+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5lmj | ||||||
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Title | Llama nanobody PorM_19 | ||||||
Components | nanobody | ||||||
Keywords | IMMUNE SYSTEM / nanobody / Porphyromonas gingivalis / Type-9 Secretion System (T9SS) | ||||||
Function / homology | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / PHOSPHATE ION Function and homology information | ||||||
Biological species | Lama glama (llama) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.1 Å | ||||||
Authors | Leone, P. / Cambillau, C. / Roussel, A. | ||||||
Funding support | France, 1items
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Citation | Journal: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / Year: 2017 Title: Camelid nanobodies used as crystallization chaperones for different constructs of PorM, a component of the type IX secretion system from Porphyromonas gingivalis. Authors: Duhoo, Y. / Roche, J. / Trinh, T.T.N. / Desmyter, A. / Gaubert, A. / Kellenberger, C. / Cambillau, C. / Roussel, A. / Leone, P. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5lmj.cif.gz | 220.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5lmj.ent.gz | 180.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5lmj.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5lmj_validation.pdf.gz | 467.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5lmj_full_validation.pdf.gz | 470.7 KB | Display | |
Data in XML | 5lmj_validation.xml.gz | 24.8 KB | Display | |
Data in CIF | 5lmj_validation.cif.gz | 35.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lm/5lmj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lm/5lmj | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5fwoC 5lmwC 5lz0C 4hemS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Antibody | Mass: 14597.071 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Lama glama (llama) / Plasmid: pHEN6 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Variant (production host): WK6 #2: Chemical | ChemComp-PO4 / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.21 Å3/Da / Density % sol: 70.8 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.1M Hepes pH4.5-5.5 0.4-1.2M NaH2PO4 0.4-1.2M KH2PO4 PH range: 4.5-5.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID29 / Wavelength: 1.07224 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 5, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.07224 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.1→48.1 Å / Num. obs: 58799 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 8.7 % / Biso Wilson estimate: 54.06 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 15 |
Reflection shell | Resolution: 2.1→2.21 Å / Redundancy: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 1.353 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / CC1/2: 0.652 / % possible all: 99.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4HEM Resolution: 2.1→46.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.127 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.135 / SU Rfree Blow DPI: 0.124 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.119
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Displacement parameters | Biso mean: 69.1 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.25 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 2.1→46.63 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.1→2.15 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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