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- PDB-6u50: Anti-Sudan ebolavirus Nucleoprotein Single Domain Antibody Sudan ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6u50
タイトルAnti-Sudan ebolavirus Nucleoprotein Single Domain Antibody Sudan B (SB)
要素Anti-Sudan ebolavirus Nucleoprotein Single Domain Antibody Sudan B (SB)
キーワードIMMUNE SYSTEM / Antibody / nanobody / Ebola / filovirus
生物種Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Taylor, A.B. / Sherwood, L.J. / Hart, P.J. / Hayhurst, A.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI112851 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R21 AI105568 米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)C06 RR012087 米国
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2019
タイトル: Paratope Duality and Gullying are Among the Atypical Recognition Mechanisms Used by a Trio of Nanobodies to Differentiate Ebolavirus Nucleoproteins.
著者: Sherwood, L.J. / Taylor, A.B. / Hart, P.J. / Hayhurst, A.
履歴
登録2019年8月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年12月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.32020年1月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Anti-Sudan ebolavirus Nucleoprotein Single Domain Antibody Sudan B (SB)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1752
ポリマ－13,0561
非ポリマー1181
水1,54986
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.839, 47.839, 85.378
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z

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要素

#1: 抗体 Anti-Sudan ebolavirus Nucleoprotein Single Domain Antibody Sudan B (SB)


分子量: 13056.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Semi-synthetic single pot library Nomad 1 based upon Lama glama
由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / プラスミド: pecan219 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.14 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 37.5% precipitant mix (2-methyl-2,4-pentanediol, polyethylene glycol [PEG] 1000, PEG 3350), 0.1 M amino acids mix (glutamate, alanine, glycine, lysine, serine), 0.1 M HEPES/MOPS pH 7.5 ...詳細: 37.5% precipitant mix (2-methyl-2,4-pentanediol, polyethylene glycol [PEG] 1000, PEG 3350), 0.1 M amino acids mix (glutamate, alanine, glycine, lysine, serine), 0.1 M HEPES/MOPS pH 7.5 {Molecular Dimensions Morpheus HT-96 Condition H8}

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年1月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→42.69 Å / Num. obs: 15558 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 9.7 % / Biso Wilson estimate: 17.62 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.142 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 1.6→1.68 Å / 冗長度: 8.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 2140 / CC1/2: 0.367 / Rpim(I) all: 0.605 / Rrim(I) all: 1.82 / % possible all: 96.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6U51

6u51


解像度: 1.6→37.27 Å / SU ML: 0.209 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 21.2285
Rfactor反射数%反射
Rfree0.214 1567 10.1 %
Rwork0.1689 --
obs0.1736 15516 99.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 25.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→37.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数866 0 8 86 960
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0094893
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.96061210
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0848130
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052161
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6357334
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.650.33131320.2631189X-RAY DIFFRACTION95.38
1.65-1.710.29981400.21221252X-RAY DIFFRACTION100
1.71-1.780.25721440.19471260X-RAY DIFFRACTION100
1.78-1.860.24441330.17521240X-RAY DIFFRACTION100
1.86-1.950.24151410.15681246X-RAY DIFFRACTION100
1.95-2.080.18921470.13911275X-RAY DIFFRACTION100
2.08-2.240.18921420.13781259X-RAY DIFFRACTION100
2.24-2.460.2471440.15821265X-RAY DIFFRACTION100
2.46-2.820.2071410.16971293X-RAY DIFFRACTION100
2.82-3.550.21591450.16551300X-RAY DIFFRACTION100
3.55-37.270.18311580.17471370X-RAY DIFFRACTION99.48

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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