PDB-6uud: Crystal structure of antibody 5D5 in complex with PfCSP N-termina...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6uud

タイトル

Crystal structure of antibody 5D5 in complex with PfCSP N-terminal peptide

要素

(5D5 Antibody Fab, ...) x 2
Circumsporozoite protein

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Malaria / Antibody

機能・相同性

機能・相同性情報

entry into host cell by a symbiont-containing vacuole / side of membrane / cell surface / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Thai, E. / Scally, S.W. / Julien, J.P.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Exp.Med. / 年: 2020
タイトル: A high-affinity antibody against the CSP N-terminal domain lacks Plasmodium falciparum inhibitory activity.
著者: Thai, E. / Costa, G. / Weyrich, A. / Murugan, R. / Oyen, D. / Flores-Garcia, Y. / Prieto, K. / Bosch, A. / Valleriani, A. / Wu, N.C. / Pholcharee, T. / Scally, S.W. / Wilson, I.A. / ...

履歴

登録	2019年10月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年7月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2021年1月27日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / citation / citation_author Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.2	2024年4月3日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6uud.cif.gz	236.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6uud.ent.gz	154.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6uud.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6uud_validation.pdf.gz	768.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6uud_full_validation.pdf.gz	769.3 KB	表示
XML形式データ	6uud_validation.xml.gz	21.9 KB	表示
CIF形式データ	6uud_validation.cif.gz	32.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uu/6uud ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uu/6uud	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	1wcb-1 5mp3-1 6ev2-3 1fai-d 1kno-2 3t4y-d 4lkx-d 5mv4-4 3o45-2 2g5b-1 4xmk-2 1cu4-d 1lo2-2 1i8m-2 3go1-d 5myo-1 6bb4-3 6u1t-d 6h0e-1 3rvt-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: 5D5 Antibody Fab, heavy chain

L: 5D5 Antibody Fab, light chain

A: Circumsporozoite protein

ヘテロ分子

49.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.601, 60.901, 72.435
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.666, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

-
抗体 , 2種, 2分子 HL

#1: 抗体	5D5 Antibody Fab, heavy chain 分子量: 23468.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	5D5 Antibody Fab, light chain 分子量: 23631.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質・ペプチド / 糖 , 2種, 2分子 A

#3: タンパク質・ペプチド

Circumsporozoite protein

分子量: 2195.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成)

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
参照: UniProt: P02893*PLUS

#4: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

-
非ポリマー , 2種, 417分子

#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 416 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.27 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% (w/v) PEG 3350, 0.2 M di-ammonium citrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97959 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97959 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→40 Å / Num. obs: 38412 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 25.42 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 13.7
反射シェル	解像度: 1.85→1.95 Å / Num. unique obs: 5588 / CC_1/2: 0.74

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: internal

解像度: 1.85→39.74 Å / SU ML: 0.2324 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.1855

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2235	1920	5 %
R_work	0.1781	-	-
obs	0.1804	38396	98.71 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→39.74 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3391	0	42	416	3849

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0054	3534
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7913	4809
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0529	549
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	609
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.3454	2126

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.85-1.9	0.3251	137	0.2761	2606	X-RAY DIFFRACTION	98.78
1.9-1.95	0.2941	135	0.2379	2577	X-RAY DIFFRACTION	98.69
1.95-2	0.2824	135	0.2171	2562	X-RAY DIFFRACTION	98.32
2-2.07	0.2794	138	0.2204	2596	X-RAY DIFFRACTION	98.17
2.07-2.14	0.2979	135	0.2161	2560	X-RAY DIFFRACTION	98.43
2.14-2.23	0.2601	134	0.2127	2569	X-RAY DIFFRACTION	98.04
2.23-2.33	0.3195	137	0.2034	2603	X-RAY DIFFRACTION	98.42
2.33-2.45	0.2497	138	0.2038	2609	X-RAY DIFFRACTION	98.99
2.45-2.61	0.2464	136	0.2064	2582	X-RAY DIFFRACTION	98.26
2.61-2.81	0.2483	137	0.1985	2610	X-RAY DIFFRACTION	98.81
2.81-3.09	0.2271	138	0.1801	2626	X-RAY DIFFRACTION	99.28
3.09-3.54	0.2002	139	0.159	2631	X-RAY DIFFRACTION	99.28
3.54-4.46	0.1593	139	0.1386	2646	X-RAY DIFFRACTION	99.11
4.46-39.74	0.1908	142	0.1469	2699	X-RAY DIFFRACTION	99.37

