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- PDB-6ugu: Crystal structure of the Fab fragment of anti-TNFa antibody infli... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ugu
タイトルCrystal structure of the Fab fragment of anti-TNFa antibody infliximab (Remicade) in a C-centered orthorhombic crystal form, Lot C
要素
  • PF06438179 Fab Heavy Chain
  • PF06438179 Fab Light Chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibody / Fab / infliximab / biosimilar / TNFa
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin complex / adaptive immune response / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type ...: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ig-like domain-containing protein / IGK@ protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Lerch, T.F. / Sharpe, P. / Mayclin, S.J. / Edwards, T.E. / Polleck, S. / Rouse, J.C. / Conlan, H.D.
引用ジャーナル: BioDrugs / 年: 2020
タイトル: Crystal Structures of PF-06438179/GP1111, an Infliximab Biosimilar.
著者: Lerch, T.F. / Sharpe, P. / Mayclin, S.J. / Edwards, T.E. / Polleck, S. / Rouse, J.C. / Zou, Q. / Conlon, H.D.
履歴
登録2019年9月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月12日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: PF06438179 Fab Heavy Chain
L: PF06438179 Fab Light Chain
A: PF06438179 Fab Heavy Chain
B: PF06438179 Fab Light Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,6344
ポリマ－95,6344
非ポリマー00
水15,763875
1
H: PF06438179 Fab Heavy Chain
L: PF06438179 Fab Light Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8172
ポリマ－47,8172
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3130 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area19490 Å2
手法PISA
2
A: PF06438179 Fab Heavy Chain
B: PF06438179 Fab Light Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8172
ポリマ－47,8172
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3170 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area19390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.260, 138.150, 195.310
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: 抗体 PF06438179 Fab Heavy Chain


分子量: 24356.178 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: A8K008
#2: 抗体 PF06438179 Fab Light Chain


分子量: 23460.873 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q6P5S8
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 875 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.03 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 10 mg/mL PF06438179 Fab lot C against Wiz 34 screen condition B4 (20% PEG3350, 0.2 M potassium citrate tribasic), supplemented with 20% ethylene glycol as cryoprotectant, crystal tracking ID ...詳細: 10 mg/mL PF06438179 Fab lot C against Wiz 34 screen condition B4 (20% PEG3350, 0.2 M potassium citrate tribasic), supplemented with 20% ethylene glycol as cryoprotectant, crystal tracking ID 267668b4, unique puck ID sdw5-4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月19日
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 59825 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.272 % / Biso Wilson estimate: 33.543 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rrim(I) all: 0.101 / Χ2: 0.972 / Net I/σ(I): 17.28
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.2-2.266.2880.63.2943920.850.655100
2.26-2.326.2940.5133.8342870.890.56100
2.32-2.396.3010.4654.1741750.9030.507100
2.39-2.466.3060.394.9640440.9320.425100
2.46-2.546.3150.3146.1539340.9530.34299.9
2.54-2.636.3050.2467.6438140.9710.26899.8
2.63-2.736.2990.2088.9136800.980.22799.8
2.73-2.846.3250.16711.0335290.9860.18299.7
2.84-2.976.3070.13313.3933790.9910.14699.7
2.97-3.116.2960.10417.0532630.9930.11499.7
3.11-3.286.2830.0821.2430900.9960.08799.5
3.28-3.486.2990.06425.7529230.9980.0799.4
3.48-3.726.2410.05330.4827580.9980.05899.4
3.72-4.026.2480.04634.4525710.9980.05199.2
4.02-4.46.2540.03840.3723510.9990.04198.8
4.4-4.926.2080.03444.4921490.9990.03798.5
4.92-5.686.2280.03442.7718950.9990.03798.5
5.68-6.966.1920.03739.2716120.9990.04197.8
6.96-9.846.0440.02944.712610.9990.03197.8
9.84-505.5450.02648.577180.9990.02994.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX2229精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4G3Y

4g3y


解像度: 2.2→50 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.1
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2185 2898 4.85 %
Rwork0.17 --
obs0.1724 59813 99.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 89.17 Å2 / Biso mean: 29.9191 Å2 / Biso min: 11.24 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6506 0 0 876 7382
Biso mean---35.79 -
残基数----863
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076691
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.839125
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree error% reflection obs (%)
2.2-2.23610.27471400.210226730100
2.2361-2.27470.30751190.202827400100
2.2747-2.3160.25771450.206326640100
2.316-2.36060.23731470.208426930100
2.3606-2.40870.33281350.216427100100
2.4087-2.46110.2691370.202926810100
2.4611-2.51840.26161310.198926960100
2.5184-2.58130.24961320.186726940100
2.5813-2.65110.25181450.192127160100
2.6511-2.72910.23311460.188126890100
2.7291-2.81720.2561320.189227450100
2.8172-2.91790.29081160.196727040100
2.9179-3.03470.26171250.199727050100
3.0347-3.17280.2481280.185227020100
3.1728-3.340.20981450.173726990100
3.34-3.54920.20491790.16542701099
3.5492-3.82310.19151510.16042687099
3.8231-4.20770.17411400.13812703099
4.2077-4.8160.14791310.11532765099
4.816-6.06570.17361290.13562731098
6.0657-500.21211450.16673817097

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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