PDB-3zlg: Structure of group A Streptococcal enolase K362A mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3zlg

タイトル

Structure of group A Streptococcal enolase K362A mutant

要素

ENOLASE

キーワード

LYASE / PLASMINOGEN-BINDING

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphopyruvate hydratase / phosphopyruvate hydratase complex / phosphopyruvate hydratase activity / peptidoglycan-based cell wall / glycolytic process / cell surface / magnesium ion binding / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

STREPTOCOCCUS PYOGENES MGAS10394 (化膿レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Cork, A.J. / Ericsson, D.J. / Law, R.H.P. / Casey, L.W. / Valkov, E. / Bertozzi, C. / Stamp, A. / Aquilina, J.A. / Whisstock, J.C. / Walker, M.J. / Kobe, B.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2015
タイトル: Stability of the Octameric Structure Affects Plasminogen-Binding Capacity of Streptococcal Enolase.
著者: Cork, A.J. / Ericsson, D.J. / Law, R.H.P. / Casey, L.W. / Valkov, E. / Bertozzi, C. / Stamp, A. / Jovcevski, B. / Aquilina, J.A. / Whisstock, J.C. / Walker, M.J. / Kobe, B.

履歴

登録	2013年1月31日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年2月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年4月8日	Group: Database references
改定 2.0	2023年12月20日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AC" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3zlg.cif.gz	938.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3zlg.ent.gz	798.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3zlg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3zlg_validation.pdf.gz	471.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3zlg_full_validation.pdf.gz	482.4 KB	表示
XML形式データ	3zlg_validation.xml.gz	60.2 KB	表示
CIF形式データ	3zlg_validation.cif.gz	84.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zl/3zlg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zl/3zlg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3zlfC 3zlhC 1w6tS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2bvh-1 5hxw-1 2mv0-d 5enl-d 4g7f-d 7enl-d 4e2y-d 4ij5-d 1nel-d 2pu0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (12)

登録構造単位

A: ENOLASE

B: ENOLASE

C: ENOLASE

D: ENOLASE

ヘテロ分子

199 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ENOLASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: ENOLASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.7 kDa, 1 ポリマー
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3

C: ENOLASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.7 kDa, 1 ポリマー
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4

D: ENOLASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	187.255, 187.255, 57.156
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	75
Space group name H-M	P4

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.8458, -0.5334, 0.00696), (-0.5334, -0.8459, -0.006703), (0.009463, 0.001958, -1)	0.1785, -0.1016, -62.84
2	given	(0.4776, 0.8786, -0.005644), (-0.8786, 0.4776, -0.001648), (0.001247, 0.005745, 1)	37.53, 126.7, -30.04
3	given	(-0.495, 0.8688, -0.01049), (0.8689, 0.495, -0.004663), (0.001142, -0.01142, -0.9999)	127.6, -34.94, -33.28

#1: タンパク質	ENOLASE / 2-PHOSPHO-D-GLYCERATE HYDRO-LYASE / 2-PHOSPHOGLYCERATE DEHYDRATASE 分子量: 49518.465 Da / 分子数: 4 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) STREPTOCOCCUS PYOGENES MGAS10394 (化膿レンサ球菌) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5XD01, phosphopyruvate hydratase
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 424 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.1 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6 詳細: 1-3.5 M SODIUM/POTASSIUM PHOSPHATE BUFFER (PH 5-7.5); 2% PEG 400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.979459
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979459 Å / 相対比: 1
Reflection twin	Operator: h,-k,-l / Fraction: 0.09
反射	解像度: 2.1→19.97 Å / Num. obs: 116292 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 11.3 % / B_iso Wilson estimate: 29.86 Å² / R_merge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 14.16
反射シェル	解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 1.5 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1W6T

1w6t

解像度: 2.1→19.969 Å / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.35 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.207	5863	5 %
R_work	0.1787	-	-
obs	0.1834	116292	100 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.51 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→19.969 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13240	0	40	424	13704

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	13484
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.926	18240
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.328	4924
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	2040
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	2392

