PDB-1uwd: NMR STRUCTURE OF A PROTEIN WITH UNKNOWN FUNCTION FROM THERMOTOGA ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1uwd

タイトル

NMR STRUCTURE OF A PROTEIN WITH UNKNOWN FUNCTION FROM THERMOTOGA MARITIMA (TM0487), WHICH BELONGS TO THE DUF59 FAMILY.

要素

HYPOTHETICAL PROTEIN TM0487

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / SIMILAR TO PAAD PROTEIN / ALPHA/BETA FOLD / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI

機能・相同性

: / Fe-S cluster assembly (FSCA) / MIP18 family-like / Iron-sulfur cluster assembly protein / Fe-S cluster assembly domain superfamily / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / MIP18 family-like domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

THERMOTOGA MARITIMA (バクテリア)

手法

溶液NMR / distance geometry

データ登録者

Almeida, M.S. / Peti, W. / Herrmann, T. / Wuthrich, K.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2005
タイトル: NMR Structure of the Conserved Hypothetical Protein Tm0487 from Thermotoga Maritima: Implications for 216 Homologous Duf59 Proteins.
著者: Almeida, M.S. / Herrmann, T. / Peti, W. / Wilson, I.A. / Wuthrich, K.

履歴

登録	2004年2月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2004年12月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年5月22日	Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary / Version format compliance
改定 1.2	2019年8月21日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_database_related / pdbx_nmr_software Item: _pdbx_database_related.db_name / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.3	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_spectrometer.model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1uwd.cif.gz	631 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1uwd.ent.gz	526.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1uwd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uw/1uwd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uw/1uwd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1wcjC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2v94-1 2pnd-d 2vpg-2 2hvf-2 3dt5-d 2mov-d 2p3h-d 4nnr-1 2n1u-d 1ts9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 282360

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: HYPOTHETICAL PROTEIN TM0487

11.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100
代表モデル

#1: タンパク質	HYPOTHETICAL PROTEIN TM0487 分子量: 11517.340 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 2-104 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) THERMOTOGA MARITIMA (バクテリア) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WYV7
配列の詳細	MET 1 AND PRO 2 ARE NOT INCLUDED IN THESE STRUCTURES. THE MET1 IS NOT PRESENT IN THE RECOMBINANT PROTEIN.

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 15N-RESOLVED [1H
1	2	1	1H]-NOESY
1	3	1	3D 13C-RESOLVED [1H
1	4	1	1H]-NOESY

NMR実験の詳細

Text: THE SAMPLE WAS 13C AND 15N-LABELED.

-
試料調製

詳細	内容: 90% H2O/10% D2O, 20MM SODIUM PHOSPHATE
試料状態	pH: 6 / 圧: 1 atm / 温度: 313 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 900 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
OPALp	R.KORADI,M.BILLETER,P.GUNTERT	精密化
ATNOS/C		構造決定
ID/DYANA		構造決定

精密化

手法: distance geometry / ソフトェア番号: 1
詳細: THESE STRUCTURES WERE ENERGY- MINIMIZED IN A WATER SHELL USING THE AMBER FORCE FIELD. 20 LOWEST ENERGY NMR STRUCTURES. THESE STRUCTURES WERE FITTED BY MOLMOL.

NMRアンサンブル

計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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