[日本語] English
万見
- PDB-3i91: Crystal structure of human chromobox homolog 8 (CBX8) with H3K9 p... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3i91
タイトルCrystal structure of human chromobox homolog 8 (CBX8) with H3K9 peptide
要素
  • Chromobox protein homolog 8
  • H3K9 peptide
キーワードTRANSCRIPTION / Chromobox homolog 8 / CBX8 / H3K9 peptide / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / Chromatin regulator / Nucleus / Phosphoprotein / Repressor / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


PRC1 complex / ubiquitin-protein transferase activator activity / histone H3K27me3 reader activity / PcG protein complex / SUMOylation of DNA methylation proteins / SUMOylation of RNA binding proteins / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / : / positive regulation of collagen biosynthetic process / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins ...PRC1 complex / ubiquitin-protein transferase activator activity / histone H3K27me3 reader activity / PcG protein complex / SUMOylation of DNA methylation proteins / SUMOylation of RNA binding proteins / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / : / positive regulation of collagen biosynthetic process / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / heterochromatin / SUMOylation of transcription cofactors / positive regulation of DNA repair / SUMOylation of chromatin organization proteins / Regulation of PTEN gene transcription / cellular response to hydrogen peroxide / Oxidative Stress Induced Senescence / single-stranded RNA binding / positive regulation of cell population proliferation / chromatin binding / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / CBX family C-terminal motif / CBX family C-terminal motif / Chromo domain, conserved site / Chromo domain signature. / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / Chromo/chromo shadow domain ...: / CBX family C-terminal motif / CBX family C-terminal motif / Chromo domain, conserved site / Chromo domain signature. / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Chromo-like domain superfamily / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chromobox protein homolog 8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Amaya, M.F. / Ravichandran, M. / Loppnau, P. / Kozieradzki, I. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Bochkarev, A. / Min, J. ...Amaya, M.F. / Ravichandran, M. / Loppnau, P. / Kozieradzki, I. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Bochkarev, A. / Min, J. / Ouyang, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Recognition and specificity determinants of the human cbx chromodomains.
著者: Kaustov, L. / Ouyang, H. / Amaya, M. / Lemak, A. / Nady, N. / Duan, S. / Wasney, G.A. / Li, Z. / Vedadi, M. / Schapira, M. / Min, J. / Arrowsmith, C.H.
履歴
登録2009年7月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Chromobox protein homolog 8
B: Chromobox protein homolog 8
C: H3K9 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1133
ポリマ－14,1133
非ポリマー00
水3,873215
1
A: Chromobox protein homolog 8
C: H3K9 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,5032
ポリマ－7,5032
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1310 Å2
ΔGint-6.4 kcal/mol
Surface area4120 Å2
手法PISA
2
B: Chromobox protein homolog 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,6111
ポリマ－6,6111
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.307, 51.545, 77.320
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Chromobox protein homolog 8 / Polycomb 3 homolog / Pc3 / hPc3 / Rectachrome 1


分子量: 6610.602 Da / 分子数: 2 / 断片: Chromo domain: UNP residues 8-61 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CBX8, PC3, RC1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: Q9HC52
#2: タンパク質・ペプチド H3K9 peptide


分子量: 892.013 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic peptide
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.68 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
詳細: Cryo-cooled first crystal and sagitally focusing second crystal
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→50 Å / Num. obs: 23019

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0102精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
MAR345CCDデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.55→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 1.415 / SU ML: 0.053 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.088 / ESU R Free: 0.091 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 1180 5.1 %RANDOM
Rwork0.213 ---
obs0.215 23019 98.03 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 67.95 Å2 / Biso mean: 19.565 Å2 / Biso min: 6.53 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.22 Å20 Å20 Å2
2---0.75 Å20 Å2
3----0.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数946 0 0 215 1161
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0290.022965
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.5361.9531293
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.515109
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg25.38821.42949
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.65915181
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9611514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1750.2131
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.02718
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7061.5553
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.692873
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.83412
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.7564.5420
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.59 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.337 74 -
Rwork0.329 1359 -
all-1433 -
obs--86.27 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る