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- PDB-3gzb: Crystal structure of putative SnoaL-like polyketide cyclase (YP_0... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gzb
タイトルCrystal structure of putative SnoaL-like polyketide cyclase (YP_001182657.1) from Shewanella putrefaciens CN-32 at 1.44 A resolution
要素Putative SnoaL-like polyketide cyclase
キーワードLYASE / YP_001182657.1 / Putative SnoaL-like polyketide cyclase / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2
機能・相同性SnoaL-like domain / SnoaL-like domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta / SnoaL-like domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Shewanella putrefaciens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.44 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of putative SnoaL-like polyketide cyclase (YP_001182657.1) from Shewanella putrefaciens CN-32 at 1.44 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2009年4月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年2月1日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Putative SnoaL-like polyketide cyclase
B: Putative SnoaL-like polyketide cyclase
C: Putative SnoaL-like polyketide cyclase
D: Putative SnoaL-like polyketide cyclase
E: Putative SnoaL-like polyketide cyclase
F: Putative SnoaL-like polyketide cyclase
G: Putative SnoaL-like polyketide cyclase
H: Putative SnoaL-like polyketide cyclase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,99454
ポリマ－143,1858
非ポリマー3,80946
水31,2201733
1
A: Putative SnoaL-like polyketide cyclase
B: Putative SnoaL-like polyketide cyclase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,82815
ポリマ－35,7962
非ポリマー1,03113
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1390 Å2
ΔGint-12.7 kcal/mol
Surface area15410 Å2
手法PISA
2
C: Putative SnoaL-like polyketide cyclase
D: Putative SnoaL-like polyketide cyclase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,64112
ポリマ－35,7962
非ポリマー84510
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1380 Å2
ΔGint-12.1 kcal/mol
Surface area15360 Å2
手法PISA
3
E: Putative SnoaL-like polyketide cyclase
F: Putative SnoaL-like polyketide cyclase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,82214
ポリマ－35,7962
非ポリマー1,02512
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1320 Å2
ΔGint-12.6 kcal/mol
Surface area15440 Å2
手法PISA
4
G: Putative SnoaL-like polyketide cyclase
H: Putative SnoaL-like polyketide cyclase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,70313
ポリマ－35,7962
非ポリマー90711
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1370 Å2
ΔGint-12.4 kcal/mol
Surface area15320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.240, 89.940, 94.320
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 89.940, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21D
31F
41H
12A
22C
32E
42G

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1115B0 - 153
2115D0 - 153
3115F0 - 153
4115H0 - 153
1125A0 - 153
2125C0 - 153
3125E0 - 153
4125G0 - 153

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
Putative SnoaL-like polyketide cyclase


分子量: 17898.113 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shewanella putrefaciens (バクテリア)
株: CN-32 / 遺伝子: Sputcn32_1130, YP_001182657.1 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: A4Y4H5
#2: 化合物
ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1733 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.99 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.64
詳細: NANODROP, 17.70% 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.1M HEPES pH 6.64, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSSRL BL11-110.91837
シンクロトロンSSRL BL11-120.97845
検出器
タイプID検出器日付詳細
MARMOSAIC 325 mm CCD1CCD2009年2月23日Flat mirror (vertical focusing)
MARMOSAIC 325 mm CCD2CCD2009年2月18日Flat mirror (vertical focusing)
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Single crystal Si(111) bent (horizontal focusing)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Single crystal Si(111) bent (horizontal focusing)SADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.918371
20.978451
反射解像度: 1.44→47.14 Å / Num. obs: 269676 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 17.07 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
1.44-1.520.4992120097401551,299.1
1.52-1.580.323.176688251351,299.4
1.58-1.660.244.287003281181,299.6
1.66-1.740.1765.672328232741,299.7
1.74-1.850.137.380011257081,299.6
1.85-1.990.0969.877653250141,299.6
1.99-2.20.07412.681530265621,299.1
2.2-2.510.08317.5130722247621,299.5
2.51-3.160.06422.2154951254841,299.2
3.16-47.140.04728.1152339254641,297.6

