PDB-3i90: Crystal structure of human chromobox homolog 6 (CBX6) with H3K27 ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3i90

タイトル

Crystal structure of human chromobox homolog 6 (CBX6) with H3K27 peptide

要素

Chromobox protein homolog 6
H3K27 peptide

キーワード

TRANSCRIPTION / chromobox homolog 6 / CBX6 / H3K27 peptide / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / Chromatin regulator / Nucleus / Phosphoprotein / Repressor / Transcription regulation

機能・相同性

機能・相同性情報

PRC1 complex / PcG protein complex / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / heterochromatin / : / Regulation of PTEN gene transcription / chromatin organization / Oxidative Stress Induced Senescence / single-stranded RNA binding / nuclear body ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Amaya, M.F. / Ravichandran, M. / Loppnau, P. / Kozieradzki, I. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Bochkarev, A. / Min, J. ...

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Recognition and specificity determinants of the human cbx chromodomains.
著者: Kaustov, L. / Ouyang, H. / Amaya, M. / Lemak, A. / Nady, N. / Duan, S. / Wasney, G.A. / Li, Z. / Vedadi, M. / Schapira, M. / Min, J. / Arrowsmith, C.H.

履歴

登録	2009年7月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年9月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3i90.cif.gz	39.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3i90.ent.gz	27.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3i90.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i9/3i90 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i9/3i90	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2l11C 2l12C 2l1bC 3fdtC 3gv6SC 3h91C 3i91C 3i8y PDB 未公開エントリ 3i8z C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2azv-d 1ctd-d 6fap-4 2qic-d 1pdq-d 6fap-1 2d46-d 6v2h-3 3dso-d 6fi0-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Chromobox protein homolog 6

B: Chromobox protein homolog 6

C: H3K27 peptide

D: H3K27 peptide

14.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Chromobox protein homolog 6

C: H3K27 peptide

ソフトウェアが定義した集合体
7.37 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Chromobox protein homolog 6

D: H3K27 peptide

ソフトウェアが定義した集合体
7.37 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.421, 53.421, 227.778
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

#1: タンパク質	Chromobox protein homolog 6 分子量: 6177.187 Da / 分子数: 2 / 断片: Chromo domain: UNP residues 9-64 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CBX6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: O95503
#2: タンパク質・ペプチド	H3K27 peptide 分子量: 1189.428 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic peptide
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.37 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 2.5M (NH4)2SO4, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ DW / 波長: 1.54178 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS VII / 検出器: IMAGE PLATE

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54178 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→40 Å / Num. obs: 13855 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 17.1 % / R_merge(I) obs: 0.1 / Χ²: 2.014 / Net I/σ(I): 14

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2-2.08	19.3	0.634	886	1.554	1	99.6
2.38-2.48	19	0.524	906	1.615	1	99.9
2.48-2.59	19	0.445	900	1.739	1	100
2.59-2.73	18.8	0.327	914	1.857	1	100
2.73-2.9	18.6	0.234	913	2.125	1	100
2.9-3.12	18.2	0.162	930	2.599	1	100
3.12-3.44	17.6	0.111	925	2.487	1	100
3.44-3.93	16.9	0.084	949	2.406	1	100
3.93-4.95	15	0.063	971	2.042	1	100
4.95-40	10.2	0.056	1082	1.644	1	97.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.5.0102	精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3GV6

3gv6

解像度: 2→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 12.871 / SU ML: 0.156 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.175 / ESU R Free: 0.173 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. U VALUES: RESIDUAL ONLY.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.3	687	5 %	RANDOM
R_work	0.252	-	-	-
obs	0.254	13855	98.87 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 48.8 Å² / B_iso mean: 21.237 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.39 Å²	0.69 Å²	0 Å²
2-	-	1.39 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	977	0	0	65	1042

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.023	0.022	995
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.942	1.958	1339
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.554	5	117
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.816	21.707	41
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.134	15	175
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.051	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.154	0.2	146
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	714
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.952	1.5	598
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.532	2	943
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.638	3	397
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.734	4.5	396

LS精密化シェル

解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.441	53	-
R_work	0.437	877	-
all	-	930	-
obs	-	-	91.09 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.8418	-1.2505	1.5934	10.3358	-3.5355	8.3801	0.3092	-0.2741	-0.2426	-0.1773	-0.0302	0.3105	0.0818	-0.1398	-0.279	0.1936	-0.107	-0.1148	0.2231	-0.0419	0.1305	-1.7971	17.9568	16.7552
2	7.5725	0.1501	1.919	5.2393	0.6561	10.7468	0.2267	-0.1024	-0.1473	-0.0155	-0.0785	0.0968	0.0221	-0.0648	-0.1482	0.1713	-0.0775	-0.0607	0.1861	0.008	0.1025	-0.733	17.5509	17.4194
3	9.0949	1.47	1.9234	8.0493	4.5868	9.866	-0.0102	0.1914	0.0027	-0.5309	0.2446	-0.2087	-0.5583	0.0422	-0.2344	0.2793	-0.0391	-0.0887	0.1642	-0.0342	0.1384	-4.9773	19.65	0.5985
4	4.2978	2.7634	4.5491	6.4755	4.0985	12.2867	-0.0342	-0.1416	0.0757	-0.3998	0.1292	0.2162	-0.5056	-0.2981	-0.095	0.3005	0.0079	-0.0358	0.1442	-0.0439	0.1454	-6.942	16.9861	-1.2863
5	21.3251	-1.6802	0.8832	11.7218	4.637	11.2755	-0.4482	-0.007	-0.1881	0.3917	0.4079	-0.2916	0.4686	0.6625	0.0403	0.3128	-0.0697	-0.1171	0.3065	0.0388	0.1684	2.6682	10.5813	22.586
6	14.7114	8.8001	3.8185	21.4645	12.8431	6.6208	0.3126	-0.237	-0.5739	-0.6834	0.7216	-1.4483	-0.4906	1.7507	-1.0342	0.6296	-0.1381	-0.0714	1.077	-0.2553	0.1628	-2.8775	13.381	-8.9164

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	9 - 22
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	23 - 58
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	10 - 36
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	37 - 59
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	19 - 29
6	X-RAY DIFFRACTION	6	D	19 - 28

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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