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万見
- PDB-2fip: Phage phi29 transcription regulator p4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fip
タイトルPhage phi29 transcription regulator p4
要素Late genes activator
キーワードTRANSCRIPTION / PROTEIN-DNA COMPLEX / N-HOOK DNA-BINDING MOTIF / TRANSCRIPTION REGULATION
機能・相同性
機能・相同性情報


sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase activity / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Phi-29-like late genes activator, P4 / Phi-29-like late genes activator / Phi-29-like late genes activator superfamily / Phi-29-like late genes activator (early protein GP4) / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Late genes activator p4
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus phage phi29 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Badia, D. / Camacho, A. / Perez-Lago, L. / Escandon, C. / Salas, M. / Coll, M.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2006
タイトル: The structure of phage phi29 transcription regulator p4-DNA complex reveals an N-hook motif for DNA
著者: Badia, D. / Camacho, A. / Perez-Lago, L. / Escandon, C. / Salas, M. / Coll, M.
履歴
登録2005年12月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.42024年2月14日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Late genes activator
B: Late genes activator
C: Late genes activator
D: Late genes activator
E: Late genes activator
F: Late genes activator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,2076
ポリマ－83,2076
非ポリマー00
水10,124562
1
A: Late genes activator
B: Late genes activator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7362
ポリマ－27,7362
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1640 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area12740 Å2
手法PISA
2
C: Late genes activator
D: Late genes activator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7362
ポリマ－27,7362
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1800 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area12590 Å2
手法PISA
3
E: Late genes activator
F: Late genes activator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7362
ポリマ－27,7362
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1680 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area12170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.349, 136.232, 140.409
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Late genes activator / Early protein GP4


分子量: 13867.782 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus phage phi29 (ファージ) / 属: Phi29-like viruses / 遺伝子: 4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03682
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 562 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.73 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2M NaCl, 10% PEG 6000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→55 Å / Num. all: 86815 / Num. obs: 81606 / % possible obs: 0.94 % / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / % possible all: 0.94

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→40 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 8164 9.4 %RANDOM
Rwork0.227 ---
all0.235 86679 --
obs0.232 81377 93.9 %-
溶媒の処理Bsol: 51.606 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 33.506 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.241 Å20 Å20 Å2
2---6.65 Å20 Å2
3---2.409 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5837 0 0 562 6399
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.24
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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