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- PDB-5hdo: Crystal structure of a nanobody raised against urokinase-type pla... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hdo
タイトルCrystal structure of a nanobody raised against urokinase-type plasminogen activator
要素Anti-HCV NS3/4A serine protease immoglobulin heavy chain
キーワードIMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin complex / peptidase activity / adaptive immune response / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold ...: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Anti-HCV NS3/4A serine protease immoglobulin heavy chain
類似検索 - 構成要素
生物種Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.16 Å
データ登録者Kromann-Hansen, T.
資金援助 デンマーク, 中国, 5件
組織認可番号国
Danish National Research Foundation26-331-6 デンマーク
Natural Science Foundation of China31161130356, 31170707, 31370737 中国
Lundbeck FoundationR83-A7826 デンマーク
Cancer Research Foundation of 1989 デンマーク
Graduate School of Science and Technology, Aarhus University デンマーク
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: A Camelid-derived Antibody Fragment Targeting the Active Site of a Serine Protease Balances between Inhibitor and Substrate Behavior.
著者: Kromann-Hansen, T. / Oldenburg, E. / Yung, K.W. / Ghassabeh, G.H. / Muyldermans, S. / Declerck, P.J. / Huang, M. / Andreasen, P.A. / Ngo, J.C.
履歴
登録2016年1月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月8日Group: Database references
改定 1.22016年7月27日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Anti-HCV NS3/4A serine protease immoglobulin heavy chain
B: Anti-HCV NS3/4A serine protease immoglobulin heavy chain
C: Anti-HCV NS3/4A serine protease immoglobulin heavy chain
D: Anti-HCV NS3/4A serine protease immoglobulin heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,91812
ポリマ－54,3924
非ポリマー5268
水8,287460
1
A: Anti-HCV NS3/4A serine protease immoglobulin heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6942
ポリマ－13,5981
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Anti-HCV NS3/4A serine protease immoglobulin heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7293
ポリマ－13,5981
非ポリマー1322
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Anti-HCV NS3/4A serine protease immoglobulin heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7293
ポリマ－13,5981
非ポリマー1322
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Anti-HCV NS3/4A serine protease immoglobulin heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7654
ポリマ－13,5981
非ポリマー1673
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)99.830, 99.830, 127.330
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: 抗体
Anti-HCV NS3/4A serine protease immoglobulin heavy chain


分子量: 13597.960 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0F6YEF6
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 460 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.01 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1M MES, 0.2M ammonium sulphate, 30% w/v PEG 5000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.16→47.28 Å / Num. obs: 35146 / % possible obs: 99.94 % / 冗長度: 14.5 % / Biso Wilson estimate: 34.52 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 22.42
反射 シェル解像度: 2.16→2.237 Å / 冗長度: 14.2 % / Rmerge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 4.18 / % possible all: 99.88

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4jvp

4jvp


解像度: 2.16→47.277 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.84 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2177 1767 5.03 %
Rwork0.1766 --
obs0.1786 35137 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.16→47.277 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3735 0 24 460 4219
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073817
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0935143
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.1191343
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045556
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004672
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1601-2.21850.25731270.2122507X-RAY DIFFRACTION100
2.2185-2.28370.30571340.21752530X-RAY DIFFRACTION100
2.2837-2.35740.25541340.22524X-RAY DIFFRACTION100
2.3574-2.44170.28831420.2032516X-RAY DIFFRACTION100
2.4417-2.53950.26541140.19482548X-RAY DIFFRACTION100
2.5395-2.6550.26091540.19362530X-RAY DIFFRACTION100
2.655-2.7950.28821270.20512543X-RAY DIFFRACTION100
2.795-2.97010.24491530.18772531X-RAY DIFFRACTION100
2.9701-3.19930.20281400.19312562X-RAY DIFFRACTION100
3.1993-3.52120.23241380.16972574X-RAY DIFFRACTION100
3.5212-4.03050.20151370.15872599X-RAY DIFFRACTION100
4.0305-5.07710.14821350.1332628X-RAY DIFFRACTION100
5.0771-47.28860.18861320.18972778X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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