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- PDB-4tyh: Ternary complex of P38 and MK2 with a P38 inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tyh
タイトルTernary complex of P38 and MK2 with a P38 inhibitor
要素
  • MAP kinase-activated protein kinase 2
  • Mitogen-activated protein kinase 14
キーワードTransferase/Transferase inhibitor / P38 / MK2 / P38 inhibitor / Transferase-Transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity / CREB phosphorylation / macropinocytosis / Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / p38MAPK events / Activation of the AP-1 family of transcription factors / leukotriene metabolic process / Platelet sensitization by LDL / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / Butyrate Response Factor 1 (BRF1) binds and destabilizes mRNA ...calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity / CREB phosphorylation / macropinocytosis / Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / p38MAPK events / Activation of the AP-1 family of transcription factors / leukotriene metabolic process / Platelet sensitization by LDL / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / Butyrate Response Factor 1 (BRF1) binds and destabilizes mRNA / ERK/MAPK targets / myoblast differentiation involved in skeletal muscle regeneration / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / Synthesis of Leukotrienes (LT) and Eoxins (EX) / NOD1/2 Signaling Pathway / Oxidative Stress Induced Senescence / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / Myogenesis / regulation of tumor necrosis factor production / VEGFA-VEGFR2 Pathway / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / regulation of interleukin-6 production / mitogen-activated protein kinase binding / regulation of synaptic membrane adhesion / positive regulation of macrophage cytokine production / stress-induced premature senescence / cell surface receptor protein serine/threonine kinase signaling pathway / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / positive regulation of myoblast fusion / cellular response to UV-B / toll-like receptor signaling pathway / cartilage condensation / mitogen-activated protein kinase p38 binding / positive regulation of myotube differentiation / NFAT protein binding / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / D-glucose import / p38MAPK cascade / response to dietary excess / fatty acid oxidation / cellular response to lipoteichoic acid / response to muramyl dipeptide / inner ear development / JUN kinase activity / MAP kinase activity / regulation of ossification / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / mitogen-activated protein kinase / chondrocyte differentiation / negative regulation of hippo signaling / positive regulation of myoblast differentiation / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / stress-activated MAPK cascade / skeletal muscle tissue development / regulation of cellular response to heat / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / p38MAPK events / striated muscle cell differentiation / positive regulation of brown fat cell differentiation / response to muscle stretch / regulation of mRNA stability / response to cytokine / positive regulation of interleukin-12 production / Neutrophil degranulation / placenta development / osteoclast differentiation / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / positive regulation of erythrocyte differentiation / DNA damage checkpoint signaling / cellular response to ionizing radiation / positive regulation of D-glucose import / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / stem cell differentiation / Regulation of TNFR1 signaling / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / response to insulin / cell morphogenesis / bone development / cellular response to virus / positive regulation of protein import into nucleus / VEGFA-VEGFR2 Pathway / glucose metabolic process / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / spindle pole / osteoblast differentiation / positive regulation of tumor necrosis factor production / peptidyl-serine phosphorylation / kinase activity / MAPK cascade / cellular response to tumor necrosis factor / cellular response to lipopolysaccharide / angiogenesis / protein phosphatase binding / Oxidative Stress Induced Senescence / response to lipopolysaccharide / transcription by RNA polymerase II
類似検索 - 分子機能
MAP kinase activated protein kinase, C-terminal / Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 ...MAP kinase activated protein kinase, C-terminal / Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-39G / Mitogen-activated protein kinase 14 / MAP kinase-activated protein kinase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3 Å
データ登録者Cumming, J.G. / Debreczeni, J.E. / Edfeldt, F. / Evertsson, F. / Harrison, M. / Holdgate, G. / James, M. / Lamont, S. / Oldham, K. / Sullivan, J.E. / Wells, S.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Discovery of substrate selective, ATP-competitive P38 alpha MAP kinase inhibitors
著者: Cumming, J.G.
履歴
登録2014年7月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / refine_hist
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MAP kinase-activated protein kinase 2
B: Mitogen-activated protein kinase 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,6693
ポリマ－80,2422
非ポリマー4271
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5990 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area31000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.726, 87.726, 229.876
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 MAP kinase-activated protein kinase 2 / MK2


分子量: 40385.805 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 51-400 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPKAPK2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P49137, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 14 / MAPK 14 / CRK1 / Mitogen-activated protein kinase p38 alpha / MAP kinase p38 alpha


分子量: 39856.621 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 6-353 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Mapk14, Crk1, Csbp1, Csbp2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P47811, mitogen-activated protein kinase
#3: 化合物 ChemComp-39G / N-[5-(dimethylsulfamoyl)-2-methylphenyl]-1-phenyl-5-propyl-1H-pyrazole-4-carboxamide


分子量: 426.532 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H26N4O3S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.95 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 9% PEG 4K, 100mM NaCit, pH 5.6 / PH範囲: 5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→100 Å / Num. obs: 18845 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.86 % / Rmerge(I) obs: 0.2 / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 7.94 % / Rmerge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.5.0090 / 分類: 精密化
精密化解像度: 3→43.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.915 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.873 / SU B: 53.929 / SU ML: 0.439 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.528 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.31254 963 5.1 %RANDOM
Rwork0.22828 ---
obs0.2324 17806 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.081 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.18 Å20 Å20 Å2
2--2.18 Å20 Å2
3----4.37 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3→43.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5406 0 30 1 5437
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0225561
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023794
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2921.9667535
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.84839266
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.765671
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.86324.111253
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.93615993
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.2041535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2839
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0216076
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021083
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4561.53372
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0491.51346
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.85825461
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.90332189
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.6234.52073
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3→3.078 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.402 87 -
Rwork0.322 1257 -
obs--99.85 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4378-0.078-0.35720.41360.12840.6060.02460.10520.0357-0.022-0.03570.07770.0477-0.05840.01110.0540.0307-0.00720.08430.00860.020572.668246.4941104.3223
21.6582-0.1306-0.69011.5206-0.42651.7696-0.0362-0.0678-0.3144-0.10990.06030.05760.23730.118-0.02420.03850.0182-0.01280.02430.00810.079194.411834.378399.8943
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A51 - 400
2X-RAY DIFFRACTION2B6 - 353

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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