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- PDB-5wkc: Saccharomyces cerevisiae acetohydroxyacid synthase in complex wit... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5wkc | |||||||||
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Title | Saccharomyces cerevisiae acetohydroxyacid synthase in complex with the herbicide penoxsulam | |||||||||
![]() | (Acetolactate synthase catalytic subunit, ...) x 2 | |||||||||
![]() | STRUCTURAL PROTEIN / Transferase / AHAS / acetohydroxyacid synthase / ScAHAS / thiamine diphosphate / flavin adenine dinucleotide / penoxsulam / aminoethenethiol diphosphate / peracetate. | |||||||||
Function / homology | ![]() acetolactate synthase complex / acetolactate synthase / branched-chain amino acid biosynthetic process / acetolactate synthase activity / valine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / thiamine pyrophosphate binding / flavin adenine dinucleotide binding / magnesium ion binding / mitochondrion Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Guddat, W.L. / Lonhienne, G.T. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural insights into the mechanism of inhibition of AHAS by herbicides. Authors: Lonhienne, T. / Garcia, M.D. / Pierens, G. / Mobli, M. / Nouwens, A. / Guddat, L.W. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 945.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 782 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 5wj1C ![]() 1n0hS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Acetolactate synthase catalytic subunit, ... , 2 types, 4 molecules ABED
#1: Protein | Mass: 73597.656 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: UNP residues 58-687 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Protein | | Mass: 73613.664 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 58-687 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 7 types, 1191 molecules ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/PXD.gif)
![](data/chem/img/FAD.gif)
![](data/chem/img/F50.gif)
![](data/chem/img/AUJ.gif)
![](data/chem/img/TP9.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PXD.gif)
![](data/chem/img/FAD.gif)
![](data/chem/img/F50.gif)
![](data/chem/img/AUJ.gif)
![](data/chem/img/TP9.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: Chemical | ChemComp-MG / #4: Chemical | ChemComp-PXD / #5: Chemical | ChemComp-FAD / #6: Chemical | #7: Chemical | ChemComp-AUJ / | #8: Chemical | #9: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.66 Å3/Da / Density % sol: 66.38 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 1 M succinic acid pH 7.0, 0.1 M HEPES pH 7.0 and 1% w/v polyethylene glycol monomethyl ether 2,000. PH range: 6.8 - 7.2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Ambient temp details: Oxford cryostream |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210r / Detector: CCD / Date: Feb 16, 2013 / Details: MIRRORS |
Radiation | Monochromator: SI(III) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9537 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.33→48.79 Å / Num. obs: 183012 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.123 / Rpim(I) all: 0.052 / Net I/σ(I): 11.1 |
Reflection shell | Resolution: 2.33→2.37 Å / Redundancy: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.751 / Num. unique obs: 8829 / Rpim(I) all: 0.316 / % possible all: 98 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1N0H Resolution: 2.334→48.794 Å / SU ML: 0.17 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 16.68 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.334→48.794 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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