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.08456076787	-2.29920157381	2.47640692389	4.63408830023	-3.59264605771	5.16597808843	0.00637556311745	-0.327820825993	-0.249941580376	-0.059179158671	0.261801163375	0.248272643838	0.393886654715	-0.0549921665787	-0.288397626439	0.281831540503	0.0155127870796	0.075305755292	0.230774718606	0.0244518609361	0.211365482679	-22.7447009659	-14.5023058869	-6.48423418872
2	8.01193231322	-1.0901561741	0.254933125267	8.6538542456	-1.13381537195	4.86843441077	0.0131251453102	0.398289305328	0.0400823745074	-0.0626173697462	0.315515657244	-0.132784894056	-0.421203455061	0.384289258197	-0.214226553309	0.184201736502	-0.0190707459564	0.0211313346918	0.263607505334	-0.0445902226105	0.161357366131	-13.5690719658	-6.98932892672	-7.98168255389
3	3.03445819803	-1.01259900734	1.6109773916	1.11562457486	-0.711616691577	5.23024225743	-0.22400556752	-0.469818030813	0.16520658943	0.490424800057	0.373749291004	0.16191240267	-0.618918199267	0.0116391684566	-0.0225913545951	0.31999214615	0.0498768753746	0.0526924350861	0.272702384671	-0.0502413590257	0.208243790369	-20.5661516402	-5.33746924757	-1.52763293932
4	2.96864886254	-0.332411079447	1.03597940505	2.44607148131	-0.296459900681	5.39069403723	0.0556727767884	-0.104385149632	-0.310002021479	0.195535459699	0.13702008124	-0.0973946388452	0.370533535242	0.827752760341	-0.186495690559	0.302376320666	0.0797161241448	0.0185474006893	0.337275750543	-0.022788651134	0.205699983082	-11.8195554461	-14.8015027615	-7.35956310605
5	1.07923731882	-0.360190347001	-0.488806245755	3.67673865342	1.67177672686	1.73832442054	0.0247310731704	0.0317776525473	-0.0440226659382	-0.0813023609419	-0.0340964832253	0.126890346652	-0.0573239558102	-0.165632220334	0.00784363969554	0.150116329334	0.0181257089744	0.00810179370866	0.146514292107	0.0255505392449	0.160364908392	-27.5292922245	-18.0190333327	-32.5401991134
6	1.85727782037	0.651322014308	1.1673767375	2.48462644193	0.155414980946	0.771534772441	-0.0223131390697	0.121774780186	-0.328052842983	0.138547297376	0.0889666912528	0.468566680021	0.331703864949	-0.320112967485	-0.0366611184693	0.237892291382	-0.0338718925993	0.013802462209	0.256581529167	-0.000219458742414	0.355089439309	-35.0462072629	-24.1544440853	-32.8541738256
7	3.31431149228	-0.971884520188	0.224403052757	5.69132009239	3.56073459291	6.89845464016	0.033866133822	-0.263994650942	0.416793050996	0.0851333164528	0.0241845862604	-0.523700567056	-0.417091267552	0.795229976202	-0.0467302774004	0.231894463886	-0.116683048501	0.0365625487532	0.376071774339	-0.0094857382639	0.295265390395	3.79468234691	-7.62451704838	-21.5618834678
8	3.07913052876	0.0275333379675	0.695024036319	3.10655203889	1.77217151196	5.22104901822	-0.0979431576493	-0.571198611073	0.0070849940855	0.318944444635	0.0903520227606	-0.243203605664	0.199047365158	0.579771791001	-0.00805722743783	0.194284377065	0.00422227889378	0.00690873444368	0.399260314608	0.0209399370479	0.190287581463	0.564502162132	-13.9730023444	-14.0409094549
9	0.445030831774	1.357424914	1.93803497498	3.81438459034	5.31352893187	8.52334763217	-0.0957697848457	0.125252429483	0.00752573168253	-0.11795773588	0.0996053533926	-0.117912684115	-0.026548757943	0.526367980067	0.00262692470535	0.186065441488	0.0353608576725	0.0283286502385	0.219142732403	-0.0245511300371	0.249151586291	-3.55213031216	-14.6656401453	-36.8767065183
