PDB-5a51: The crystal structure of Arabidopsis thaliana CAR4 in complex wit...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5a51

タイトル

The crystal structure of Arabidopsis thaliana CAR4 in complex with two calcium ions and phophatidyl serine

要素

AT3G17980

キーワード

LIPID BINDING PROTEIN / CALCIUM BINDING PROTEIN / C2 DOMAIN

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of response to salt stress / positive regulation of abscisic acid-activated signaling pathway / positive regulation of defense response to bacterium / abscisic acid-activated signaling pathway / response to salt stress / GTPase activator activity / defense response / phospholipid binding / lipid binding / calcium ion binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.602 Å

データ登録者

Diaz, M. / Albert, A.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Calcium-Dependent Oligomerization of Car Proteins at Cell Membrane Modulates Aba Signaling.
著者: Diaz, M. / Sanchez-Barrena, M.J. / Gonzalez-Rubio, J.M. / Rodriguez, L. / Fernandez, D. / Antoni, R. / Yunta, C. / Belda-Palazon, B. / Gonzalez-Guzman, M. / Peirats-Llobet, M. / Menendez, M. ...

履歴

登録	2015年6月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年3月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5a51.cif.gz	92.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5a51.ent.gz	70 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5a51.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a5/5a51 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a5/5a51	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5a4xC 5a50C 5a52C 4v29S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5a4x-2 7bp6-d 5qs3-d 5a4x-1 3fmv-5 5qrl-d 5qsf-d 6u8h-d 4che-d 4txq-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (5) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (5) #239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (5)

登録構造単位

A: AT3G17980

B: AT3G17980

ヘテロ分子

40.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: AT3G17980

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
20 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: AT3G17980

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
20.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	35.583, 89.769, 109.642
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.9992, 0.03148, -0.02437), (0.03314, -0.9969, 0.07112), (-0.02206, -0.07187, -0.9972)
ベクター: 1.244, 3.077, -44.2)

#1: タンパク質	AT3G17980 / CAR4 分子量: 19926.002 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9LVH4
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-SEP / PHOSPHOSERINE / PHOSPHONOSERINE / L-ホスホセリンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 185.072 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈NO₆P
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 531 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.01 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: FROM 20 TO 25 % OF POLYETHYLENE GLYCOL 6K, 0.1M MES PH 6.0 TO 6.5 AND 0.1M LICL 5MM PSF

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.94
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.94 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→46.7 Å / Num. obs: 88958 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.8 % / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 14.2
反射シェル	解像度: 1.6→1.72 Å / 冗長度: 11.2 % / R_merge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 6.7 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4V29

4v29

解像度: 1.602→46.787 Å / SU ML: 0.44 / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.15 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2217	4526	5.1 %
R_work	0.1923	-	-
obs	0.1939	88958	99.79 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 39.278 Å² / k_sol: 0.332 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.1154 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.1693 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.9461 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.602→46.787 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2616	0	15	531	3162

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2662
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.077	3600
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.304	1026
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	425
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	457

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6023-1.6205	0.2655	117	0.2416	2748	X-RAY DIFFRACTION	96
1.6205-1.6396	0.2744	188	0.2335	2727	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6396-1.6596	0.2375	131	0.2299	2859	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6596-1.6806	0.2563	165	0.2195	2806	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6806-1.7027	0.2088	150	0.2002	2845	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7027-1.726	0.259	150	0.2098	2770	X-RAY DIFFRACTION	100
1.726-1.7507	0.2306	182	0.2075	2799	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7507-1.7768	0.3019	132	0.1943	2878	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7768-1.8046	0.2168	115	0.1941	2829	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8046-1.8342	0.2215	180	0.1972	2757	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8342-1.8658	0.2582	173	0.1874	2874	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8658-1.8997	0.2798	147	0.1933	2761	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8997-1.9363	0.2147	136	0.2036	2840	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9363-1.9758	0.2566	143	0.188	2875	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9758-2.0188	0.2658	152	0.2003	2775	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0188-2.0657	0.2632	150	0.1964	2831	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0657-2.1174	0.2198	110	0.1888	2878	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1174-2.1746	0.2193	145	0.1899	2794	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1746-2.2386	0.235	138	0.194	2864	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2386-2.3109	0.2439	153	0.1873	2788	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3109-2.3935	0.2331	171	0.1915	2841	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3935-2.4893	0.2238	172	0.1947	2783	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4893-2.6026	0.249	141	0.2065	2830	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6026-2.7398	0.247	159	0.2107	2843	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7398-2.9114	0.2164	174	0.1943	2764	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9114-3.1362	0.2168	135	0.1893	2816	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1362-3.4517	0.1838	144	0.175	2838	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4517-3.9509	0.1502	166	0.1729	2835	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9509-4.9768	0.173	145	0.1622	2815	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9768-46.8065	0.2489	162	0.2156	2769	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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