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- PDB-6u8h: BRD2-BD1 in complex with the cyclic peptide 3.2_2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6u8h
タイトルBRD2-BD1 in complex with the cyclic peptide 3.2_2
要素
  • Bromodomain-containing protein 2
  • cyclic peptide 3.2_2
キーワードTRANSCRIPTION/INHIBITOR / BET / bromodomain / macrocyclic peptide / BRD2 / inhibitor / RaPID / TRANSCRIPTION-INHIBITOR complex / TRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H4K12ac reader activity / histone H4K5ac reader activity / histone H3K14ac reader activity / acetylation-dependent protein binding / chromatin looping / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / protein localization to chromatin / neural tube closure / nucleosome assembly ...histone H4K12ac reader activity / histone H4K5ac reader activity / histone H3K14ac reader activity / acetylation-dependent protein binding / chromatin looping / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / protein localization to chromatin / neural tube closure / nucleosome assembly / chromosome / chromatin organization / spermatogenesis / histone binding / nuclear speck / chromatin remodeling / protein serine/threonine kinase activity / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain ...Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / AMINO GROUP / Chem-PE3 / Bromodomain-containing protein 2 / Bromodomain-containing protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.07 Å
データ登録者Patel, K. / Walshe, J.L. / Walport, L.J. / Mackay, J.P.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1161623 オーストラリア
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Cyclic peptides can engage a single binding pocket through highly divergent modes.
著者: Patel, K. / Walport, L.J. / Walshe, J.L. / Solomon, P.D. / Low, J.K.K. / Tran, D.H. / Mouradian, K.S. / Silva, A.P.G. / Wilkinson-White, L. / Norman, A. / Franck, C. / Matthews, J.M. / Guss, ...著者: Patel, K. / Walport, L.J. / Walshe, J.L. / Solomon, P.D. / Low, J.K.K. / Tran, D.H. / Mouradian, K.S. / Silva, A.P.G. / Wilkinson-White, L. / Norman, A. / Franck, C. / Matthews, J.M. / Guss, J.M. / Payne, R.J. / Passioura, T. / Suga, H. / Mackay, J.P.
履歴
登録2019年9月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain-containing protein 2
C: cyclic peptide 3.2_2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,15112
ポリマ－17,5542
非ポリマー1,59610
水2,324129
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3020 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area9220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.587, 89.587, 71.592
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-201-

IOD

21A-379-

HOH

31C-201-

HOH

-
要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AC

#1: タンパク質 Bromodomain-containing protein 2


分子量: 15893.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: H0Y6K2, UniProt: P25440*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド cyclic peptide 3.2_2


分子量: 1660.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 5種, 139分子

#3: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION


分子量: 126.904 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-NH2 / AMINO GROUP


分子量: 16.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NH2
#6: 化合物 ChemComp-PE3 / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39-TRIDECAOXAHENTETRACONTANE-1,41-DIOL / POLYETHYLENE GLYCOL


分子量: 634.751 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H58O15
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.39 %
結晶化温度: 100 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Sodium iodide 0.1 M Bis-Tris propane 7.5 20 % w/v PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.07→47.77 Å / Num. obs: 18193 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 12.2 % / Biso Wilson estimate: 27.56 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 25
反射 シェル解像度: 2.07→2.13 Å / Num. unique obs: 1350 / CC1/2: 0.971

