PDB-2v94: Crystal structure of P. abyssi RPS24

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2v94

タイトル

Crystal structure of P. abyssi RPS24

要素

30S RIBOSOMAL PROTEIN S24E

キーワード

RIBOSOMAL PROTEIN / RIBONUCLEOPROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex
類似検索 - 分子機能

生物種

PYROCOCCUS ABYSSI (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Legrand, P. / Pinaud, N. / Gleizes, P.E. / Fribourg, S.

引用

ジャーナル: Hum.Mol.Genet. / 年: 2008
タイトル: Mutation of Ribosomal Protein Rps24 in Diamond- Blackfan Anemia Results in a Ribosome Biogenesis Disorder.
著者: Choesmel, V. / Fribourg, S. / Aguissa-Toure, A.H. / Pinaud, N. / Legrand, P. / Gazda, H.T. / Gleizes, P.E.

履歴

登録	2007年8月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2008年4月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2v94.cif.gz	53.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2v94.ent.gz	39.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2v94.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v9/2v94 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v9/2v94	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1uwd-d 1wcj-d 3wuz-d 5xmz-d 3dt5-d 1rsf-d 3mzt-4 5xp1-8 3poi-1 5j1o-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (4)

登録構造単位

A: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S24E

B: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S24E

26.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S24E

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
13 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S24E

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
13 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.810, 85.630, 42.110
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 3

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLU	GLU	VAL	VAL	A	A	2 - 8	10 - 16
2	1	GLU	GLU	VAL	VAL	B	B	2 - 8	10 - 16
1	2	ARG	ARG	ILE	ILE	A	A	16 - 23	24 - 31
2	2	ARG	ARG	ILE	ILE	B	B	16 - 23	24 - 31
1	3	PRO	PRO	LYS	LYS	A	A	31 - 37	39 - 45
2	3	PRO	PRO	LYS	LYS	B	B	31 - 37	39 - 45
1	4	LEU	LEU	TYR	TYR	A	A	46 - 55	54 - 63
2	4	LEU	LEU	TYR	TYR	B	B	46 - 55	54 - 63
1	5	GLY	GLY	TYR	TYR	A	A	67 - 73	75 - 81
2	5	GLY	GLY	TYR	TYR	B	B	67 - 73	75 - 81
1	6	ARG	ARG	LEU	LEU	A	A	77 - 79	85 - 87
2	6	ARG	ARG	LEU	LEU	B	B	77 - 79	85 - 87
1	7	ILE	ILE	PRO	PRO	A	A	81 - 83	89 - 91
2	7	ILE	ILE	PRO	PRO	B	B	81 - 83	89 - 91
1	8	TYR	TYR	LEU	LEU	A	A	85 - 87	93 - 95
2	8	TYR	TYR	LEU	LEU	B	B	85 - 87	93 - 95

#1: タンパク質	30S RIBOSOMAL PROTEIN S24E / RPS24 分子量: 13026.407 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PYROCOCCUS ABYSSI (古細菌) / プラスミド: PET / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: Q9UY20
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 60 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 4.2 / 詳細: 100MM NA ACETATE 40% PEG 400 185MM MGCL2, pH 4.2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9793
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 13468 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 15.3
反射シェル	解像度: 1.9→2.02 Å / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / % possible all: 91.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.9→27.39 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / SU B: 8.878 / SU ML: 0.13 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.163 / ESU R Free: 0.156 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.266	1001	5.1 %	RANDOM
R_work	0.221	-	-	-
obs	0.224	18584	99.4 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.52 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.19 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.46 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.65 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→27.39 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1600	0	0	96	1696

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.022	1637
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1185
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.722	2.002	2200
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.904	3	2885
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.505	5	188
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.137	23.467	75
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.023	15	322
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.87	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	230
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1747
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	335
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.2	319
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.208	0.2	1164
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.194	0.2	798
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.089	0.2	882
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.18	0.2	84
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.242	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.307	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.27	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.397	1.5	1138
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.523	2	1545
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.907	3	803
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.674	4.5	655
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
284	tight positional	0.16	0.3
442	loose positional	0.39	1.6
284	tight thermal	0.17	0.3
442	loose thermal	0.93	2.3

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.98 Å / Total num. of bins used: 12 /

	R_factor	反射数
R_free	0.341	117
R_work	0.262	2159

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.9655	-1.1058	-0.0514	3.637	-0.6127	1.345	0.0833	-0.332	0.1113	0.2331	-0.0203	-0.1473	-0.0844	0.0855	-0.063	-0.0644	0.0044	-0.0013	-0.0995	-0.0084	-0.2041	47.2546	7.9119	34.0201
2	5.4224	-1.3509	1.1374	3.1361	-1.1484	1.9112	-0.0233	0.2486	-0.129	-0.1683	-0.1311	-0.1252	0.152	0.3364	0.1544	-0.1111	-0.0103	0.0054	-0.1026	0.0475	-0.0951	50.0553	23.4526	16.2133

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-3 - 93
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 94

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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