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- PDB-6vor: Crystal structure of macaque anti-HIV-1 antibody RM20E1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vor
タイトルCrystal structure of macaque anti-HIV-1 antibody RM20E1
要素
  • RM20E1 Fab heavy chain
  • RM20E1 Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / HIV / antibody / non-human primates
機能・相同性GLYCINE
機能・相同性情報
生物種Macaca mulatta (アカゲザル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Yuan, M. / Wilson, I.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)UM1 AI100663 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01 AI110657 米国
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2020
タイトル: Mapping the immunogenic landscape of near-native HIV-1 envelope trimers in non-human primates.
著者: Christopher A Cottrell / Jelle van Schooten / Charles A Bowman / Meng Yuan / David Oyen / Mia Shin / Robert Morpurgo / Patricia van der Woude / Mariëlle van Breemen / Jonathan L Torres / Raj ...著者: Christopher A Cottrell / Jelle van Schooten / Charles A Bowman / Meng Yuan / David Oyen / Mia Shin / Robert Morpurgo / Patricia van der Woude / Mariëlle van Breemen / Jonathan L Torres / Raj Patel / Justin Gross / Leigh M Sewall / Jeffrey Copps / Gabriel Ozorowski / Bartek Nogal / Devin Sok / Eva G Rakasz / Celia Labranche / Vladimir Vigdorovich / Scott Christley / Diane G Carnathan / D Noah Sather / David Montefiori / Guido Silvestri / Dennis R Burton / John P Moore / Ian A Wilson / Rogier W Sanders / Andrew B Ward / Marit J van Gils /
要旨: The induction of broad and potent immunity by vaccines is the key focus of research efforts aimed at protecting against HIV-1 infection. Soluble native-like HIV-1 envelope glycoproteins have shown ...The induction of broad and potent immunity by vaccines is the key focus of research efforts aimed at protecting against HIV-1 infection. Soluble native-like HIV-1 envelope glycoproteins have shown promise as vaccine candidates as they can induce potent autologous neutralizing responses in rabbits and non-human primates. In this study, monoclonal antibodies were isolated and characterized from rhesus macaques immunized with the BG505 SOSIP.664 trimer to better understand vaccine-induced antibody responses. Our studies reveal a diverse landscape of antibodies recognizing immunodominant strain-specific epitopes and non-neutralizing neo-epitopes. Additionally, we isolated a subset of mAbs against an epitope cluster at the gp120-gp41 interface that recognize the highly conserved fusion peptide and the glycan at position 88 and have characteristics akin to several human-derived broadly neutralizing antibodies.
履歴
登録2020年1月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RM20E1 Fab heavy chain
B: RM20E1 Fab light chain
C: RM20E1 Fab heavy chain
D: RM20E1 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,5916
ポリマ－97,4414
非ポリマー1502
水5,765320
1
A: RM20E1 Fab heavy chain
B: RM20E1 Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7202
ポリマ－48,7202
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3430 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area20580 Å2
手法PISA
2
C: RM20E1 Fab heavy chain
D: RM20E1 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,8714
ポリマ－48,7202
非ポリマー1502
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3270 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area20430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.369, 57.741, 92.745
Angle α, β, γ (deg.)98.740, 94.050, 97.830
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: 抗体 RM20E1 Fab heavy chain


分子量: 24589.604 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 RM20E1 Fab light chain


分子量: 24130.783 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシン


タイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5NO2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 320 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.98 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 10.5
詳細: The RM20E1 Fab was crystallized from a solution containing 6.3 mg/mL protein in 1X TBS with a well solution containing 0.1M glycine, pH 10.5, 1.2M NaH2PO4, 0.8M Na2HPO4, and 0.2M Li2SO4, with ...詳細: The RM20E1 Fab was crystallized from a solution containing 6.3 mg/mL protein in 1X TBS with a well solution containing 0.1M glycine, pH 10.5, 1.2M NaH2PO4, 0.8M Na2HPO4, and 0.2M Li2SO4, with 15% ethylene glycol supplemented as cryoprotectant.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 142088 / % possible obs: 85.4 % / 冗長度: 2.7 % / CC1/2: 0.916 / Net I/σ(I): 18.8
反射 シェル解像度: 1.85→1.9 Å / Num. unique obs: 2413 / CC1/2: 0.56

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
xia2データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5IT2

5it2


解像度: 1.85→32.628 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 36.98 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2518 1982 2.61 %
Rwork0.224 73983 -
obs0.2247 75965 76.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 107.35 Å2 / Biso mean: 39.2758 Å2 / Biso min: 14.5 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→32.628 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6710 0 10 320 7040
Biso mean--40.93 39.96 -
残基数----871
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.85-1.89630.4168540.4397217632
1.8963-1.94750.3715740.3528271740
1.9475-2.00480.3507790.3402323247
2.0048-2.06950.3694990.3202383455
2.0695-2.14350.31951250.3098427162
2.1435-2.22930.28941250.3005491371
2.2293-2.33070.35851520.3133575884
2.3307-2.45360.32471740.2769647594
2.4536-2.60720.28041830.2816679698
2.6072-2.80840.30411780.2688667997
2.8084-3.09090.30721890.2524683099
3.0909-3.53770.25891830.2196682099
3.5377-4.45530.20641870.1743669897
4.4553-32.6280.18481800.1649678499

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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