10	3.95515004132	-0.768520377589	-0.444269885984	2.43853307133	-0.204990164672	2.59108165339	-0.00221838944502	0.184847976754	-0.157554675691	-0.0702913910561	0.023714384312	0.404589387743	0.0752819939596	-0.418724358549	-0.0512271365926	0.209418053997	-0.0133937572214	-0.0412254686531	0.227934190808	-0.00985301823273	0.23169985977	-33.8261233228	-16.8818426096	-43.5668937414
11	5.76545763146	-1.36690700082	0.263516253087	2.2476240781	-0.428788183862	1.66798062133	0.00111741326928	0.0749523488147	0.271634759977	-0.086054880601	0.00727632928365	-0.116689347269	-0.0711378093619	0.120786240403	-0.000289286753228	0.213404551805	0.0135102813024	-0.00909563478695	0.170326277418	-0.0135499984916	0.173103662476	-19.1379510587	-11.3636255221	-45.3908398589
12	7.64987034304	-4.34020363106	4.43398491389	3.7360026756	-2.47482125768	5.06569655931	-0.0483516549003	0.0798595182406	0.0171259068945	-0.0298925328621	0.0697416395991	0.0530163007995	-0.0330281782216	0.122442046037	-0.0658449050188	0.157734284825	-0.0470492157351	0.0286392499202	0.128223788994	-0.0243402332343	0.192689173849	-18.0057865309	-11.163829591	-41.6173884584
13	4.05402718678	-0.516406376003	-0.676845709759	1.16701792346	0.378136936835	2.30465331228	0.0678689601697	0.679238525381	0.0995187878583	-0.272852855816	-0.0350502993729	0.100771923823	0.0230156213266	-0.357031267316	-0.0661696253457	0.281092876287	-0.00549443148113	-0.0119563546069	0.228011531001	0.0407046277448	0.185488206951	-26.8706282227	-11.8951593634	-51.3476910884
14	8.66882075428	3.4668361738	4.33257246755	6.95295117562	4.78293731129	3.84584759141	-0.179045268266	-1.04850581773	0.107081356848	0.573866990203	0.304486977095	-0.324355637943	-0.50014184292	0.877496484417	-0.0919417607013	0.461957947001	0.0371606644923	0.00228735252258	0.719788338572	-0.102132482946	0.287617190614	-5.71132358571	-11.3925393578	6.66580380695

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'H' and (resid 1 through 32 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'H' and (resid 33 through 52 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'H' and (resid 52A through 87 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'H' and (resid 88 through 106 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'H' and (resid 107 through 203 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'H' and (resid 204 through 215 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'L' and (resid 1 through 25 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'L' and (resid 26 through 101 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'L' and (resid 102 through 113 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'L' and (resid 114 through 128 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'L' and (resid 129 through 150 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'L' and (resid 151 through 174 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'L' and (resid 175 through 213 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'A' and (resid 81 through 92 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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