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- PDB-1ldk: Structure of the Cul1-Rbx1-Skp1-F boxSkp2 SCF Ubiquitin Ligase Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ldk
タイトルStructure of the Cul1-Rbx1-Skp1-F boxSkp2 SCF Ubiquitin Ligase Complex
要素
  • (CULLIN HOMOLOG) x 2
  • CYCLIN A/CDK2-ASSOCIATED PROTEIN P19
  • SKP2-like protein type gamma
  • ring-box protein 1
キーワードLIGASE / SCF / cullin / rbx1 / roc1 / hrt1 / skp1 / skp2 / F-box / fbox / ubiquitin / ubiquitination / E3 ligase
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of protein polyubiquitination / Parkin-FBXW7-Cul1 ubiquitin ligase complex / F-box domain binding / Aberrant regulation of mitotic exit in cancer due to RB1 defects / PcG protein complex / cullin-RING-type E3 NEDD8 transferase / NEDD8 transferase activity / cullin-RING ubiquitin ligase complex / cellular response to chemical stress / positive regulation of ubiquitin protein ligase activity ...positive regulation of protein polyubiquitination / Parkin-FBXW7-Cul1 ubiquitin ligase complex / F-box domain binding / Aberrant regulation of mitotic exit in cancer due to RB1 defects / PcG protein complex / cullin-RING-type E3 NEDD8 transferase / NEDD8 transferase activity / cullin-RING ubiquitin ligase complex / cellular response to chemical stress / positive regulation of ubiquitin protein ligase activity / Cul7-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the C-end degron rule pathway / maintenance of protein location in nucleus / Loss of Function of FBXW7 in Cancer and NOTCH1 Signaling / positive regulation of protein autoubiquitination / protein neddylation / NEDD8 ligase activity / negative regulation of response to oxidative stress / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / SCF ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / negative regulation of type I interferon production / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / positive regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex / ubiquitin ligase complex scaffold activity / negative regulation of mitophagy / Prolactin receptor signaling / cullin family protein binding / protein K63-linked ubiquitination / protein monoubiquitination / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / protein K48-linked ubiquitination / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / regulation of cellular response to insulin stimulus / positive regulation of TORC1 signaling / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / post-translational protein modification / intrinsic apoptotic signaling pathway / T cell activation / Regulation of BACH1 activity / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / molecular function activator activity / animal organ morphogenesis / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / Vpu mediated degradation of CD4 / cellular response to amino acid stimulus / Degradation of DVL / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / Activation of NF-kappaB in B cells / Degradation of GLI1 by the proteasome / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / Iron uptake and transport / Negative regulation of NOTCH4 signaling / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / Hedgehog 'on' state / Degradation of GLI2 by the proteasome / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / DNA Damage Recognition in GG-NER / RING-type E3 ubiquitin transferase / beta-catenin binding / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / Evasion by RSV of host interferon responses / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Dual Incision in GG-NER / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / CLEC7A (Dectin-1) signaling / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / G1/S transition of mitotic cell cycle / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / FCERI mediated NF-kB activation / Formation of Incision Complex in GG-NER / Interleukin-1 signaling / Orc1 removal from chromatin / Dual incision in TC-NER / Regulation of RAS by GAPs / protein polyubiquitination / positive regulation of protein catabolic process / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / Regulation of RUNX2 expression and activity / G2/M transition of mitotic cell cycle / Cyclin D associated events in G1 / cellular response to UV / KEAP1-NFE2L2 pathway / ubiquitin protein ligase activity / : / MAPK cascade
類似検索 - 分子機能
Cullin; Chain C, Domain 2 / Cullin Repeats / Monooxygenase - #50 / 5 helical Cullin repeat like / Leucine-rich repeat, cysteine-containing subtype / Leucine-rich repeat - CC (cysteine-containing) subfamily / A Receptor for Ubiquitination Targets / F-box domain profile. / F-box-like domain superfamily / F-box-like ...Cullin; Chain C, Domain 2 / Cullin Repeats / Monooxygenase - #50 / 5 helical Cullin repeat like / Leucine-rich repeat, cysteine-containing subtype / Leucine-rich repeat - CC (cysteine-containing) subfamily / A Receptor for Ubiquitination Targets / F-box domain profile. / F-box-like domain superfamily / F-box-like / SKP1 component, dimerisation / S-phase kinase-associated protein 1 / SKP1-like, dimerisation domain superfamily / Skp1 family, dimerisation domain / F-box domain / Zinc finger, RING-H2-type / RING-H2 zinc finger domain / Cullin protein neddylation domain / : / Cullin, conserved site / Cullin family signature. / Cullin repeat-like-containing domain superfamily / Cullin protein, neddylation domain / Cullin / Cullin protein neddylation domain / Monooxygenase / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Cullin / Cullin, N-terminal / Cullin homology domain / Cullin homology domain superfamily / Cullin family / Cullin family profile. / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Ribosomal Protein S5; domain 2 / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Leucine-rich repeat domain superfamily / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Arc Repressor Mutant, subunit A / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase RBX1 / S-phase kinase-associated protein 1 / S-phase kinase-associated protein 2 / Cullin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Zheng, N. / Schulman, B.A. / Song, L. / Miller, J.J. / Jeffrey, P.D. / Wang, P. / Chu, C. / Koepp, D.M. / Elledge, S.J. / Pagano, M. ...Zheng, N. / Schulman, B.A. / Song, L. / Miller, J.J. / Jeffrey, P.D. / Wang, P. / Chu, C. / Koepp, D.M. / Elledge, S.J. / Pagano, M. / Conaway, R.C. / Conaway, J.W. / Harper, J.W. / Pavletich, N.P.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2002
タイトル: Structure of the Cul1-Rbx1-Skp1-F boxSkp2 SCF ubiquitin ligase complex.
著者: Zheng, N. / Schulman, B.A. / Song, L. / Miller, J.J. / Jeffrey, P.D. / Wang, P. / Chu, C. / Koepp, D.M. / Elledge, S.J. / Pagano, M. / Conaway, R.C. / Conaway, J.W. / Harper, J.W. / Pavletich, N.P.
履歴
登録2002年4月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年11月20日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年11月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CULLIN HOMOLOG
B: CULLIN HOMOLOG
C: ring-box protein 1
D: CYCLIN A/CDK2-ASSOCIATED PROTEIN P19
E: SKP2-like protein type gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,9078
ポリマ－118,7115
非ポリマー1963
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9970 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area51510 Å2
手法PISA
2
A: CULLIN HOMOLOG
B: CULLIN HOMOLOG
C: ring-box protein 1
D: CYCLIN A/CDK2-ASSOCIATED PROTEIN P19
E: SKP2-like protein type gamma
ヘテロ分子

