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- PDB-6wcq: Structure of a substrate-bound DQC ubiquitin ligase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wcq
タイトルStructure of a substrate-bound DQC ubiquitin ligase
要素
  • Cullin-1
  • F-box/LRR-repeat protein 17
  • Kelch-like ECH-associated protein 1
  • S-phase kinase-associated protein 1
キーワードLIGASE / ubiquitin / E3-ligase / multiprotein complex / substrate recognition
機能・相同性
機能・相同性情報


Parkin-FBXW7-Cul1 ubiquitin ligase complex / F-box domain binding / PcG protein complex / regulation of epidermal cell differentiation / cullin-RING ubiquitin ligase complex / positive regulation of ubiquitin protein ligase activity / Cul7-RING ubiquitin ligase complex / maintenance of protein location in nucleus / Loss of Function of FBXW7 in Cancer and NOTCH1 Signaling / regulation of smoothened signaling pathway ...Parkin-FBXW7-Cul1 ubiquitin ligase complex / F-box domain binding / PcG protein complex / regulation of epidermal cell differentiation / cullin-RING ubiquitin ligase complex / positive regulation of ubiquitin protein ligase activity / Cul7-RING ubiquitin ligase complex / maintenance of protein location in nucleus / Loss of Function of FBXW7 in Cancer and NOTCH1 Signaling / regulation of smoothened signaling pathway / Nuclear events mediated by NFE2L2 / neural crest cell differentiation / negative regulation of response to oxidative stress / SCF ubiquitin ligase complex / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / Prolactin receptor signaling / ubiquitin ligase complex scaffold activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / cullin family protein binding / protein monoubiquitination / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / protein K48-linked ubiquitination / transcription regulator inhibitor activity / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / inclusion body / cellular response to interleukin-4 / intrinsic apoptotic signaling pathway / molecular function activator activity / Regulation of BACH1 activity / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / animal organ morphogenesis / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / actin filament / Vpu mediated degradation of CD4 / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / Activation of NF-kappaB in B cells / Degradation of GLI1 by the proteasome / Iron uptake and transport / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / Negative regulation of NOTCH4 signaling / G1/S transition of mitotic cell cycle / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / Degradation of GLI2 by the proteasome / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / beta-catenin binding / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / CLEC7A (Dectin-1) signaling / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / FCERI mediated NF-kB activation / centriolar satellite / Interleukin-1 signaling / protein polyubiquitination / Orc1 removal from chromatin / disordered domain specific binding / Regulation of RUNX2 expression and activity / Cyclin D associated events in G1 / KEAP1-NFE2L2 pathway / : / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / Downstream TCR signaling / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / nervous system development / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Neddylation / cellular response to oxidative stress / midbody / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-macromolecule adaptor activity / in utero embryonic development / Potential therapeutics for SARS / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / cell population proliferation / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / Ub-specific processing proteases / regulation of autophagy / protein ubiquitination / chromatin remodeling / protein domain specific binding / ubiquitin protein ligase binding / centrosome / endoplasmic reticulum / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / A Receptor for Ubiquitination Targets / Leucine-rich repeat, cysteine-containing subtype / Leucine-rich repeat - CC (cysteine-containing) subfamily / F-box domain profile. / F-box-like / F-box-like domain superfamily / SKP1 component, dimerisation / S-phase kinase-associated protein 1 / SKP1-like, dimerisation domain superfamily ...: / A Receptor for Ubiquitination Targets / Leucine-rich repeat, cysteine-containing subtype / Leucine-rich repeat - CC (cysteine-containing) subfamily / F-box domain profile. / F-box-like / F-box-like domain superfamily / SKP1 component, dimerisation / S-phase kinase-associated protein 1 / SKP1-like, dimerisation domain superfamily / Skp1 family, dimerisation domain / Kelch-like ECH-associated protein 1 / : / KLHDC2/KLHL20/DRC7 Kelch-repeats domain / F-box domain / BTB-kelch protein / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / BTB And C-terminal Kelch / Cullin protein neddylation domain / Kelch motif / Kelch / Cullin, conserved site / Cullin family signature. / Kelch repeat type 1 / Cullin repeat-like-containing domain superfamily / Cullin protein, neddylation domain / Cullin / Cullin protein neddylation domain / Leucine Rich repeat / Cullin / Cullin, N-terminal / Cullin homology domain / Cullin homology domain superfamily / Cullin alpha solenoid domain / Cullin family profile. / Kelch-type beta propeller / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
S-phase kinase-associated protein 1 / Cullin-1 / Kelch-like ECH-associated protein 1 / F-box/LRR-repeat protein 17
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.5 Å
データ登録者Mena, E.L. / Jevtic, P. / Greber, B.J. / Gee, C.L. / Lew, B.G. / Akopian, D. / Nogales, E. / Kuriyan, J. / Rape, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2020
タイトル: Structural basis for dimerization quality control.
著者: Elijah L Mena / Predrag Jevtić / Basil J Greber / Christine L Gee / Brandon G Lew / David Akopian / Eva Nogales / John Kuriyan / Michael Rape /
要旨: Most quality control pathways target misfolded proteins to prevent toxic aggregation and neurodegeneration. Dimerization quality control further improves proteostasis by eliminating complexes of ...Most quality control pathways target misfolded proteins to prevent toxic aggregation and neurodegeneration. Dimerization quality control further improves proteostasis by eliminating complexes of aberrant composition, but how it detects incorrect subunits remains unknown. Here we provide structural insight into target selection by SCF-FBXL17, a dimerization-quality-control E3 ligase that ubiquitylates and helps to degrade inactive heterodimers of BTB proteins while sparing functional homodimers. We find that SCF-FBXL17 disrupts aberrant BTB dimers that fail to stabilize an intermolecular β-sheet around a highly divergent β-strand of the BTB domain. Complex dissociation allows SCF-FBXL17 to wrap around a single BTB domain, resulting in robust ubiquitylation. SCF-FBXL17 therefore probes both shape and complementarity of BTB domains, a mechanism that is well suited to establish quality control of complex composition for recurrent interaction modules.
履歴
登録2020年3月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年10月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-21617
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-21617
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: S-phase kinase-associated protein 1
B: F-box/LRR-repeat protein 17
C: Kelch-like ECH-associated protein 1
D: Cullin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)183,7504
ポリマ－183,7504
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area7050 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area50560 Å2

