PDB-3jst: Crystal structure of transcriptional coactivator/pterin dehydrata...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3jst

タイトル

Crystal structure of transcriptional coactivator/pterin dehydratase from Brucella Melitensis

要素

Putative pterin-4-alpha-carbinolamine dehydratase

キーワード

LYASE / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID

機能・相同性

機能・相同性情報

4a-hydroxytetrahydrobiopterin dehydratase / 4-alpha-hydroxytetrahydrobiopterin dehydratase activity / tetrahydrobiopterin biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Brucella melitensis (マルタ熱菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of transcriptional coactivator/pterin dehydratase from Brucella Melitensis
著者: Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

履歴

登録	2009年9月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年9月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3jst.cif.gz	54.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3jst.ent.gz	39.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3jst.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/js/3jst ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/js/3jst	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1dchS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3c0d-7 5m3g-3 3nxb-1 2v94-2 5v1u-1 4c45-d 1m1p-1 2qpz-d 1nz6-1 3p0c-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: brabA.00012.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Putative pterin-4-alpha-carbinolamine dehydratase

B: Putative pterin-4-alpha-carbinolamine dehydratase

ヘテロ分子

22.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative pterin-4-alpha-carbinolamine dehydratase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
11.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Putative pterin-4-alpha-carbinolamine dehydratase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
11.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.759, 85.498, 50.680
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Putative pterin-4-alpha-carbinolamine dehydratase / PHS / 4-alpha-hydroxy-tetrahydropterin dehydratase / Pterin carbinolamine dehydratase / PCD 分子量: 11070.489 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SMT3 Fusion 由来: (組換発現) Brucella melitensis (マルタ熱菌) 遺伝子: phhB, BMEI1864 / プラスミド: PET28-SMT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P65722, 4a-hydroxytetrahydrobiopterin dehydratase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.23 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: HAMPTON CRYSTAL SCREEN HT CONDITION G6. 100 MM HEPES PH 7.5, 10% PEG 6000, 5% MPD. PROTEIN CONCENTRATION 23 MG/ML, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月31日 / 詳細: MIRRORS
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→85.5 Å / Num. obs: 14045 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 9.4
反射シェル	解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 0.233 / % possible all: 85.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
StructureStudio		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 1DCH

1dch

解像度: 2.1→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.924 / SU B: 8.804 / SU ML: 0.107 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.201 / ESU R Free: 0.169 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.218	703	5 %	RANDOM
R_work	0.18	-	-	-
obs	0.182	13998	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 10.04 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.31 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.57 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.87 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1524	0	8	196	1728

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.021	1560
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1062
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.879	1.924	2096
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.739	3	2559
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.264	5	189
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.823	23.902	82
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.877	15	269
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.615	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.058	0.2	221
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	1761
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	343
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.339	1.5	947
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.055	1.5	388
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.69	2	1500
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.199	3	613
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.044	4.5	596
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.16 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.251	49	-
R_work	0.182	849	-
obs	-	-	87.95 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6094	0.7293	-0.9297	1.4868	-0.3746	1.5328	-0.0131	-0.0008	-0.0591	-0.0243	-0.028	-0.0098	-0.0143	0.0111	0.0411	0.0078	0.0041	-0.0143	0.0196	-0.0028	0.0226	39.084	4.041	42.393
2	1.1388	0.2608	0.022	2.7373	0.7213	1.5644	-0.0151	-0.0207	0.0361	0.1197	0.0105	0.1219	-0.012	-0.0312	0.0047	0.0139	0.0137	0.0053	0.0217	0.0066	0.0087	25.053	12.349	18.715

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 97
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	5 - 97

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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