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- PDB-6v0s: Crystal structure of the bromodomain of human BRD9 bound to TG003 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6v0s
タイトルCrystal structure of the bromodomain of human BRD9 bound to TG003
要素Bromodomain-containing protein 9
キーワードGENE REGULATION / BRD9 / mSWI/SNF / BAF / non-BET / BRD / TG003
機能・相同性
機能・相同性情報


GBAF complex / SWI/SNF complex / positive regulation of stem cell population maintenance / negative regulation of cell differentiation / : / nucleic acid binding / chromatin remodeling / positive regulation of cell population proliferation / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin ...GBAF complex / SWI/SNF complex / positive regulation of stem cell population maintenance / negative regulation of cell differentiation / : / nucleic acid binding / chromatin remodeling / positive regulation of cell population proliferation / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF3512 / Domain of unknown function (DUF3512) / : / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily ...Protein of unknown function DUF3512 / Domain of unknown function (DUF3512) / : / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EAE / Bromodomain-containing protein 9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Karim, M.R. / Chan, A. / Schonbrunn, E.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Structural Basis of Inhibitor Selectivity in the BRD7/9 Subfamily of Bromodomains.
著者: Karim, R.M. / Chan, A. / Zhu, J.Y. / Schonbrunn, E.
履歴
登録2019年11月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月11日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain-containing protein 9
B: Bromodomain-containing protein 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9984
ポリマ－28,5002
非ポリマー4992
水1267
1
A: Bromodomain-containing protein 9
ヘテロ分子

B: Bromodomain-containing protein 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9984
ポリマ－28,5002
非ポリマー4992
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area1810 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area12980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.634, 123.013, 31.693
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Auth seq-ID: 138 - 250 / Label seq-ID: 11 - 123

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain AAA
2chain BBB

-
要素

#1: タンパク質 Bromodomain-containing protein 9 / Rhabdomyosarcoma antigen MU-RMS-40.8


分子量: 14249.763 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD9, UNQ3040/PRO9856 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIPL / 参照: UniProt: Q9H8M2
#2: 化合物 ChemComp-EAE / (1~{Z})-1-(3-ethyl-5-methoxy-1,3-benzothiazol-2-ylidene)propan-2-one / TG-003


分子量: 249.329 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C13H15NO2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.44 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸発脱水法
詳細: 0.2 M Li2SO4, 0.1 M HEPES (pH 7.5), 25% w/v PEG 3,350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月30日
放射モノクロメーター: ROSENBAUM-ROCK DOUBLE-CRYSTAL si(220)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→74.63 Å / Num. obs: 12097 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.6 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.034 / Rpim(I) all: 0.011 / Rrim(I) all: 0.036 / Net I/σ(I): 37.4 / Num. measured all: 128464 / Scaling rejects: 6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 99.8

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs
2.4-2.4910.90.3161356812420.9930.10.3327.6
8.98-74.638.30.022243429310.0080.02483.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14-3260_3260精密化
Aimless0.5.1データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
DIALSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3HME

3hme


解像度: 2.4→37.317 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.33
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2301 600 5 %
Rwork0.1923 --
obs0.1942 12005 99.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 161.63 Å2 / Biso mean: 79.3364 Å2 / Biso min: 44.53 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→37.317 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1838 0 34 7 1879
Biso mean--67.53 59.41 -
残基数----226
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1104X-RAY DIFFRACTION9.405TORSIONAL
12B1104X-RAY DIFFRACTION9.405TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.4-2.64150.32491460.2569278699
2.6415-3.02360.35291450.2632277599
3.0236-3.80880.26771500.21652830100
3.8088-37.3170.17951590.15863014100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.37022.7202-0.92543.5997-3.16794.7757-0.16410.207-0.37590.0063-0.3648-0.73320.5224-0.01690.53490.57380.07530.15570.5493-0.02440.6434-13.40411.0375-9.8035
25.0382-0.6575-0.30266.79750.29121.00160.1712-0.39520.35061.0589-0.21010.65440.1309-0.05070.01680.63860.00610.23340.5732-0.11270.6629-20.331920.728-5.7342
36.13732.3782-0.00932.5782-1.75161.9064-0.21850.1874-0.39320.02680.49421.24970.4437-0.5994-0.19660.50270.02580.14990.6007-0.05210.7644-24.18528.5741-15.5098
47.3294-7.524-5.73728.68984.89726.8114-0.5008-0.269-0.70410.64710.09690.74870.67820.14780.50010.6507-0.0658-0.09670.5387-0.01440.81897.44278.8082-6.6041
59.2333-2.60770.57946.8718-0.26972.84510.01840.17870.97640.22760.0836-0.5774-0.0338-0.128-0.0790.4157-0.0677-0.09180.43240.0240.61496.546221.6027-12.2004
65.0415-3.8440.51445.6948-1.25971.19650.1183-0.69830.67150.50740.1431-0.9278-0.25730.1464-0.13680.9496-0.0734-0.30540.7567-0.18510.758412.517917.37420.241
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 22 through 49 )A22 - 49
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 50 through 104 )A50 - 104
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 105 through 134 )A105 - 134
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 22 through 44 )B22 - 44
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 45 through 99 )B45 - 99
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 100 through 134 )B100 - 134

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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