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- PDB-6tc9: Crystal structure of MutM from Neisseria meningitidis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tc9
タイトルCrystal structure of MutM from Neisseria meningitidis
要素
  • DNA
  • DNA containing abasic site analogue
  • Formamidopyrimidine-DNA glycosylase
キーワードDNA BINDING PROTEIN / MutM / Fpg/Nei / Neisseria meningitidis / BER / DNA repair
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-formamidopyrimidine glycosylase / 8-oxo-7,8-dihydroguanine DNA N-glycosylase activity / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / base-excision repair / damaged DNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Formamidopyrimidine-DNA glycosylase / Zinc finger, DNA glycosylase/AP lyase-type / Zinc finger, FPG/IleRS-type / DNA glycosylase/AP lyase, zinc finger domain, DNA-binding site / Zinc finger found in FPG and IleRS / Zinc finger FPG-type signature. / Zinc finger FPG-type profile. / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase H2TH domain / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase N-terminal domain / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase N-terminal domain ...Formamidopyrimidine-DNA glycosylase / Zinc finger, DNA glycosylase/AP lyase-type / Zinc finger, FPG/IleRS-type / DNA glycosylase/AP lyase, zinc finger domain, DNA-binding site / Zinc finger found in FPG and IleRS / Zinc finger FPG-type signature. / Zinc finger FPG-type profile. / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase H2TH domain / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase N-terminal domain / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase N-terminal domain / MutM-like, N-terminal / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase, catalytic domain / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase catalytic domain profile. / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase H2TH domain / DNA glycosylase/AP lyase, H2TH DNA-binding / Ribosomal protein S13-like, H2TH
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria meningitidis alpha522 (髄膜炎菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.175 Å
データ登録者Silhan, J. / Landova, B. / Boura, E.
資金援助 チェコ, 1件
組織認可番号国
Czech Academy of Sciences17-21649Y チェコ
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2020
タイトル: Conformational changes of DNA repair glycosylase MutM triggered by DNA binding.
著者: Landova, B. / Silhan, J.
履歴
登録2019年11月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: DNA containing abasic site analogue
G: DNA containing abasic site analogue
A: Formamidopyrimidine-DNA glycosylase
B: DNA
C: Formamidopyrimidine-DNA glycosylase
F: DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,7869
ポリマ－78,6306
非ポリマー1553
水1,06359
1
D: DNA containing abasic site analogue
A: Formamidopyrimidine-DNA glycosylase
B: DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,3814
ポリマ－39,3153
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3730 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area15970 Å2
手法PISA
2
G: DNA containing abasic site analogue
C: Formamidopyrimidine-DNA glycosylase
F: DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,4055
ポリマ－39,3153
非ポリマー902
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3790 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area15980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)130.770, 80.380, 83.620
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 89.950, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 2 through 123 or resid 126...
21(chain C and (resid 2 through 31 or resid 33...
12chain B
22chain F
13chain D
23chain G

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111PROPROGLUGLU(chain A and (resid 2 through 123 or resid 126...AC2 - 1232 - 123
121GLUGLUPHEPHE(chain A and (resid 2 through 123 or resid 126...AC126 - 236126 - 236
131PROPROLYSLYS(chain A and (resid 2 through 123 or resid 126...AC2 - 2752 - 275
141PROPROLYSLYS(chain A and (resid 2 through 123 or resid 126...AC2 - 2752 - 275
151PROPROLYSLYS(chain A and (resid 2 through 123 or resid 126...AC2 - 2752 - 275
161PROPROLYSLYS(chain A and (resid 2 through 123 or resid 126...AC2 - 2752 - 275
171PROPROLYSLYS(chain A and (resid 2 through 123 or resid 126...AC2 - 2752 - 275
181PROPROLYSLYS(chain A and (resid 2 through 123 or resid 126...AC2 - 2752 - 275
191PROPROLYSLYS(chain A and (resid 2 through 123 or resid 126...AC2 - 2752 - 275
211PROPROLEULEU(chain C and (resid 2 through 31 or resid 33...CE2 - 312 - 31
221LEULEUILEILE(chain C and (resid 2 through 31 or resid 33...CE33 - 6233 - 62
231ARGARGARGARG(chain C and (resid 2 through 31 or resid 33...CE6363
241PROPROLYSLYS(chain C and (resid 2 through 31 or resid 33...CE2 - 2752 - 275
251PROPROLYSLYS(chain C and (resid 2 through 31 or resid 33...CE2 - 2752 - 275
261PROPROLYSLYS(chain C and (resid 2 through 31 or resid 33...CE2 - 2752 - 275
271PROPROLYSLYS(chain C and (resid 2 through 31 or resid 33...CE2 - 2752 - 275
112DADADCDCchain BBD1 - 141 - 14
212DADADCDCchain FFF1 - 141 - 14
113DTDTDCDCchain DDA3 - 143 - 14
213DTDTDCDCchain GGB3 - 143 - 14