A: CULLIN HOMOLOG
B: CULLIN HOMOLOG
C: ring-box protein 1
D: CYCLIN A/CDK2-ASSOCIATED PROTEIN P19
E: SKP2-like protein type gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)237,81416
ポリマ－237,42110
非ポリマー3926
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area23160 Å2
ΔGint-148 kcal/mol
Surface area99800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)219.378, 50.529, 158.610
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 4種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 CULLIN HOMOLOG / cul1


分子量: 45754.766 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 15-410 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pGEX4T1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13616
#2: タンパク質 CULLIN HOMOLOG / cul1


分子量: 42507.910 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 411-776 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pGEX4T1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13616
#3: タンパク質 ring-box protein 1 / Rbx1


分子量: 10655.229 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pGEX4T1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62877
#4: タンパク質 CYCLIN A/CDK2-ASSOCIATED PROTEIN P19 / Skp1 / RNA POLYMERASE II ELONGATION FACTOR-LIKE PROTEIN / ORGAN OF CORTI PROTEIN 2 / OCP-II PROTEIN ...Skp1 / RNA POLYMERASE II ELONGATION FACTOR-LIKE PROTEIN / ORGAN OF CORTI PROTEIN 2 / OCP-II PROTEIN / TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B / SIII


分子量: 15033.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pGEX4T1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63208

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タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 2種, 4分子 E

#5: タンパク質・ペプチド SKP2-like protein type gamma / Skp2-Fbox


分子量: 4759.569 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pGEX4T1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13309
#6: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 5

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.77 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: peg4k, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
1100 mMBTP1reservoir
27-9 %PEG40001reservoir
3200-400 mM1reservoirNaCl
45 mMdithiothreitol1reservoirpH7.0
510-20 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11701
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンCHESS A110.928
シンクロトロンCHESS F120.943
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9281
20.9431
反射解像度: 3.1→20 Å / Num. obs: 30847 / Observed criterion σ(I): 0
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / % possible obs: 88.8 % / Num. measured all: 123884 / Rmerge(I) obs: 0.091
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 63.5 % / Rmerge(I) obs: 0.332 / Mean I/σ(I) obs: 2.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.1→20 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数
Rfree0.331 -
Rwork0.289 -
obs-24828
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7919 0 3 0 7922
精密化
*PLUS
最高解像度: 3.2 Å / 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.289
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg1.7
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.513 / Rfactor Rwork: 0.473

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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