PDB-6rmc: Crystal structure of the DEAH-box ATPase Prp2 in complex with Spp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6rmc

タイトル

Crystal structure of the DEAH-box ATPase Prp2 in complex with Spp2 and ADP

要素

Putative mRNA splicing factor
Putative pre-mRNA splicing protein

キーワード

HYDROLASE / Prp2 / DEAH-box ATPase / G-patch / spliceosome

機能・相同性

機能・相同性情報

catalytic step 2 spliceosome / RNA splicing / helicase activity / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / mRNA processing / hydrolase activity / RNA helicase / RNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Hamann, F. / Neumann, P. / Schmitt, A. / Ficner, R.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Structural analysis of the intrinsically disordered splicing factor Spp2 and its binding to the DEAH-box ATPase Prp2.
著者: Hamann, F. / Schmitt, A. / Favretto, F. / Hofele, R. / Neumann, P. / Xiang, S. / Urlaub, H. / Zweckstetter, M. / Ficner, R.

履歴

登録	2019年5月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年2月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年2月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6rmc.cif.gz	555.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6rmc.ent.gz	456.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6rmc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rm/6rmc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rm/6rmc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6rm8C 6rm9C 6rmaC 6rmbC 4yb2 PDB 未公開エントリS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3sz2-d 2oza-d 3rfc-1 5e38-d 4xiu-d 4me6-1 2w7p-1 3pvz-2 3e5n-1 3qzw-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Putative mRNA splicing factor

B: Putative mRNA splicing factor

C: Putative pre-mRNA splicing protein

D: Putative pre-mRNA splicing protein

ヘテロ分子

157 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative mRNA splicing factor

C: Putative pre-mRNA splicing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
78.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Putative mRNA splicing factor

D: Putative pre-mRNA splicing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
78.6 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	74.730, 113.690, 191.740
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(CHAIN A AND (NAME CA OR NAME N OR NAME...
2	1	(CHAIN B AND (NAME CA OR NAME N OR NAME...
1	2	(CHAIN A AND (NOT (NAME CA OR NAME N OR...
2	2	(CHAIN B AND (NOT (NAME CA OR NAME N OR...

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	(CHAIN A AND (NAME CA OR NAME N OR NAME...	A	278 - 919
1	2	1	(CHAIN A AND (NAME CA OR NAME N OR NAME...	A	278 - 919
1	3	1	(CHAIN A AND (NAME CA OR NAME N OR NAME...	A	278 - 919
1	4	1	(CHAIN A AND (NAME CA OR NAME N OR NAME...	A	278 - 919
2	1	1	(CHAIN B AND (NAME CA OR NAME N OR NAME...	B	270 - 920
2	2	1	(CHAIN B AND (NAME CA OR NAME N OR NAME...	B	270 - 920
2	3	1	(CHAIN B AND (NAME CA OR NAME N OR NAME...	B	270 - 920
2	4	1	(CHAIN B AND (NAME CA OR NAME N OR NAME...	B	270 - 920
1	1	2	(CHAIN A AND (NOT (NAME CA OR NAME N OR...	A	0
2	1	2	(CHAIN B AND (NOT (NAME CA OR NAME N OR...	B	270 - 920
2	2	2	(CHAIN B AND (NOT (NAME CA OR NAME N OR...	B	270 - 920
2	3	2	(CHAIN B AND (NOT (NAME CA OR NAME N OR...	B	270 - 920
2	4	2	(CHAIN B AND (NOT (NAME CA OR NAME N OR...	B	270 - 920