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 DGBF

#1: DNA鎖 DNA containing abasic site analogue


分子量: 4082.644 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA


分子量: 4329.829 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AC

#2: タンパク質 Formamidopyrimidine-DNA glycosylase / Fapy-DNA glycosylase / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase MutM / AP lyase MutM


分子量: 30902.727 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria meningitidis alpha522 (髄膜炎菌)
遺伝子: mutM, fpg, NMALPHA522_0971 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: I4E596, DNA-formamidopyrimidine glycosylase, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase

-
非ポリマー , 3種, 62分子

#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.84 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 100 mM Tris-HCl pH = 8.5, 200 mM Magnesium acetate,

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795, 1.0389
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2009年12月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97951
21.03891
反射解像度: 2.175→36.223 Å / Num. obs: 44999 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.9 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rrim(I) all: 0.083 / Net I/σ(I): 7.63
反射 シェル解像度: 2.175→2.253 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.605 / Mean I/σ(I) obs: 1.95 / Num. unique obs: 4371 / CC1/2: 0.856 / Rrim(I) all: 0.7124 / % possible all: 95.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2-3472精密化
XSCALEdata processing
PHASER位相決定
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6TC6

6tc6


解像度: 2.175→36.223 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 35.3 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2809 2246 5 %
Rwork0.238 --
obs0.2401 44909 98.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 154.19 Å2 / Biso mean: 72.4471 Å2 / Biso min: 31.43 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.175→36.223 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4075 1036 3 59 5173
Biso mean--64.29 67.3 -
残基数----570
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1562X-RAY DIFFRACTION7.174TORSIONAL
12C1562X-RAY DIFFRACTION7.174TORSIONAL
21B272X-RAY DIFFRACTION7.174TORSIONAL
22F272X-RAY DIFFRACTION7.174TORSIONAL
31D236X-RAY DIFFRACTION7.174TORSIONAL
32G236X-RAY DIFFRACTION7.174TORSIONAL
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 42.6938 Å / Origin y: 1.1627 Å / Origin z: 20.8958 Å
111213212223313233
T0.2815 Å20.0008 Å2-0.0002 Å2-0.4497 Å20.0064 Å2--0.2819 Å2
L0.9088 °20.0157 °2-0.003 °2-0.8358 °20.3036 °2--4.2576 °2
S0.3026 Å °0.0075 Å °-0.0081 Å °-0.0118 Å °-0.4264 Å °-0.1751 Å °-0.0236 Å °-0.6413 Å °0.0472 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allD3 - 14
2X-RAY DIFFRACTION1allG3 - 14
3X-RAY DIFFRACTION1allA2 - 275
4X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 14
5X-RAY DIFFRACTION1allE1
6X-RAY DIFFRACTION1allC2 - 275
7X-RAY DIFFRACTION1allF1 - 14
8X-RAY DIFFRACTION1allH1
9X-RAY DIFFRACTION1allJ1 - 59
10X-RAY DIFFRACTION1allK1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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