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- PDB-6u74: BRD4-BD1 in complex with the cyclic peptide 3.1_2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6u74
タイトルBRD4-BD1 in complex with the cyclic peptide 3.1_2
要素
  • Bromodomain-containing protein 4
  • cyclic peptide 3.1_2
キーワードTRANSCRIPTION/INHIBITOR / BET / bromodomain / macrocyclic peptide / BRD4 / inhibitor / RaPID / TRANSCRIPTION-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase II C-terminal domain binding / P-TEFb complex binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / histone H4 reader activity / host-mediated suppression of viral transcription / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / : / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome ...RNA polymerase II C-terminal domain binding / P-TEFb complex binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / histone H4 reader activity / host-mediated suppression of viral transcription / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / : / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome / transcription coregulator activity / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / p53 binding / chromosome / regulation of inflammatory response / histone binding / Potential therapeutics for SARS / transcription coactivator activity / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / transcription cis-regulatory region binding / chromatin remodeling / protein serine/threonine kinase activity / DNA damage response / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain, conserved site ...Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Bromodomain-containing protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Patel, K. / Walshe, J.L. / Walport, L.J. / Mackay, J.P.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1161623 オーストラリア
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Cyclic peptides can engage a single binding pocket through highly divergent modes.
著者: Patel, K. / Walport, L.J. / Walshe, J.L. / Solomon, P.D. / Low, J.K.K. / Tran, D.H. / Mouradian, K.S. / Silva, A.P.G. / Wilkinson-White, L. / Norman, A. / Franck, C. / Matthews, J.M. / Guss, ...著者: Patel, K. / Walport, L.J. / Walshe, J.L. / Solomon, P.D. / Low, J.K.K. / Tran, D.H. / Mouradian, K.S. / Silva, A.P.G. / Wilkinson-White, L. / Norman, A. / Franck, C. / Matthews, J.M. / Guss, J.M. / Payne, R.J. / Passioura, T. / Suga, H. / Mackay, J.P.
履歴
登録2019年8月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月11日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain-containing protein 4
B: Bromodomain-containing protein 4
C: Bromodomain-containing protein 4
D: Bromodomain-containing protein 4
E: cyclic peptide 3.1_2
F: cyclic peptide 3.1_2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,6356
ポリマ－72,6356
非ポリマー00
水8,233457
1
A: Bromodomain-containing protein 4
E: cyclic peptide 3.1_2

C: Bromodomain-containing protein 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3183
ポリマ－36,3183
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_645-x+1,y-1/2,-z1
Buried area2910 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area13910 Å2
手法PISA
2
D: Bromodomain-containing protein 4
F: cyclic peptide 3.1_2

B: Bromodomain-containing protein 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3183
ポリマ－36,3183
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_646-x+1,y-1/2,-z+11
Buried area2890 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area13730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.680, 49.227, 115.938
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.579, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22
13
23

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111SERSERPHEPHE(chain 'A' and (resid 41 through 133 or resid 135 through 166))AA41 - 1336 - 98
121ASNASNTHRTHR(chain 'A' and (resid 41 through 133 or resid 135 through 166))AA135 - 166100 - 131
211SERSERPHEPHE(chain 'B' and (resid 41 through 133 or resid 135 through 166))BB41 - 1336 - 98
221ASNASNTHRTHR(chain 'B' and (resid 41 through 133 or resid 135 through 166))BB135 - 166100 - 131
112ASNASNLEULEU(chain 'C' and (resid 61 through 63 or resid 65...CC61 - 6326 - 28
122TYRTYRTYRTYR(chain 'C' and (resid 61 through 63 or resid 65...CC65 - 11930 - 84
132ASNASNGLUGLU(chain 'C' and (resid 61 through 63 or resid 65...CC121 - 15486 - 119
142LEULEUPROPRO(chain 'C' and (resid 61 through 63 or resid 65...CC156 - 165121 - 130
212ASNASNLEULEU(chain 'D' and (resid 61 through 63 or resid 65...DD61 - 6326 - 28
222TYRTYRTYRTYR(chain 'D' and (resid 61 through 63 or resid 65...DD65 - 11930 - 84
232ASNASNGLUGLU(chain 'D' and (resid 61 through 63 or resid 65...DD121 - 15486 - 119
242LEULEUPROPRO(chain 'D' and (resid 61 through 63 or resid 65...DD156 - 165121 - 130
113TRPTRPALYALYchain 'E'EE1 - 52 - 6
123ALYALYCYSCYSchain 'E'EE7 - 148 - 15
213TRPTRPALYALYchain 'F'FF1 - 52 - 6
223ALYALYCYSCYSchain 'F'FF7 - 148 - 15

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質
Bromodomain-containing protein 4 / Protein HUNK1


分子量: 17200.648 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60885
#2: タンパク質・ペプチド cyclic peptide 3.1_2


分子量: 1916.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 457 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.54 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Sodium malonate dibasic monohydrate, 0.1 M Bis-Tris propane 7.5, 20 % w/v PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2018年3月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→47.13 Å / Num. obs: 55604 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 10.29 Å2 / CC1/2: 0.977 / Net I/σ(I): 4.5
反射 シェル解像度: 1.85→1.89 Å / Num. unique obs: 3437 / CC1/2: 0.628

