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万見
- PDB-5j1o: Excited state (Bound-like) sampled during RDC restrained Replica-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5j1o
タイトルExcited state (Bound-like) sampled during RDC restrained Replica-averaged Metadynamics (RAM) simulations of the HIV-1 TAR complexed with cyclic peptide mimetic of Tat
要素
  • Apical region (29mer) of the HIV-1 TAR element
  • Cyclic peptide mimetic of Tat
キーワードVIRAL PROTEIN / TAR:Tat complex / RAM simulations / Residual dipolar couplings / excited state
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Borkar, A.N. / Bardaro, M.F. / Varani, G. / Vendruscolo, M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Structure of a low-population binding intermediate in protein-RNA recognition.
著者: Borkar, A.N. / Bardaro, M.F. / Camilloni, C. / Aprile, F.A. / Varani, G. / Vendruscolo, M.
履歴
登録2016年3月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月22日Group: Database references
改定 1.22016年7月6日Group: Database references
改定 1.32017年2月1日Group: Structure summary
改定 1.42019年10月23日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: pdbx_nmr_exptl_sample_conditions
Item: _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.temperature / _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.temperature_units
改定 1.52024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclic peptide mimetic of Tat
B: Apical region (29mer) of the HIV-1 TAR element


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0762
ポリマ－11,0762
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area1370 Å2
ΔGint4 kcal/mol
Surface area5970 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 7790structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Cyclic peptide mimetic of Tat


分子量: 1768.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
#2: RNA鎖 Apical region (29mer) of the HIV-1 TAR element


分子量: 9307.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: HIV-1 TAR RNA
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
発現宿主: in vitro transcription vector pT7-TP(deltai) (その他)
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験Sample state: anisotropic / タイプ: not applicable

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 2 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] RNA and peptide, 100% D2O
Label: peptide / 溶媒系: 100% D2O
試料濃度: 2 uM / 構成要素: RNA and peptide / Isotopic labeling: [U-99% 13C; U-99% 15N]
試料状態イオン強度: 150 mM / Label: conditions1 / pH: 6.6 / 圧: 1 atm / 温度: 298.15 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software名称: Gromacs, Plumed / 開発者: Vendruscolo, Camilloni and Borkar / 分類: structure calculation
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1 / 詳細: RDC restrained RAM simulations
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 7790 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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