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- PDB-6rm9: Crystal structure of the DEAH-box ATPase Prp2 in complex with Spp... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6rm9 | ||||||
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Title | Crystal structure of the DEAH-box ATPase Prp2 in complex with Spp2 and ADP | ||||||
![]() |
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![]() | HYDROLASE / Prp2 / DEAH-box ATPase / G-patch / spliceosome | ||||||
Function / homology | ![]() catalytic step 2 spliceosome / RNA splicing / helicase activity / mRNA processing / hydrolase activity / RNA helicase / RNA binding / ATP binding / nucleus / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hamann, F. / Neumann, P. / Ficner, R. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural analysis of the intrinsically disordered splicing factor Spp2 and its binding to the DEAH-box ATPase Prp2. Authors: Hamann, F. / Schmitt, A. / Favretto, F. / Hofele, R. / Neumann, P. / Xiang, S. / Urlaub, H. / Zweckstetter, M. / Ficner, R. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 301.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 238.9 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 793.6 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 800.2 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 29.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 43.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6rm8C ![]() 6rmaC ![]() 6rmbC ![]() 6rmcC ![]() 6fa5S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein / Protein/peptide , 2 types, 2 molecules AC
#1: Protein | Mass: 73436.078 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: CTHT_0063660 / Production host: ![]() ![]() |
---|---|
#2: Protein/peptide | Mass: 5234.946 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: CTHT_0071470 / Production host: ![]() ![]() |
-Non-polymers , 6 types, 326 molecules ![](data/chem/img/ADP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: Chemical | ChemComp-ADP / | ||||||
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#4: Chemical | ChemComp-MG / | ||||||
#5: Chemical | #6: Chemical | #7: Chemical | ChemComp-PEG / | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.41 Å3/Da / Density % sol: 49.01 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 100 mM Bis-Tris pH 5.5, 400 mM ammonium sulfate, 23% (w/v) PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Sep 12, 2016 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0332 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.85→68.689 Å / Num. obs: 65564 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 4.552 % / Biso Wilson estimate: 45.421 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rrim(I) all: 0.075 / Χ2: 1.011 / Net I/σ(I): 11.45 / Num. measured all: 298478 / Scaling rejects: 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 6fa5 Resolution: 1.85→68.689 Å / SU ML: 0.23 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Phase error: 25.6
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 127.67 Å2 / Biso mean: 49.1824 Å2 / Biso min: 22.42 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.85→68.689 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 23
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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