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Putative mRNA splicing factor 分子量: 72920.586 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 270-921 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類) 遺伝子: CTHT_0063660 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SEG4
#2: タンパク質・ペプチド	Putative pre-mRNA splicing protein 分子量: 5234.946 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 211-254 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類) 遺伝子: CTHT_0071470 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SFN3
#3: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.79 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 100 mM Bicine/Trizma pH 7.5, 11% (w/v) PEG8000, 20% (w/v) ethylene glycol, 20 mM of a monosaccharide mixture (D-glucose, D-mannose, D-galactose, L-fucose, D-xylose and N-acetyl-D-glucosamine)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年8月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 50939 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.04 % / B_iso Wilson estimate: 62.02 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.069 / R_rim(I) all: 0.077 / Χ²: 0.963 / Net I/σ(I): 17.33 / Num. measured all: 256605
反射シェル	解像度: 2.6→2.71 Å / R_merge(I) obs: 0.93 / Mean I/σ(I) obs: 1.83 / Num. unique obs: 6069 / % possible all: 99.7

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4YB2

4yb2
PDB 未公開エントリ

解像度: 2.6→48.896 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.57

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2504	2547	5.01 %
R_work	0.2222	-	-
obs	0.2235	50847	99.55 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 160.73 Å² / B_iso mean: 69.5289 Å² / B_iso min: 32.44 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.6→48.896 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10755	0	56	116	10927
B_iso mean	-	-	80.12	45.08	-
残基数	-	-	-	-	1375

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	11037
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.539	14978
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	1704
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1933
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.102	6740

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	1845	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.298
1	2	B	1845	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.298
2	1	A	2380	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.307
2	2	B	2380	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.307

