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- PDB-2xzu: CRYSTAL STRUCTURE OF A COMPLEX BETWEEN THE WILD-TYPE LACTOCOCCUS ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2xzu | ||||||
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Title | CRYSTAL STRUCTURE OF A COMPLEX BETWEEN THE WILD-TYPE LACTOCOCCUS LACTIS FPG (MUTM) AND AN OXIDIZED PYRIMIDINE CONTAINING DNA AT 310K | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | HYDROLASE/DNA / HYDROLASE-DNA COMPLEX / LYASE | ||||||
Function / homology | ![]() DNA-formamidopyrimidine glycosylase / 8-oxo-7,8-dihydroguanine DNA N-glycosylase activity / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / base-excision repair / damaged DNA binding / zinc ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() SYNTHETIC CONSTRUCT (others) | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lebihan, Y.V. / Izquierdo, M.A. / Coste, F. / Culard, F. / Gehrke, T.H. / Essalhi, K. / Aller, P. / Carrel, T. / Castaing, B. | ||||||
![]() | ![]() Title: 5-Hydroxy-5-Methylhydantoin DNA Lesion, a Molecular Trap for DNA Glycosylases Authors: Le Bihan, Y.V. / Izquierdo, M.A. / Coste, F. / Aller, P. / Culard, F. / Gehrke, T.H. / Essalhi, K. / Carrel, T. / Castaing, B. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 128.9 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 452.9 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 19.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 30 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 2xzfC ![]() 1xc8S C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 31116.217 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: CHAIN A RESIDUE P 1 COVALENTLY LINKED TO CHAIN B RESIDUE VET 7 Source: (gene. exp.) ![]() Strain: SUBSP CREMORIS / Plasmid: PFLAG / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: P42371, DNA-formamidopyrimidine glycosylase, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase |
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-DNA chain , 2 types, 2 molecules BC
#2: DNA chain | Mass: 4180.727 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically Details: CHAIN B RESIDUE VET 7 COVALENTLY LINKED TO CHAIN A RESIDUE P 1 Source: (synth.) SYNTHETIC CONSTRUCT (others) |
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#3: DNA chain | Mass: 4355.884 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) SYNTHETIC CONSTRUCT (others) |
-Non-polymers , 3 types, 490 molecules ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: Chemical | ChemComp-ZN / |
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#5: Chemical | ChemComp-GOL / |
#6: Water | ChemComp-HOH / |
-Details
Nonpolymer details | (5-METHYLHYDANTOIN-2-HYDROXYCYCLOPENTYL)METHYL 5'-PHOSPHATE (VET): VET IS COVALENTLY ATTACHED TO ...(5-METHYLHYDA |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.5 Å3/Da / Density % sol: 65 % / Description: NONE |
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Crystal grow | pH: 7.6 / Details: HEPES, SODIUM CITRATE, PH 7.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC CCD / Detector: CCD / Date: Mar 21, 2006 / Details: BENT CYLINDRICAL MIRROR |
Radiation | Monochromator: SINGLE CRYSTAL, SI(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97935 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.82→48.06 Å / Num. obs: 55526 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 5 % / Biso Wilson estimate: 22.49 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 11.4 |
Reflection shell | Resolution: 1.82→1.92 Å / Redundancy: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 99.9 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 1XC8 Resolution: 1.82→48.079 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.35 / Phase error: 16.57 / Stereochemistry target values: ML / Details: RESIDUES A 219 TO A 223 ARE DISORDERED.
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 46.162 Å2 / ksol: 0.363 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 27.296 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.82→48.079 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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