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- PDB-2l11: Solution NMR structure of the Cbx3 in complex with H3K9me3 peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2l11
タイトルSolution NMR structure of the Cbx3 in complex with H3K9me3 peptide
要素
  • Chromobox protein homolog 3
  • Histone H3
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / chromodomain / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


senescence-associated heterochromatin focus / chromatin lock complex / histone methyltransferase binding / condensed chromosome, centromeric region / nuclear inner membrane / Transcriptional Regulation by E2F6 / site of DNA damage / chromosome, centromeric region / heterochromatin / pericentric heterochromatin ...senescence-associated heterochromatin focus / chromatin lock complex / histone methyltransferase binding / condensed chromosome, centromeric region / nuclear inner membrane / Transcriptional Regulation by E2F6 / site of DNA damage / chromosome, centromeric region / heterochromatin / pericentric heterochromatin / : / cellular response to dexamethasone stimulus / transcription coregulator binding / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / RNA Polymerase I Promoter Escape / euchromatin / spindle / RNA polymerase II transcription regulator complex / structural constituent of chromatin / rhythmic process / nucleosome / nuclear envelope / heterochromatin formation / chromosome, telomeric region / chromatin remodeling / protein domain specific binding / protein heterodimerization activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA damage response / chromatin binding / chromatin / enzyme binding / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Chromobox protein homologue 3 / Chromo shadow domain / Chromo shadow domain / Chromo Shadow Domain / : / Chromo domain subgroup / Chromo domain, conserved site / Chromo domain signature. / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain ...Chromobox protein homologue 3 / Chromo shadow domain / Chromo shadow domain / Chromo Shadow Domain / : / Chromo domain subgroup / Chromo domain, conserved site / Chromo domain signature. / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Chromo-like domain superfamily / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H3.2 / Chromobox protein homolog 3 / Histone H3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法溶液NMR / molecular dynamics
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Kaustov, L. / Lemak, A. / Fares, C. / Gutmanas, A. / Quang, H. / Loppnau, P. / Min, J. / Edwards, A. / Arrowsmith, C. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Recognition and specificity determinants of the human cbx chromodomains.
著者: Kaustov, L. / Ouyang, H. / Amaya, M. / Lemak, A. / Nady, N. / Duan, S. / Wasney, G.A. / Li, Z. / Vedadi, M. / Schapira, M. / Min, J. / Arrowsmith, C.H.
履歴
登録2010年7月22日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_nmr_software ...pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name ..._pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32025年3月26日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chromobox protein homolog 3
B: Histone H3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,9622
ポリマ－7,9622
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Chromobox protein homolog 3 / Heterochromatin protein 1 homolog gamma / HP1 gamma / Modifier 2 protein / HECH


分子量: 6354.091 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 29-81 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CBX3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Codon plus RIL / 参照: UniProt: Q13185
#2: タンパク質・ペプチド Histone H3


分子量: 1607.877 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 2-16 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: H3K9ME3 15-mer peptide
由来: (合成) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
参照: UniProt: Q92133, UniProt: P84233*PLUS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D CBCA(CO)NH
1413D HNCO
1513D HNCA
1613D HBHA(CO)NH
1713D (H)CCH-TOCSY
1813D-15N-NOESY
1913D-13C-NOESY
11013D -13C-aromatic-NOESY
11113D (H)CCH-TOCSY
112113C/15N-filtered/edited NOESY
11313D aro 1H-13C NOESY
11413D-aromatic 1H-13C-TOCSY

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試料調製

詳細内容: 20 mM sodium phosphate, 200 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 1 mM TCEP, 0.5 mM PMSF, 1 mM Benzamidine, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Solution-ID
20 mMsodium phosphate-11
200 mMsodium chloride-21
2 mMDTT-31
1 mMTCEP-41
0.5 mMPMSF-51
1 mMBenzamidine-61
試料状態イオン強度: 200 / pH: 7.4 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Varian INOVAVarianINOVA5002

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解析

NMR software
名称開発者分類
ABACUS(ABACUS)-Grishaevchemical shift assignment
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
SparkyGoddardpeak picking
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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