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LYI

4lyi


解像度: 1.85→45.51 Å / SU ML: 0.3157 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 34.2069
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3234 2774 5.08 %
Rwork0.2841 --
obs0.2861 54657 98.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 27.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→45.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4162 0 0 457 4619
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00224286
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.56975818
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0365620
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0028739
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.57452594
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.880.47031590.47412597X-RAY DIFFRACTION99.39
1.88-1.920.60681210.51612333X-RAY DIFFRACTION89.56
1.92-1.950.56361330.48352427X-RAY DIFFRACTION92.85
1.95-1.990.4121330.35582603X-RAY DIFFRACTION100
1.99-2.040.35641190.33372651X-RAY DIFFRACTION99.71
2.04-2.080.62581160.49132425X-RAY DIFFRACTION92.03
2.08-2.140.48511330.3872519X-RAY DIFFRACTION95.95
2.14-2.190.32471490.28092621X-RAY DIFFRACTION99.93
2.19-2.260.50171450.41562578X-RAY DIFFRACTION98.27
2.26-2.330.37341380.30882626X-RAY DIFFRACTION99.64
2.33-2.410.33131440.26272592X-RAY DIFFRACTION99.89
2.41-2.510.30881420.25762615X-RAY DIFFRACTION100
2.51-2.620.33441300.24852658X-RAY DIFFRACTION99.96
2.62-2.760.34391230.25912667X-RAY DIFFRACTION99.96
2.76-2.940.27291350.23952652X-RAY DIFFRACTION100
2.94-3.160.22431340.2342615X-RAY DIFFRACTION99.89
3.16-3.480.27651520.22662673X-RAY DIFFRACTION99.93
3.48-3.980.21061350.20392649X-RAY DIFFRACTION99.89
3.98-5.020.18881850.17452637X-RAY DIFFRACTION99.93
5.02-45.510.19671480.18072745X-RAY DIFFRACTION99.38
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.848486039583.059992001183.287893488958.533287565495.063233609798.20886555381-0.0948212287192-0.0447229710248-0.00746009634096-0.1232257742070.35827832645-0.196955456533-0.3151436669980.170569369626-0.2281571367460.2773621862910.0796248987268-0.1264420114950.3478495592890.01943297029830.2895468703984.9349103717212.35100795776.06504383735
27.661751797714.918184335996.835735111973.247952002854.500380611186.237793240720.1186059526560.273578992824-0.11134308526-0.144181887532-0.07295073557530.13364658823-0.0233078882191-0.308328525265-0.02646967347870.3604664724860.0174596950354-0.2107509010090.4552971246230.07571560311960.393569668745-7.54924883172-1.399640965982.23666483814
32.55408480680.6970086541013.707087751221.145676136411.272753428415.530847392430.292410182306-0.627516876596-0.4821037298620.3272718066740.06276754516840.06627162117710.2605903882-0.468972303488-0.3217143155250.410928794774-0.0908968366031-0.1368346292980.477349216250.1012325771610.3203920730431.93060542368-12.754773550912.2807793975
40.5571984544540.3605914925540.09593500899690.941182735445-0.09502887383751.47221265369-0.16540283379-0.1695952345150.280781784090.164949479086-0.0396214350812-0.169191661878-0.212508207580.1180275073410.180589346890.345265826565-0.022692175996-0.1778925363260.4244309229250.00107171835090.28457211252414.24079399895.9715968373614.0226542319
54.42475841043.02812630575-1.000577624073.29947156122-0.8624496303661.45845464688-0.00995951487444-0.1278105574210.2637997727650.13834932569-0.08320237007970.0217123141782-0.09095931759560.05445610044870.07764652565150.2857733966710.0208851883542-0.1439955638640.340419260188-0.02560233758070.2692831479516.890228899461.739446000826.69508719181
60.9554064571790.5656198208660.8966074762641.661202386381.393126165521.834750341150.0525915342438-0.2280279403750.0428073638290.119760273726-0.116859333235-0.06663995863240.0082364673119-0.2802656431610.1082906023240.3107385620570.0135622752782-0.1770049476340.36102739018-0.008025810407590.276769710632-3.1086847165-9.606082681794.57515623127
70.1163115421780.0784352926297-0.03915285853470.218127380344-0.1253889793420.1115017567420.0194330534666-0.00470933015762-0.0324121072297-0.00793809281592-0.00373001063797-0.0007320960134460.06752396642420.014244727403-0.05392472125920.3087852125340.00573715055732-0.1548797142430.3782784499770.02179643256830.20086780266112.289944711-4.751273679133.97437713442
81.784927491290.6058633688220.8177453689740.8091415159420.2366046623950.8644247501440.125978009648-0.0746743276094-0.2344543806410.0414892249114-0.0257470552243-0.05695093695580.1072287143520.00125468059816-0.1131263445560.3285066283280.0338086233667-0.1645522044960.4509434459490.01257861777720.26190252502617.9318999169-9.221473530910.8779520509
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 40 through 49 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 50 through 54 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 55 through 76 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 77 through 96 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 97 through 115 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 116 through 121 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 122 through 139 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 140 through 166 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 40 through 60 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 61 through 96 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 97 through 166 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 61 through 75 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 76 through 96 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 97 through 121 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 122 through 144 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 145 through 165 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 61 through 68 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 69 through 75 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 76 through 96 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 97 through 121 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 122 through 144 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 145 through 165 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid 1 through 14 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'F' and (resid 1 through 14 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る