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- PDB-6wkm: Fab Fragment of Anti-human LAG3 antibody (22D2) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wkm
タイトルFab Fragment of Anti-human LAG3 antibody (22D2)
要素
  • 22D2 Fab Heavy Chain
  • 22D2 Fab Light Chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Anti Human LAG3
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Agnihotri, P. / Mishra, A.K. / Mariuzza, R.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1R01AI144422-01 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2023
タイトル: CryoEM structure of a therapeutic antibody (favezelimab) bound to human LAG3 determined using a bivalent Fab as fiducial marker.
著者: Arjun K Mishra / Salman Shahid / Sharanbasappa S Karade / Pragati Agnihotri / Alexander Kolesnikov / S Saif Hasan / Roy A Mariuzza /
要旨: Lymphocyte activation gene 3 protein (LAG3) is an inhibitory receptor that is upregulated on exhausted T cells in tumors. LAG3 is a major target for cancer immunotherapy with many anti-LAG3 ...Lymphocyte activation gene 3 protein (LAG3) is an inhibitory receptor that is upregulated on exhausted T cells in tumors. LAG3 is a major target for cancer immunotherapy with many anti-LAG3 antibodies in clinical trials. However, there is no structural information on the epitopes recognized by these antibodies. We determined the single-particle cryoEM structure of a therapeutic antibody (favezelimab) bound to LAG3 to 3.5 Å resolution, revealing that favezelimab targets the LAG3-binding site for MHC class II, its canonical ligand. The small size of the complex between the conventional (monovalent) Fab of favezelimab and LAG3 (∼100 kDa) presented a challenge for cryoEM. Accordingly, we engineered a bivalent version of Fab favezelimab that doubled the size of the Fab-LAG3 complex and conferred a highly identifiable shape to the complex that facilitated particle selection and orientation for image processing. This study establishes bivalent Fabs as new fiducial markers for cryoEM analysis of small proteins.
履歴
登録2020年4月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月6日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: 22D2 Fab Heavy Chain
L: 22D2 Fab Light Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,9772
ポリマ－48,9772
非ポリマー00
水4,540252
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Dimer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3480 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area19860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.800, 97.800, 103.120
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

#1: 抗体 22D2 Fab Heavy Chain


分子量: 25288.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 22D2 Fab Light Chain


分子量: 23688.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 252 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.31 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: PEG 8000, sodium phosphate dibasic, sodium chloride / PH範囲: 8-8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月2日
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→45.65 Å / Num. obs: 29501 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 39 Å2 / CC1/2: 0.98 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.08 / Χ2: 1.23 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Num. unique obs: 2378 / CC1/2: 0.95 / Rpim(I) all: 0.18 / Rrim(I) all: 0.34 / Χ2: 0.62 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC精密化
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-2000データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1mim

1mim


解像度: 2.1→45.61 Å / SU ML: 0.2451 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 26.3459
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2347 1523 5.16 %
Rwork0.2027 27967 -
obs0.2044 29490 98.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 42.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→45.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3301 0 0 253 3554
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00233377
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.52964594
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0416515
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042595
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.73361211
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.170.31241500.26142449X-RAY DIFFRACTION98.34
2.17-2.250.27661240.2452487X-RAY DIFFRACTION98.19
2.25-2.340.31031400.24652498X-RAY DIFFRACTION98.73
2.34-2.440.2991270.24332510X-RAY DIFFRACTION98.8
2.44-2.570.30041390.24692519X-RAY DIFFRACTION98.66
2.57-2.730.25641200.23552517X-RAY DIFFRACTION98.8
2.73-2.940.29381270.24842530X-RAY DIFFRACTION98.96
2.94-3.240.25531440.22562545X-RAY DIFFRACTION99.19
3.24-3.710.27011400.20482567X-RAY DIFFRACTION99.34
3.71-4.670.19791670.16542588X-RAY DIFFRACTION99.57
4.67-45.610.17181450.16842757X-RAY DIFFRACTION99.52

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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