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.6001-2.6501	0.408	139	0.3808	2632	2771	100
2.6501-2.7042	0.3971	142	0.3668	2677	2819	100
2.7042-2.763	0.3698	140	0.3448	2642	2782	100
2.763-2.8273	0.3228	138	0.3039	2639	2777	99
2.8273-2.898	0.3659	140	0.2945	2665	2805	100
2.898-2.9763	0.329	140	0.2907	2645	2785	100
2.9763-3.0639	0.3159	138	0.289	2635	2773	100
3.0639-3.1627	0.322	142	0.2844	2687	2829	100
3.1627-3.2758	0.2983	139	0.2689	2645	2784	100
3.2758-3.4069	0.3056	141	0.2608	2668	2809	100
3.4069-3.5619	0.2921	141	0.2427	2685	2826	100
3.5619-3.7496	0.2477	141	0.2254	2669	2810	100
3.7496-3.9844	0.2079	142	0.2037	2702	2844	100
3.9844-4.2919	0.2199	141	0.1913	2674	2815	100
4.2919-4.7235	0.2279	143	0.1758	2721	2864	99
4.7235-5.4063	0.1843	144	0.1798	2729	2873	100
5.4063-6.8084	0.2696	145	0.2163	2750	2895	100
6.8084-48.9045	0.1878	151	0.1761	2835	2986	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9016	0.1319	1.0553	0.7606	0.173	1.1987	-0.0162	0.5102	0.3061	-0.2132	-0.108	-0.067	0.0212	0.2089	-0.0517	0.4911	0.0601	0.0061	0.5459	0.1338	0.4786	9.3371	9.9249	-50.8535
2	2.3017	1.5665	0.6549	3.8807	0.7737	1.75	-0.1069	0.0507	-0.3993	-0.2366	0.1957	-0.0377	0.2084	0.1282	0.0002	0.4228	0.0449	-0.0723	0.4119	0.0006	0.5629	17.4168	-15.1258	-35.8279
3	1.5752	-0.0938	-0.2459	1.3448	-1.0778	3.3507	0.12	-0.2597	0.073	0.2461	-0.0644	0.0337	-0.4426	0.2297	-0.0032	0.5578	-0.074	0.0758	0.4446	-0.0839	0.4027	-18.3252	16.6138	13.8251
4	1.6	0.0303	-1.1135	0.6003	0.7971	1.8414	-0.2238	-0.5044	0.1181	0.3779	0.3259	-0.6974	0.1215	1.1235	0.0376	0.6329	0.119	-0.1308	1.0266	-0.1024	0.5035	3.8564	6.028	3.9219
5	1.5413	-0.589	-0.3098	1.0263	0.7263	0.3288	-0.1109	-0.3026	-0.0967	0.3289	0.3148	-0.0612	0.3644	0.5002	0.0497	0.6259	0.107	-0.0676	0.838	-0.0265	0.3772	-1.0853	2.4025	4.3748
6	0.657	-0.0001	-0.2242	0.8643	0.5004	1.6585	-0.0255	0.0875	0.0842	0.0456	0.0594	0.0499	-0.2489	0.093	0.0734	0.5296	0.0113	-0.0537	0.5979	-0.0151	0.4537	-16.067	9.7476	-11.2772
7	2.2371	-1.0841	0.3885	4.0027	0.6271	3.2778	-0.1714	0.1744	-0.5391	0.6215	-0.0239	-0.066	0.7414	0.1968	-0.0523	0.6015	0.0147	0.007	0.3925	-0.0253	0.5634	-21.1757	-15.7665	-8.9352
8	0.3132	-0.2173	-0.1179	0.7439	0.2935	0.1171	0.4163	-0.7742	-1.2625	1.0464	-0.3271	-0.2607	0.5088	-0.0158	-0.0029	0.6349	-0.0096	-0.2062	0.6523	-0.0411	0.8295	28.6513	3.9054	-17.2596
9	0.1377	-0.147	-0.0034	0.1098	0.0167	0.022	0.0605	-0.0833	0.4705	0.0262	0.1455	0.1983	-0.1218	-0.0955	0.0001	0.739	0.0147	0.0379	0.8619	-0.176	0.8655	17.5976	10.8821	-19.0394
10	1.4596	-0.1332	0.781	0.121	0.4248	2.2927	0.8527	-0.1565	-0.4953	0.4944	-0.5617	0.2603	0.9214	-0.5058	0.1322	0.5333	0.0545	0.0103	0.7571	-0.08	0.6009	-4.0789	1.7347	-28.203
11	0.0668	0.0477	-0.0986	0.0396	-0.058	0.1128	-0.9192	0.23	-0.4515	0.4066	-0.3489	0.0338	0.4567	0.0332	-0.002	0.6252	-0.0105	0.0343	0.4975	0.047	0.6686	-6.5426	-7.1622	-32.9964
12	0.2055	0.1068	-0.1985	0.0773	-0.0252	0.1849	-0.3898	1.3924	-0.5901	-1.37	0.1873	0.3522	0.4173	0.2939	-0.0001	0.7821	-0.0076	-0.0005	1.3406	0.0755	0.8902	-26.7534	10.7797	-28.0893
13	0.0521	0.0976	0.1174	0.1788	0.2366	0.2656	-0.3788	0.1139	0.7479	0.54	0.248	-0.3752	-0.6348	0.449	-0.0001	0.6748	0.1262	0.085	1.1299	0.2208	0.7913	-17.2006	17.0481	-25.391
14	0.0782	0.0787	-0.0506	0.0714	-0.0785	0.2294	0.2476	0.2482	0.3349	-0.1744	-0.1637	-0.2984	0.1435	0.2433	0.0003	0.5537	0.0763	-0.0655	0.7851	-0.0206	0.524	1.8406	0.9141	-16.8992
15	0.0661	-0.01	-0.0315	0.0211	0.0476	0.1097	-0.7864	0.0457	-1.1264	-0.096	0.3062	0.3962	0.578	-0.0543	-0.0042	0.5848	-0.0179	0.0824	0.8582	0.1119	0.7565	3.3414	-8.4763	-11.9829

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 278 through 669 )	A	278 - 669
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 670 through 919 )	A	670 - 919
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 270 through 450 )	B	270 - 450
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 451 through 532 )	B	451 - 532
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 533 through 627 )	B	533 - 627
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 628 through 721 )	B	628 - 721
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 722 through 920 )	B	722 - 920
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 211 through 222 )	C	211 - 222
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 223 through 234 )	C	223 - 234
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 235 through 248 )	C	235 - 248
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 249 through 254 )	C	249 - 254
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 211 through 221 )	D	211 - 221
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 222 through 233 )	D	222 - 233
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 234 through 248 )	D	234 - 248
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 249 through 254 )	D	249 - 254

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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