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0053精密化
PHENIX精密化
SHELX位相決定
MolProbity3beta29モデル構築
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
MAR345CCDデータ収集
XDSデータ削減
SHELXD位相決定
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.44→47.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.15 / SU B: 2.145 / SU ML: 0.037 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.053 / ESU R Free: 0.056
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 3. ATOM RECORDS CONTAIN RESIDUAL B FACTORS ONLY. 4. MPD/MRD AND EDO MODELED ARE PRESENT IN CRYSTALLIZATION/CRYO CONDITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.174 13577 5 %RANDOM
Rwork0.151 ---
obs0.152 269639 99.22 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 63.64 Å2 / Biso mean: 17.385 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.65 Å20 Å20.4 Å2
2---0.42 Å20 Å2
3---1.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.44→47.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9355 0 252 1733 11340
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.02210563
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.027369
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6081.9714356
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.902318020
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.86551379
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.34424.133542
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.898151940
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.531568
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.21538
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0211776
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022216
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.57636126
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.47432480
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.542510012
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.15284437
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.122114227
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A790MEDIUM POSITIONAL0.130.5
1B790MEDIUM POSITIONAL0.090.5
1C790MEDIUM POSITIONAL0.140.5
1D790MEDIUM POSITIONAL0.10.5
1A942LOOSE POSITIONAL0.415
1B942LOOSE POSITIONAL0.385
1C942LOOSE POSITIONAL0.365
1D942LOOSE POSITIONAL0.365
1A790MEDIUM THERMAL1.712
1B790MEDIUM THERMAL2.132
1C790MEDIUM THERMAL2.462
1D790MEDIUM THERMAL1.662
1A942LOOSE THERMAL1.9210
1B942LOOSE THERMAL2.1410
1C942LOOSE THERMAL2.3410
1D942LOOSE THERMAL1.7410
2A887MEDIUM POSITIONAL0.150.5
2B887MEDIUM POSITIONAL0.120.5
2C887MEDIUM POSITIONAL0.090.5
2D887MEDIUM POSITIONAL0.090.5
2A1060LOOSE POSITIONAL0.395
2B1060LOOSE POSITIONAL0.335
2C1060LOOSE POSITIONAL0.475
2D1060LOOSE POSITIONAL0.495
2A887MEDIUM THERMAL2.752
2B887MEDIUM THERMAL2.542
2C887MEDIUM THERMAL2.052
2D887MEDIUM THERMAL2.082
2A1060LOOSE THERMAL2.3310
2B1060LOOSE THERMAL2.4310
2C1060LOOSE THERMAL1.9110
2D1060LOOSE THERMAL2.1310
LS精密化 シェル解像度: 1.44→1.477 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 1013 -
Rwork0.316 18840 -
all-19853 -
obs--98.77 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.72680.13320.07340.8746-0.12810.3131-0.0160.00480.0763-0.0588-0.0057-0.1117-0.0112-0.01260.02170.0214-0.00130.00770.00780.00290.02715.674217.475886.8053
20.70460.3016-0.10261.0599-0.07280.3155-0.0269-0.0512-0.0588-0.03840.02730.07940.0257-0.029-0.00050.0324-0.00690.00290.02050.01020.0174-4.46482.777496.4458
30.24020.12940.06860.9746-0.00390.19380.02930.0294-0.0884-0.0698-0.0114-0.00430.01020.0106-0.01790.01780.00560.00420.0046-0.01330.096329.6847-19.494587.3048
41.04520.23330.12960.81660.41460.3651-0.0361-0.0480.01990.01510.0238-0.06710.01050.04310.01240.0244-0.001-0.00570.01120.00920.108749.8745-4.09896.0721
50.8141-0.19450.04510.2132-0.0120.24250.0040.08470.0946-0.00610.00810.03020.0098-0.0243-0.01210.005-0.00050.00520.03540.00490.057-40.8777-9.6162134.3034
60.7432-0.36210.09460.7423-0.00820.3205-0.0049-0.0410.00810.03570.01240.02860.0362-0.0233-0.00740.00820.00010.0030.0238-0.00810.0104-25.6239-29.6845143.3092
70.6676-0.1178-0.01830.5912-0.0180.3164-0.0140.0419-0.10130.0060.00280.0192-0.00770.0150.01120.0171-0.00110.01040.0411-0.00120.0204-3.73914.3078134.3868
81.1437-0.4249-0.25280.94240.1710.49010.00950.01710.05360.0324-0.03530.0742-0.0597-0.00680.02580.01580.00530.00490.039500.0192-19.104924.3818143.4627
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 153
2X-RAY DIFFRACTION2B17 - 153
3X-RAY DIFFRACTION3C0 - 153
4X-RAY DIFFRACTION4D17 - 153
5X-RAY DIFFRACTION5E0 - 153
6X-RAY DIFFRACTION6F17 - 153
7X-RAY DIFFRACTION7G0 - 153
8X-RAY DIFFRACTION8H17 - 153

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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