PDB-6wg0: Crystal structure of Fab366 in complex with NPNA3 peptide from ci...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6wg0

タイトル

Crystal structure of Fab366 in complex with NPNA3 peptide from circumsporozoite protein

要素

Fab366 heavy chain
Fab366 light chain
NPNA3 peptide

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Malaria / Sporozoite / Circumsporozoite protein / Antibody

機能・相同性

機能・相同性情報

entry into host cell by a symbiont-containing vacuole / side of membrane / cell surface / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.599 Å

データ登録者

Pholcharee, T. / Oyen, D. / Wilson, I.A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structural and biophysical correlation of anti-NANP antibodies with in vivo protection against P. falciparum.
著者: Pholcharee, T. / Oyen, D. / Flores-Garcia, Y. / Gonzalez-Paez, G. / Han, Z. / Williams, K.L. / Volkmuth, W. / Emerling, D. / Locke, E. / Richter King, C. / Zavala, F. / Wilson, I.A.

履歴

登録	2020年4月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年7月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年3月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.2	2024年4月3日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6wg0.cif.gz	106.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6wg0.ent.gz	78.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6wg0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6wg0_validation.pdf.gz	424.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6wg0_full_validation.pdf.gz	424.8 KB	表示
XML形式データ	6wg0_validation.xml.gz	19.4 KB	表示
CIF形式データ	6wg0_validation.cif.gz	28.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wg/6wg0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wg/6wg0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6w00C 6w05C 6wfwC 6wfxC 6wfyC 6wfzC 6wg1C 6wg2C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6y54-1 5a16-4 2aj3-2 5trp-d 5mub-2 5b3j-4 5mub-4 1riu-d 6wkm-d 1mju-d 5b4m-1 3utz-3 2vl5-2 6cdm-1 6b5m-d 4tuj-1 5mv4-4 6w4v-d 3kdm-2 5mv3-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: Fab366 heavy chain

L: Fab366 light chain

P: NPNA3 peptide

48.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.662, 68.713, 108.790
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: 抗体	Fab366 heavy chain 分子量: 24034.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体	Fab366 light chain 分子量: 23237.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: タンパク質・ペプチド	NPNA3 peptide 分子量: 1136.132 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 参照: UniProt: P02893*PLUS
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 265 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.6 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.6 / 詳細: 40% PEG600, 0.1 M CHES, pH 9.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月15日
放射	モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.599→50 Å / Num. obs: 56859 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 11.7 % / CC_1/2: 0.954 / R_pim(I) all: 0.022 / R_sym value: 0.076 / Net I/σ(I): 28.9
反射シェル	解像度: 1.599→1.63 Å / 冗長度: 2.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 1420 / CC_1/2: 0.719 / R_pim(I) all: 0.326 / R_sym value: 0.559 / % possible all: 48.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Homology model

解像度: 1.599→45.05 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.87 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2114	2793	4.92 %
R_work	0.1885	-	-
obs	0.1896	56784	94.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.599→45.05 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3349	0	0	265	3614

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3497
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.89	4788
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.581	2785
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	546
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	620

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5994-1.627	0.3671	56	0.3363	1342	X-RAY DIFFRACTION	48
1.627-1.6566	0.2959	99	0.3053	1943	X-RAY DIFFRACTION	69
1.6566-1.6884	0.358	141	0.2766	2479	X-RAY DIFFRACTION	90
1.6884-1.7229	0.3037	134	0.2374	2748	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7229-1.7604	0.2487	136	0.203	2763	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7604-1.8013	0.2066	181	0.1997	2749	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8013-1.8464	0.2339	136	0.1776	2813	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8464-1.8963	0.2258	130	0.1872	2825	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8963-1.9521	0.2248	124	0.1835	2799	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9521-2.0151	0.2023	152	0.1802	2820	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0151-2.0871	0.2076	142	0.1847	2823	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0871-2.1707	0.213	147	0.1833	2807	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1707-2.2695	0.2174	142	0.1873	2834	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2695-2.3891	0.2281	143	0.193	2851	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3891-2.5388	0.2606	157	0.1878	2840	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5388-2.7348	0.1944	150	0.1837	2846	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7348-3.0099	0.2198	149	0.1912	2863	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0099-3.4453	0.2143	174	0.1882	2868	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4453-4.3402	0.1891	147	0.1726	2918	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3402-45.05	0.1798	153	0.1855	3060	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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