PDB-6u8h: BRD2-BD1 in complex with the cyclic peptide 3.2_2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6u8h

タイトル

BRD2-BD1 in complex with the cyclic peptide 3.2_2

要素

Bromodomain-containing protein 2
cyclic peptide 3.2_2

キーワード

TRANSCRIPTION/INHIBITOR / BET / bromodomain / macrocyclic peptide / BRD2 / inhibitor / RaPID / TRANSCRIPTION-INHIBITOR complex / TRANSCRIPTION

機能・相同性

機能・相同性情報

acetylation-dependent protein binding / chromatin looping / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / protein localization to chromatin / histone reader activity / : / neural tube closure / nucleosome assembly / chromatin organization ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.07 Å

データ登録者

Patel, K. / Walshe, J.L. / Walport, L.J. / Mackay, J.P.

資金援助

オーストラリア, 1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Cyclic peptides can engage a single binding pocket through highly divergent modes.
著者: Patel, K. / Walport, L.J. / Walshe, J.L. / Solomon, P.D. / Low, J.K.K. / Tran, D.H. / Mouradian, K.S. / Silva, A.P.G. / Wilkinson-White, L. / Norman, A. / Franck, C. / Matthews, J.M. / Guss, ...

履歴

登録	2019年9月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年8月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年3月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6u8h.cif.gz	97.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6u8h.ent.gz	59.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6u8h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u8/6u8h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u8/6u8h	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6u4aC 6u61C 6u6kC 6u6lC 6u71C 6u72C 6u74C 6u8gC 6u8iC 6u8mC 6ulpC 6ulqC 6ultC 6ulvC 3oniS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4m3o-1 2uv7-d 5yvk-d 6iuh-1 5b82-d 5a51-2 3kf0-d 6thj-6 5a51-1 1pp0-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Bromodomain-containing protein 2

C: cyclic peptide 3.2_2

ヘテロ分子

19.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: surface plasmon resonance

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.587, 89.587, 71.592
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2
Space group name Hall	P4abw2nw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-201- IOD
2	1	A-379- HOH
3	1	C-201- HOH

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AC

#1: タンパク質	Bromodomain-containing protein 2 分子量: 15893.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: H0Y6K2, UniProt: P25440*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド	cyclic peptide 3.2_2 分子量: 1660.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 5種, 139分子

#3: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-NH2 / AMINO GROUP / アンモニア分子量: 16.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NH₂
#6: 化合物	ChemComp-PE3 / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39-TRIDECAOXAHENTETRACONTANE-1,41-DIOL / POLYETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39-トリデカオキサヘンテトラコンタン-1,41-ジ(以下略) 分子量: 634.751 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₈H₅₈O₁₅
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.39 %
結晶化	温度: 100 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M Sodium iodide 0.1 M Bis-Tris propane 7.5 20 % w/v PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.07→47.77 Å / Num. obs: 18193 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 12.2 % / B_iso Wilson estimate: 27.56 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 25
反射シェル	解像度: 2.07→2.13 Å / Num. unique obs: 1350 / CC_1/2: 0.971

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3ONI

3oni

解像度: 2.07→47.44 Å / SU ML: 0.1689 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.5018

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2232	898	4.95 %
R_work	0.1819	-	-
obs	0.1839	18148	99.65 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.99 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.07→47.44 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1172	0	62	129	1363

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	1258
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4649	1680
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0376	172
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0037	204
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.8188	756

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.07-2.2	0.2348	163	0.1857	2763	X-RAY DIFFRACTION	98.49
2.2-2.37	0.2324	149	0.1897	2815	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.37-2.61	0.2543	151	0.1994	2839	X-RAY DIFFRACTION	100
2.61-2.99	0.2151	133	0.1928	2892	X-RAY DIFFRACTION	100
2.99-3.77	0.2303	147	0.1861	2900	X-RAY DIFFRACTION	100
3.77-47.44	0.2066	155	0.1674	3041	X-RAY DIFFRACTION	99.56

