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万見
- PDB-2hvf: Crystal Structure of N-terminal Domain of Ribosomal Protein L9 (N... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hvf
タイトルCrystal Structure of N-terminal Domain of Ribosomal Protein L9 (NTL9), G34dA
要素50S ribosomal protein L9
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / L9 / ribosomal protein / NTL9 / G34dA
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal Protein L9; domain 1 / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal ...Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal Protein L9; domain 1 / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / IMIDAZOLE / Large ribosomal subunit protein bL9
類似検索 - 構成要素
手法X線回折 / シンクロトロン / Phase from wild type NTL9 / 解像度: 1.57 Å
データ登録者Anil, B. / Kim, E.Y. / Cho, J.H. / Schindelin, H. / Raleigh, D.P.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Detecting and quantifying strain in protein folding
著者: Anil, B. / Kim, E.Y. / Cho, J.H. / Schindelin, H. / Raleigh, D.P.
履歴
登録2006年7月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 50S ribosomal protein L9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,23411
ポリマ－5,7021
非ポリマー53310
水1,15364
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
A: 50S ribosomal protein L9
ヘテロ分子

A: 50S ribosomal protein L9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,46922
ポリマ－11,4032
非ポリマー1,06520
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area3640 Å2
ΔGint-348 kcal/mol
Surface area6220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.517, 53.517, 36.178
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-423-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 50S ribosomal protein L9 / BL17


分子量: 5701.719 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain / 変異: G34(DAL) / 由来タイプ: 合成
詳細: This sequence naturally occurs in Bacillus stearothermophilus(Geobacillus stearothermophilus) with gene name rplI. It was chemically synthesized by FMOC solid-phase peptide synthesis method.
参照: UniProt: P02417

-
非ポリマー , 5種, 74分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#5: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.84 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 10 mM Imidazole (pH 8.0), 300 mM Zn Acetate, 3 M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.57→50 Å / Num. all: 7705 / Num. obs: 7705 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 9.9 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Χ2: 1.23 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル解像度: 1.57→1.63 Å / 冗長度: 9.3 % / Rmerge(I) obs: 0.286 / Num. unique all: 684 / Χ2: 0.787 / % possible all: 92.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: Phase from wild type NTL9 / 解像度: 1.57→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 2.776 / SU ML: 0.046 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.106 / ESU R Free: 0.086 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.208 355 4.6 %RANDOM
Rwork0.159 ---
all0.162 7670 --
obs0.162 7670 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.741 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å20 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3----0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.57→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数400 0 17 64 481
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.022422
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02402
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6222561
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.8713950
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.449552
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg43.88727.64717
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.8281589
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.263
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02455
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.0275
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2690.286
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1730.2367
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1850.2200
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1020.2256
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.3870.237
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1910.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1080.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1420.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3920.218
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9741.5335
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5681.5110
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2262415
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.6393185
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.4614.5146
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.7323962
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free8.58376
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded2.4543820
LS精密化 シェル解像度: 1.57→1.615 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 27 -
Rwork0.124 514 -
obs-541 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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