PDB-2pnd: Structure or murine CRIg

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2pnd

タイトル

Structure or murine CRIg

要素

V-set and immunoglobulin domain containing 4

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Complement Receptor / Ig-Like domain

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / :

機能・相同性情報

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1 Å

データ登録者

Wiesmann, C.

引用

ジャーナル: J.Exp.Med. / 年: 2007
タイトル: A novel inhibitor of the alternative pathway of complement reverses inflammation and bone destruction in experimental arthritis.
著者: Katschke, K.J. / Helmy, K.Y. / Steffek, M. / Xi, H. / Yin, J. / Lee, W.P. / Gribling, P. / Barck, K.H. / Carano, R.A. / Taylor, R.E. / Rangell, L. / Diehl, L. / Hass, P.E. / Wiesmann, C. / ...

履歴

登録	2007年4月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年5月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2pnd.cif.gz	71.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2pnd.ent.gz	52.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2pnd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pn/2pnd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pn/2pnd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2iccS 2ice 2icf S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6d48-3 3dt5-d 2kva-d 5u64-d 1uwd-d 6d4a-1 4jvp-1 6d48-1 3uiz-5 5xmz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: V-set and immunoglobulin domain containing 4

13.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	31.334, 50.684, 62.809
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	V-set and immunoglobulin domain containing 4 分子量: 13761.718 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Vsig4, BC025105 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q80WA3
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 237 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 32.1 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.5 詳細: 100 mM NaCl, 25 mM TRIS, 20 % PEG 3350, 0.2 M Potassium tartrate, pH 7.5, EVAPORATION, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 0.97→50 Å / Num. all: 60032 / Num. obs: 51825 / % possible obs: 86.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.2 % / R_sym value: 0.41 / Net I/σ(I): 15.7
反射シェル	解像度: 0.97→1 Å / 冗長度: 1.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / R_sym value: 0.21 / % possible all: 24.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
ADSC	QUANTUM	データ収集
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2ICC

2icc

解像度: 1→39.53 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.978 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.973 / SU B: 0.553 / SU ML: 0.014 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.023 / ESU R Free: 0.023 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1416	2518	5 %	RANDOM
R_work	0.12209	-	-	-
obs	0.12305	48071	92.22 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 8.979 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.79 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.49 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1→39.53 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	968	0	0	237	1205

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.021	988
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	904
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.535	1.943	1338
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.831	3	2102
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.401	5	118
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.703	22.979	47
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.841	15	181
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.968	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.11	0.2	149
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1080
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	199
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.209	0.2	145
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.204	0.2	901
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.169	0.2	439
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.084	0.2	647
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.169	0.2	160
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.264	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.275	0.2	71
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.165	0.2	66
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.436	2.5	786
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.337	2.5	244
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.823	5	968
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.627	2.5	455
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.006	5	370
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.051	3	2306
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	9.51	3	237
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	3.676	3	1872

LS精密化シェル

解像度: 1→1.021 Å / Total num. of bins used: 25

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.274	80	-
R_work	0.218	1380	-
obs	-	-	45.1 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 9.0292 Å / Origin y: 28.7997 Å / Origin z: 9.376 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.0148 Å²	-0.0016 Å²	-0.0029 Å²	-	-0.0059 Å²	0.0009 Å²	-	-	-0.012 Å²
L	0.32 °²	0.0187 °²	0.0986 °²	-	0.675 °²	-0.0593 °²	-	-	0.2671 °²
S	0.0251 Å °	-0.0197 Å °	-0.0072 Å °	-0.0044 Å °	-0.0188 Å °	0.0339 Å °	0.0151 Å °	0.0066 Å °	-0.0063 Å °

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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