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.67156686526	-2.13806041888	2.5228430798	3.60464466593	-1.02697922415	1.48348586278	-0.325848283514	-0.27087236556	0.143145013791	0.0694080304973	0.191820688818	-0.227610834864	-0.173426824504	-0.0167742445659	0.139736679307	0.181444797898	-0.00612824080233	0.00774119647088	0.243093274813	-0.00602852244446	0.185145182485	-12.8781034697	21.0567544662	-6.9981792137
2	8.36396149291	0.808058282979	-3.17455730992	2.01698737928	-0.464736164716	9.94762902604	0.0146931829802	-0.375601321731	-0.196430956333	0.288907423001	0.261672856655	0.0519920099765	0.595024804167	-0.353559818101	-0.277800086846	0.264867721406	-0.0305345058341	-0.0165362533987	0.266182985478	0.0595690607144	0.251030919758	3.77648498026	12.5440133937	-1.71404386325
3	5.02127032654	0.424029452287	-1.06317124279	3.09561784608	-1.88988979055	6.98671836007	0.0457617512274	1.23666333809	0.0856100237172	-0.308364725808	0.0415224867985	-0.376594670714	0.107018330132	-0.431597194765	-0.059155867135	0.172890142772	-0.018764353175	-0.0160226482564	0.407345337652	-0.00543015029154	0.271893157648	8.93376225979	16.389388009	-16.7134037123
4	7.04335397798	-4.44835188033	-4.27033781018	9.24855315507	6.501292573	5.02373979955	0.253046446024	0.878703531147	0.0465888136895	-0.53794111792	0.270642459965	-0.245913840521	-0.344539698992	-0.642714140613	-0.446594480639	0.268723477269	-0.0578664166882	-0.0245291408556	0.454162970629	0.0694535545669	0.244541265045	0.660173477209	13.0664987274	-20.8041614582
5	5.90504853168	-5.00430705869	1.02678151868	5.59688042256	1.15567006875	3.3011538326	-0.132315450499	-0.678780023677	0.949984484323	0.365823916593	0.0205700236205	-0.591708346267	-0.129003469858	0.484470269396	0.0941226647577	0.218035559702	-0.0459248876333	0.0124416100138	0.368550699159	0.0164844065026	0.286388697895	-6.33639352981	21.9656568208	-8.60842863151
6	9.08955786824	-5.68686463158	-0.680284199562	5.63924972059	0.608084796776	0.0667455945379	-0.0295921942906	0.305687790202	-0.169414042122	0.0760724738296	0.00481741136292	0.183846028339	-0.00459405948749	-0.0179435552899	0.0234106353361	0.189204291522	-0.0119381422638	-0.0224742868852	0.288992149317	0.0135476801628	0.170501083996	-8.63770196881	13.4029266756	-12.6961265084
7	2.49373294897	4.08746181601	0.320568361714	8.25062494435	-1.39159681838	2.48473904938	0.345775761049	1.09148777711	-1.92314392417	-0.0264621687912	0.0157301289391	-1.03167677516	0.305846218008	0.0440339340176	-0.405313996974	0.393303915899	0.0331383270126	-0.0899304734931	0.358268847728	-0.121756739144	0.54252264127	7.61889478576	0.112663759123	-13.2490511921
8	7.04612153469	-3.78985591129	-6.92815078895	3.42651696731	3.48963363563	8.16642913432	-0.262655997274	0.0990819209094	-0.999460676742	0.354505393219	0.127817540333	0.12080998361	0.33095050276	-0.238663204637	0.116450496959	0.283480573957	-0.0143015737479	0.00287192353143	0.214233541729	0.0294068801891	0.253337239466	-3.83485088384	5.48593206888	-3.17613903377
9	4.01813389629	-5.123726634	-0.551859064068	6.55082489353	0.426719272949	8.84285265281	-0.142887581401	-0.331678770206	-0.701197898036	-0.530338873427	0.326530171936	0.312766973979	0.264840914646	-0.245922578565	-0.190734433795	0.173460811065	-0.00202727822163	0.0359555596681	0.47453120799	0.1204271721	0.41079536839	-24.0230197917	19.1676778183	-2.62307289789
10	6.21041913121	3.84842060557	2.76363559042	8.17256901177	1.36414258317	4.65934173795	0.108421313123	0.681869281999	-0.281752773294	0.100851493594	0.155497640956	-0.689784148144	0.346823956141	0.407694635468	-0.32434928709	0.152907611925	0.00745500275552	0.00686932686045	0.242853060361	0.0122216252422	0.189331144424	14.5470043346	13.3784060485	-8.94610248345

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 63 through 91 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 92 through 99 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 100 through 112 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 113 through 122 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 123 through 131 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 132 through 155 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 156 through 160 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 161 through 179 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 180 through 190 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 1 through 12 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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