37820.44430.05530.08250.0947-0.02290.0253-0.02450.178-0.01-0.02410.1691-0.00390.136492.619242.152955.3168
133.1137-1.60020.85233.02940.61071.02140.20970.0621-0.2378-0.072-0.43490.831-0.191-0.45760.22530.41650.1245-0.00720.4231-0.00070.486759.028739.142638.5767
141.3674-2.704-1.277210.63794.5542.7947-0.03650.0899-0.0428-0.01170.15190.066-0.07430.1297-0.11550.0907-0.00040.02520.09710.03170.104468.911340.906538.8556
150.60011.4850.27057.0994-1.07851.0201-0.0097-0.11580.02150.42940.02960.1078-0.2531-0.2027-0.01990.22260.023-0.00730.0697-0.00560.081974.181354.481648.9241
162.85930.9678-1.46495.2755-1.99613.8004-0.0055-0.4131-0.01540.0412-0.16550.06030.1247-0.04520.1710.1544-0.0269-0.05310.09480.01310.126372.863733.273852.3981
172.17730.70080.2741.806-0.1692.8040.0967-0.39810.30590.4285-0.20440.3174-0.0761-0.24180.10770.2154-0.02090.05320.1309-0.00990.196964.515538.092954.8378
188.78910.2913-0.14240.1920.5923.93360.17640.2884-0.60670.1834-0.00420.01220.2771-0.0996-0.17220.2529-0.0150.00170.01760.0110.213264.49724.119742.3118
193.3575-0.04030.26322.0135-0.78525.7691-0.1993-0.58870.40990.22250.13170.3296-0.555-0.38430.06760.44250.1001-0.00810.1306-0.03690.366768.11962.828438.7274
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+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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