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万見
- PDB-1x1x: Water-mediate interaction at aprotein-protein interface -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1x1x
タイトルWater-mediate interaction at aprotein-protein interface
要素
  • Barstar
  • Ribonuclease
キーワードHydrolase/Protein Binding / RNase-inhibitor complex / hydrolase/hydrolase inhibitor / Hydrolase-Protein Binding COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA endonuclease activity / RNA binding / extracellular region / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Barstar-like / Barstar (barnase inhibitor) / Barstar (barnase inhibitor) / Barstar-like superfamily / Barnase; Chain D / : / Barnase / Microbial ribonucleases / Guanine-specific ribonuclease N1/T1/U2 / Ribonuclease/ribotoxin ...Barstar-like / Barstar (barnase inhibitor) / Barstar (barnase inhibitor) / Barstar-like superfamily / Barnase; Chain D / : / Barnase / Microbial ribonucleases / Guanine-specific ribonuclease N1/T1/U2 / Ribonuclease/ribotoxin / ribonuclease / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribonuclease / Barstar
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Ikura, T. / Urakubo, Y. / Ito, N.
引用ジャーナル: Chem.Phys. / 年: 2004
タイトル: Water-mediated interaction at a protein-protein interface
著者: Ikura, T. / Urakubo, Y. / Ito, N.
履歴
登録2005年4月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease
B: Ribonuclease
C: Ribonuclease
D: Barstar
E: Barstar
F: Barstar


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,4946
ポリマ－67,4946
非ポリマー00
水7,873437
1
A: Ribonuclease
D: Barstar


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4982
ポリマ－22,4982
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ribonuclease
E: Barstar


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4982
ポリマ－22,4982
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Ribonuclease
F: Barstar


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4982
ポリマ－22,4982
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)200.095, 43.872, 83.234
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.32, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-184-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Ribonuclease / Barnase / RNase Ba


分子量: 12398.721 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア)
プラスミド: PML2BS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)[PLYSE]
参照: UniProt: P00648, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
#2: タンパク質 Barstar / Ribonuclease inhibitor


分子量: 10099.376 Da / 分子数: 3 / Mutation: C40A, E76A, C82A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア)
プラスミド: PML2BS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)[PLYSE] / 参照: UniProt: P11540
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 437 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.54 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL40B2 / 波長: 1 Å
検出器検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. all: 30754 / Num. obs: 30754 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 25.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 20.5
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS1.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→15 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 450251.74 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.237 2971 10 %RANDOM
Rwork0.191 ---
obs0.191 29741 97.5 %-
all-29741 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 57.1226 Å2 / ksol: 0.384916 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 35.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.88 Å20 Å24.36 Å2
2--3.45 Å20 Å2
3----7.34 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.31 Å0.24 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.31 Å0.21 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4771 0 0 437 5208
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.69
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.351.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.182
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.032
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.892.5
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.308 480 10 %
Rwork0.224 4300 -
obs--94.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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