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.1362	0.2937	290	0.2621	5462	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1362-2.175	0.2867	306	0.2489	5466	X-RAY DIFFRACTION	95
2.175-2.2167	0.2787	311	0.2517	5445	X-RAY DIFFRACTION	95
2.2167-2.2619	0.392	297	0.3577	5486	X-RAY DIFFRACTION	95
2.2619-2.311	0.2956	311	0.2699	5438	X-RAY DIFFRACTION	95
2.311-2.3646	0.2392	301	0.214	5479	X-RAY DIFFRACTION	95
2.3646-2.4236	0.2344	279	0.2076	5495	X-RAY DIFFRACTION	95
2.4236-2.489	0.2354	306	0.2085	5502	X-RAY DIFFRACTION	95
2.489-2.562	0.2428	293	0.2045	5448	X-RAY DIFFRACTION	95
2.562-2.6445	0.2336	298	0.2047	5517	X-RAY DIFFRACTION	95
2.6445-2.7387	0.2525	291	0.1969	5480	X-RAY DIFFRACTION	95
2.7387-2.8479	0.2206	294	0.1949	5538	X-RAY DIFFRACTION	95
2.8479-2.977	0.2316	304	0.1988	5488	X-RAY DIFFRACTION	95
2.977-3.1332	0.2204	329	0.1948	5453	X-RAY DIFFRACTION	94
3.1332-3.3283	0.2197	299	0.1922	5523	X-RAY DIFFRACTION	95
3.3283-3.5834	0.2008	233	0.1705	5616	X-RAY DIFFRACTION	96
3.5834-3.9405	0.182	285	0.1519	5523	X-RAY DIFFRACTION	95
3.9405-4.5028	0.1367	282	0.1268	5581	X-RAY DIFFRACTION	95
4.5028-5.6436	0.1522	280	0.135	5648	X-RAY DIFFRACTION	95
5.6436-17.9364	0.1821	274	0.1517	5766	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.613	-0.2739	0.3291	1.9011	-0.2588	1.6314	0.0619	0.1845	-0.0582	-0.4108	-0.0554	-0.0091	0.0308	0.1452	-0.0179	0.2753	0.011	0.0102	0.2643	-0.0345	0.219	30.7717	7.0153	-43.7509
2	1.358	0.1321	0.3717	3.0439	0.4657	1.0873	-0.0544	0.0906	-0.0083	-0.2075	0.1038	-0.7303	-0.0943	0.3994	-0.0391	0.2677	-0.036	0.0255	0.3504	-0.0016	0.3589	52.2435	6.6665	-30.7219
3	1.3691	0.4749	-0.5224	1.0648	0.2079	1.1128	0.1185	-0.2891	0.0654	0.2153	-0.1007	0.0022	0.0441	0.0265	-0.0171	0.2405	0.0075	-0.0135	0.283	-0.0218	0.2101	22.3878	-22.4436	-19.0342
4	1.1058	0.1092	0.1948	0.999	-0.145	0.6374	0.0091	-0.026	-0.134	-0.0134	-0.0376	-0.186	0.1489	0.1315	0.0175	0.2609	0.084	0.0245	0.2938	0.0072	0.2553	40.6596	-33.3653	-31.7553
5	1.9377	-0.2549	0.4	0.4909	0.1346	1.2138	0.0731	0.3949	-0.0394	-0.1325	-0.0272	-0.0442	-0.0283	-0.0262	-0.0465	0.1891	0.007	0.0433	0.2767	-0.0169	0.2301	101.9515	-63.1144	-13.3656
6	1.8809	-0.4633	-0.1099	1.4181	-0.0215	1.0001	0.1133	0.0776	0.4836	-0.0139	-0.0405	-0.2414	-0.25	0.1097	-0.0722	0.2587	-0.0236	0.046	0.2733	-0.0165	0.3832	112.5218	-44.4808	-0.6093
7	1.5221	0.2178	0.515	0.5946	-0.1521	1.2813	0.0707	-0.315	-0.0931	0.1398	-0.0191	0.0508	-0.0374	-0.0868	-0.0594	0.1782	0.0086	0.0526	0.2391	0.0188	0.2184	84.4272	-63.28	11.2888
8	1.7732	0.1122	-0.3672	1.2784	-0.1423	1.1985	0.1184	-0.0187	0.3895	0.0456	-0.0445	0.0838	-0.2744	-0.0648	-0.072	0.2658	0.0313	0.0468	0.2521	0.0072	0.3282	73.418	-44.8549	-1.9667

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESID 1 THROUGH 151 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESID 152 THROUGH 433 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN B AND (RESID 1 THROUGH 151 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN B AND (RESID 152 THROUGH 433 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN C AND (RESID 1 THROUGH 151 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN C AND (RESID 152 THROUGH 433 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN D AND (RESID 1 THROUGH 151 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN D AND (RESID 152 THROUGH 433 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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