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要素

#1: タンパク質 S-phase kinase-associated protein 1 / SKP1 / Cyclin-A/CDK2-associated protein p19 / p19A / Organ of Corti protein 2 / OCP-2 / Organ of ...SKP1 / Cyclin-A/CDK2-associated protein p19 / p19A / Organ of Corti protein 2 / OCP-2 / Organ of Corti protein II / OCP-II / RNA polymerase II elongation factor-like protein / SIII / Transcription elongation factor B polypeptide 1-like / p19skp1


分子量: 18679.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SKP1, EMC19, OCP2, SKP1A, TCEB1L / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P63208
#2: タンパク質 F-box/LRR-repeat protein 17 / F-box and leucine-rich repeat protein 17 / F-box only protein 13


分子量: 44970.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FBXL17, FBL17, FBX13, FBXO13 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9UF56
#3: タンパク質 Kelch-like ECH-associated protein 1 / Cytosolic inhibitor of Nrf2 / INrf2 / Kelch-like protein 19


分子量: 70173.484 Da / 分子数: 1 / Mutation: V99A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KEAP1, INRF2, KIAA0132, KLHL19 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q14145
#4: タンパク質 Cullin-1 / CUL-1


分子量: 49926.520 Da / 分子数: 1 / Fragment: residues 1-434 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CUL1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q13616

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: CUL1-SKP1-FBXL17-KEAP1 complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
緩衝液
IDSpecimen-IDpH
118
228
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1150 mMsodium chlorideNaCl1
220 mMHEPES-NaOH1
31 mMDTT1
4150 mMSodium chlorideNaCl2
520 mMHEPES-NaOH2
61 mMDTT2
試料
IDExperiment-ID包埋シャドウイング染色凍結詳細
11NONONOYESCrosslinked with BS3
21NONONOYESCrosslinked with BS3
試料支持
IDSpecimen-ID詳細グリッドの材料グリッドのサイズ (divisions/in.)グリッドのタイプ
11Glow discharge before deposition of graphene oxide.GOLD300Quantifoil, UltrAuFoil, R1.2/1.3
22A thin carbon film was floated onto the grids, which were glow discharged after drying.COPPERQuantifoil R2/2
急速凍結
ID装置凍結剤湿度 (%)Specimen-ID凍結前の試料温度 (K)Entry-ID
1FEI VITROBOT MARK IVETHANE-PROPANE10012776WCQ
2FEI VITROBOT MARK IVETHANE-PROPANE10022776WCQ

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
EM imaging

加速電圧: 200 kV / アライメント法: COMA FREE / C2レンズ絞り径: 50 µm / 凍結剤: NITROGEN / 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 照射モード: FLOOD BEAM / モデル: FEI TALOS ARCTICA / モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 試料ホルダーモデル: OTHER

ID最小 デフォーカス（公称値） (nm)Specimen-ID
120001
215002
撮影
IDImaging-ID電子線照射量 (e/Å2)フィルム・検出器のモデル撮影したグリッド数検出モード
1160GATAN K3 (6k x 4k)1
2250GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)1SUPER-RESOLUTION

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.16_3549: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリImaging-ID詳細
2SerialEM画像取得1
4CTFFIND4CTF補正
5GctfCTF補正
8UCSF ChimeraモデルフィッティングFIT IN MAP
10SerialEM画像取得2
11RELION3初期オイラー角割当
12cryoSPARC初期オイラー角割当
13RELION3最終オイラー角割当
15RELION3３次元再構成
16PHENIXモデル精密化REAL SPACE REFINE
画像処理詳細: Datasets from K3 and K2 were joined for the final reconstruction.
CTF補正詳細: As implemented in RELION. / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 824561
詳細: Total number of particles for both datasets. Selected using RELION auto-picking (Laplacian-of-Gaussian).
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 8.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 160256 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 2 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: REAL
詳細: Coordinates were fitted as rigid bodies or fragments in Chimera and subsequently geometry-optimized using PHENIX real space refinement.
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
11LDK

1ldk

11LDK1PDBexperimental model
21X1X

1x1x

11X1X2PDBexperimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0028266
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.56211147
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d11.8075061
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0381273
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0031423

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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