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- PDB-3p0c: Nischarin PX-domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3p0c
タイトルNischarin PX-domain
要素Nischarin
キーワードSIGNALING PROTEIN / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / PX-domain
機能・相同性
機能・相同性情報


outer dynein arm assembly / dynein heavy chain binding / RND2 GTPase cycle / RND3 GTPase cycle / Rac protein signal transduction / alpha-tubulin binding / intercellular bridge / RAC1 GTPase cycle / phosphatidylinositol binding / negative regulation of cell migration ...outer dynein arm assembly / dynein heavy chain binding / RND2 GTPase cycle / RND3 GTPase cycle / Rac protein signal transduction / alpha-tubulin binding / intercellular bridge / RAC1 GTPase cycle / phosphatidylinositol binding / negative regulation of cell migration / recycling endosome / integrin binding / microtubule cytoskeleton / actin cytoskeleton organization / early endosome / intracellular membrane-bounded organelle / apoptotic process / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nischarin, PX domain / Phox-like domain / PX Domain / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / PX domain profile. / PX domain / Phox homology / PX domain superfamily / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Leucine-rich repeat profile. ...Nischarin, PX domain / Phox-like domain / PX Domain / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / PX domain profile. / PX domain / Phox homology / PX domain superfamily / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.273 Å
データ登録者Schutz, P. / Karlberg, T. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Bountra, C. / Collins, R. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. ...Schutz, P. / Karlberg, T. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Bountra, C. / Collins, R. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Johansson, I. / Kol, S. / Kotenyova, T. / Kouznetsova, E. / Moche, M. / Nyman, T. / Persson, C. / Siponen, M.I. / Thorsell, A.G. / Tresaugues, L. / Van Der Berg, S. / Wahlberg, E. / Welin, M. / Weigelt, J. / Nordlund, P. / Schuler, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of Nischarin PX-domain
著者: Schutz, P. / Karlberg, T. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Bountra, C. / Collins, R. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Johansson, I. / Kol, S. / ...著者: Schutz, P. / Karlberg, T. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Bountra, C. / Collins, R. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Johansson, I. / Kol, S. / Kotenyova, T. / Kouznetsova, E. / Moche, M. / Nyman, T. / Persson, C. / Siponen, M.I. / Thorsell, A.G. / Tresaugues, L. / Van Der Berg, S. / Wahlberg, E. / Welin, M. / Weigelt, J. / Nordlund, P. / Schuler, H.
履歴
登録2010年9月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nischarin
B: Nischarin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,5774
ポリマ－30,3932
非ポリマー1842
水2,648147
1
A: Nischarin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2882
ポリマ－15,1961
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Nischarin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2882
ポリマ－15,1961
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Nischarin
ヘテロ分子

B: Nischarin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,5774
ポリマ－30,3932
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_445-x-1,y-1/2,-z+1/21
Buried area1390 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area11690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.880, 64.780, 80.680
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Nischarin


分子量: 15196.305 Da / 分子数: 2 / 断片: PX-domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NISCH, IRAS, KIAA0975 / プラスミド: pNIC-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) R3 pRARE / 参照: UniProt: Q9Y2I1
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.57 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: 11% PEG monomethyl ether 2000, 0.3M NaCl, 0.1M Tris, 0.3M trimetylamine n-oxide, 1mM benzene 1,2,4-trisphosphate, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月8日
放射モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.27→57.88 Å / Num. obs: 14541 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.7 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 21.1
反射 シェル解像度: 2.27→2.4 Å / 冗長度: 12.9 % / Rmerge(I) obs: 0.215 / Mean I/σ(I) obs: 11.4 / Num. unique all: 2071 / Rsym value: 0.215 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
GDAデータ収集
Auto-Rickshaw位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6_289)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.273→50.513 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8721 / SU ML: 0.24 / σ(F): 0.1 / 位相誤差: 19.05 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21 725 5.05 %RANDOM
Rwork0.1737 ---
obs0.1755 14357 98.99 %-
all-14499 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 31.547 Å2 / ksol: 0.334 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 101.83 Å2 / Biso mean: 25.8897 Å2 / Biso min: 2.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.6009 Å2-0 Å20 Å2
2---4.2775 Å2-0 Å2
3---0.6766 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.273→50.513 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1755 0 12 147 1914
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071811
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9252457
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064277
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004308
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.025631
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.273-2.44850.26791560.18312622277898
2.4485-2.69490.25351410.17972697283899
2.6949-3.08480.20261240.16752712283699
3.0848-3.88630.17641560.158127282884100
3.8863-50.5250.18771480.17372873302199
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -21.3813 Å / Origin y: -7.8605 Å / Origin z: 8.4111 Å
111213212223313233
T0.0292 Å20.0093 Å20.0029 Å2-0.0399 Å20.0064 Å2--0.015 Å2
L0.4345 °20.1932 °20.0645 °2-0.445 °20.2049 °2--0.1661 °2
S0.0339 Å °-0.0456 Å °-0.0434 Å °-0.0447 Å °-0.0187 Å °-0.093 Å °-0.0319 Å °-0.0475 Å °-0.012 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA11 - 121
2X-RAY DIFFRACTION1allB16 - 123

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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