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ONI

3oni


解像度: 2.07→47.44 Å / SU ML: 0.1689 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.5018
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2232 898 4.95 %
Rwork0.1819 --
obs0.1839 18148 99.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 34.99 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.07→47.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1172 0 62 129 1363
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0021258
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.46491680
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0376172
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0037204
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.8188756
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.07-2.20.23481630.18572763X-RAY DIFFRACTION98.49
2.2-2.370.23241490.18972815X-RAY DIFFRACTION99.87
2.37-2.610.25431510.19942839X-RAY DIFFRACTION100
2.61-2.990.21511330.19282892X-RAY DIFFRACTION100
2.99-3.770.23031470.18612900X-RAY DIFFRACTION100
3.77-47.440.20661550.16743041X-RAY DIFFRACTION99.56
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.67156686526-2.138060418882.52284307983.60464466593-1.026979224151.48348586278-0.325848283514-0.270872365560.1431450137910.06940803049730.191820688818-0.227610834864-0.173426824504-0.01677424456590.1397366793070.181444797898-0.006128240802330.007741196470880.243093274813-0.006028522444460.185145182485-12.878103469721.0567544662-6.9981792137
28.363961492910.808058282979-3.174557309922.01698737928-0.4647361647169.947629026040.0146931829802-0.375601321731-0.1964309563330.2889074230010.2616728566550.05199200997650.595024804167-0.353559818101-0.2778000868460.264867721406-0.0305345058341-0.01653625339870.2661829854780.05956906071440.2510309197583.7764849802612.5440133937-1.71404386325
35.021270326540.424029452287-1.063171242793.09561784608-1.889889790556.986718360070.04576175122741.236663338090.0856100237172-0.3083647258080.0415224867985-0.3765946707140.107018330132-0.431597194765-0.0591558671350.172890142772-0.018764353175-0.01602264825640.407345337652-0.005430150291540.2718931576488.9337622597916.389388009-16.7134037123
47.04335397798-4.44835188033-4.270337810189.248553155076.5012925735.023739799550.2530464460240.8787035311470.0465888136895-0.537941117920.270642459965-0.245913840521-0.344539698992-0.642714140613-0.4465944806390.268723477269-0.0578664166882-0.02452914085560.4541629706290.06945355456690.2445412650450.66017347720913.0664987274-20.8041614582
55.90504853168-5.004307058691.026781518685.596880422561.155670068753.3011538326-0.132315450499-0.6787800236770.9499844843230.3658239165930.0205700236205-0.591708346267-0.1290034698580.4844702693960.09412266475770.218035559702-0.04592488763330.01244161001380.3685506991590.01648440650260.286388697895-6.3363935298121.9656568208-8.60842863151
69.08955786824-5.68686463158-0.6802841995625.639249720590.6080847967760.0667455945379-0.02959219429060.305687790202-0.1694140421220.07607247382960.004817411362920.183846028339-0.00459405948749-0.01794355528990.02341063533610.189204291522-0.0119381422638-0.02247428688520.2889921493170.01354768016280.170501083996-8.6377019688113.4029266756-12.6961265084
72.493732948974.087461816010.3205683617148.25062494435-1.391596818382.484739049380.3457757610491.09148777711-1.92314392417-0.02646216879120.0157301289391-1.031676775160.3058462180080.0440339340176-0.4053139969740.3933039158990.0331383270126-0.08993047349310.358268847728-0.1217567391440.542522641277.618894785760.112663759123-13.2490511921
87.04612153469-3.78985591129-6.928150788953.426516967313.489633635638.16642913432-0.2626559972740.0990819209094-0.9994606767420.3545053932190.1278175403330.120809983610.33095050276-0.2386632046370.1164504969590.283480573957-0.01430157374790.002871923531430.2142335417290.02940688018910.253337239466-3.834850883845.48593206888-3.17613903377
94.01813389629-5.123726634-0.5518590640686.550824893530.4267192729498.84285265281-0.142887581401-0.331678770206-0.701197898036-0.5303388734270.3265301719360.3127669739790.264840914646-0.245922578565-0.1907344337950.173460811065-0.002027278221630.03595555966810.474531207990.12042717210.41079536839-24.023019791719.1676778183-2.62307289789
106.210419131213.848420605572.763635590428.172569011771.364142583174.659341737950.1084213131230.681869281999-0.2817527732940.1008514935940.155497640956-0.6897841481440.3468239561410.407694635468-0.324349287090.1529076119250.007455002755520.006869326860450.2428530603610.01222162524220.18933114442414.547004334613.3784060485-8.94610248345
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 63 through 91 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 92 through 99 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 100 through 112 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 113 through 122 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 123 through 131 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 132 through 155 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 156 through 160 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 161 through 179 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 180 through 190 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 1 through 12 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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