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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6u50 | ||||||||||||
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タイトル | Anti-Sudan ebolavirus Nucleoprotein Single Domain Antibody Sudan B (SB) | ||||||||||||
要素 | Anti-Sudan ebolavirus Nucleoprotein Single Domain Antibody Sudan B (SB) | ||||||||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM / Antibody / nanobody / Ebola / filovirus | ||||||||||||
生物種 | Lama glama (ラマ) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Taylor, A.B. / Sherwood, L.J. / Hart, P.J. / Hayhurst, A. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2019 タイトル: Paratope Duality and Gullying are Among the Atypical Recognition Mechanisms Used by a Trio of Nanobodies to Differentiate Ebolavirus Nucleoproteins. 著者: Sherwood, L.J. / Taylor, A.B. / Hart, P.J. / Hayhurst, A. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6u50.cif.gz | 64.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6u50.ent.gz | 42.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6u50.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6u50_validation.pdf.gz | 263 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6u50_full_validation.pdf.gz | 262.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6u50_validation.xml.gz | 1.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6u50_validation.cif.gz | 2.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u5/6u50 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u5/6u50 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 13056.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Semi-synthetic single pot library Nomad 1 based upon Lama glama 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / プラスミド: pecan219 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
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#2: 化合物 | ChemComp-MPD / ( |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.14 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 37.5% precipitant mix (2-methyl-2,4-pentanediol, polyethylene glycol [PEG] 1000, PEG 3350), 0.1 M amino acids mix (glutamate, alanine, glycine, lysine, serine), 0.1 M HEPES/MOPS pH 7.5 ...詳細: 37.5% precipitant mix (2-methyl-2,4-pentanediol, polyethylene glycol [PEG] 1000, PEG 3350), 0.1 M amino acids mix (glutamate, alanine, glycine, lysine, serine), 0.1 M HEPES/MOPS pH 7.5 {Molecular Dimensions Morpheus HT-96 Condition H8} |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年1月31日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54178 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→42.69 Å / Num. obs: 15558 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 9.7 % / Biso Wilson estimate: 17.62 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.142 / Net I/σ(I): 12.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.68 Å / 冗長度: 8.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 2140 / CC1/2: 0.367 / Rpim(I) all: 0.605 / Rrim(I) all: 1.82 / % possible all: 96.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6U51 解像度: 1.6→37.27 Å / SU ML: 0.209 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 21.2285
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.46 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→37.27 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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