[日本語] English
万見
- PDB-6ck8: Crystal structure of anti-influenza single-domain llama antibody SD38 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ck8
タイトルCrystal structure of anti-influenza single-domain llama antibody SD38
要素Llama antibody SD38
キーワードIMMUNE SYSTEM / single-domain / multi-domain / llama / antibody / influenza / broad / neutralization
生物種Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Zhu, X. / Wilson, I.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI17675 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI27371 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2018
タイトル: Universal protection against influenza infection by a multidomain antibody to influenza hemagglutinin.
著者: Nick S Laursen / Robert H E Friesen / Xueyong Zhu / Mandy Jongeneelen / Sven Blokland / Jan Vermond / Alida van Eijgen / Chan Tang / Harry van Diepen / Galina Obmolova / Marijn van der Neut ...著者: Nick S Laursen / Robert H E Friesen / Xueyong Zhu / Mandy Jongeneelen / Sven Blokland / Jan Vermond / Alida van Eijgen / Chan Tang / Harry van Diepen / Galina Obmolova / Marijn van der Neut Kolfschoten / David Zuijdgeest / Roel Straetemans / Ryan M B Hoffman / Travis Nieusma / Jesper Pallesen / Hannah L Turner / Steffen M Bernard / Andrew B Ward / Jinquan Luo / Leo L M Poon / Anna P Tretiakova / James M Wilson / Maria P Limberis / Ronald Vogels / Boerries Brandenburg / Joost A Kolkman / Ian A Wilson /
要旨: Broadly neutralizing antibodies against highly variable pathogens have stimulated the design of vaccines and therapeutics. We report the use of diverse camelid single-domain antibodies to influenza ...Broadly neutralizing antibodies against highly variable pathogens have stimulated the design of vaccines and therapeutics. We report the use of diverse camelid single-domain antibodies to influenza virus hemagglutinin to generate multidomain antibodies with impressive breadth and potency. Multidomain antibody MD3606 protects mice against influenza A and B infection when administered intravenously or expressed locally from a recombinant adeno-associated virus vector. Crystal and single-particle electron microscopy structures of these antibodies with hemagglutinins from influenza A and B viruses reveal binding to highly conserved epitopes. Collectively, our findings demonstrate that multidomain antibodies targeting multiple epitopes exhibit enhanced virus cross-reactivity and potency. In combination with adeno-associated virus-mediated gene delivery, they may provide an effective strategy to prevent infection with influenza virus and other highly variable pathogens.
履歴
登録2018年2月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Llama antibody SD38
B: Llama antibody SD38
C: Llama antibody SD38
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,48526
ポリマ－40,2873
非ポリマー3,19723
水2,918162
1
A: Llama antibody SD38
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,71210
ポリマ－13,4291
非ポリマー1,2839
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Llama antibody SD38
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,72010
ポリマ－13,4291
非ポリマー1,2919
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Llama antibody SD38
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0526
ポリマ－13,4291
非ポリマー6235
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.018, 75.267, 57.250
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.62, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-303-

HOH

21A-345-

HOH

31A-348-

HOH

41A-353-

HOH

-
要素

#1: 抗体 Llama antibody SD38


分子量: 13429.163 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): Expi293F cells
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.98 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.085 M HEPES, pH 8.5, 1.4 M ammonium sulfate, 1.7%(v/v) PEG400, 15% glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月25日
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 30303 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 4.9 % / CC1/2: 1 / Rpim(I) all: 0.03 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 27.3
反射 シェル解像度: 2.05→2.09 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique obs: 1084 / CC1/2: 0.95 / Rpim(I) all: 0.14 / Rsym value: 0.25 / % possible all: 70

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4GRW

4grw


解像度: 2.05→43.007 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 25.13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2111 1523 5.03 %
Rwork0.1769 --
obs0.1786 30249 95.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→43.007 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2826 0 152 162 3140
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023009
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6684050
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6891074
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.024432
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003501
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0499-2.1160.26461060.20962024X-RAY DIFFRACTION74
2.116-2.19160.22591240.21722363X-RAY DIFFRACTION88
2.1916-2.27940.24691280.21312579X-RAY DIFFRACTION95
2.2794-2.38310.25031410.21222681X-RAY DIFFRACTION99
2.3831-2.50870.26671570.20152704X-RAY DIFFRACTION100
2.5087-2.66590.21981620.20152656X-RAY DIFFRACTION100
2.6659-2.87170.24971370.19922762X-RAY DIFFRACTION100
2.8717-3.16060.23181430.18952692X-RAY DIFFRACTION100
3.1606-3.61780.20131270.17282743X-RAY DIFFRACTION100
3.6178-4.55720.15511470.14362742X-RAY DIFFRACTION100
4.5572-43.01650.221510.16682780X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.7713-0.2058-2.9823.35670.56926.65570.43360.14861.0259-0.2083-0.1126-0.1888-0.8001-0.068-0.31040.37290.0429-0.0240.3070.02460.3203-6.02612.237216.8123
24.7012-0.4132-3.79182.1315-0.89625.75640.3499-0.05770.25120.2081-0.09560.0499-0.58-0.4302-0.23360.34080.0291-0.0320.2576-0.00840.2641-13.2403-1.650227.2612
33.4324-0.417-3.33682.30810.72533.3196-0.02520.7419-0.1565-0.1874-0.27250.0953-0.0113-0.75560.35590.25470.0356-0.02340.3842-0.01560.3507-11.2236-7.385617.5516
41.39361.001-0.60374.1895-3.13572.4242-0.22060.8112-0.4773-0.84810.26090.23961.0405-1.5339-0.23920.4395-0.055-0.04040.5122-0.12340.3588-10.4753-10.456113.5794
55.40330.8036-1.47520.6662-0.71046.4611-0.12770.0002-0.36060.09520.0307-0.22080.54980.18050.12720.31110.0253-0.02260.2038-0.00490.3566-5.3259-11.499824.4918
65.29790.4426-1.17410.8353-2.11745.3174-0.02780.32190.061-0.1144-0.04310.0277-0.12610.57310.03110.2584-0.0034-0.0440.2191-0.0210.3264-2.5634-3.329720.5389
75.04282.6541-2.23111.3591-1.45372.9889-0.06050.6404-0.12580.00360.04110.19270.1979-1.0024-0.01110.2787-0.01050.00380.5351-0.05060.3068-20.9759-7.95620.8027
81.4463-0.69212.33825.608-0.80263.78920.06910.81320.3605-0.29460.019-0.228-0.3861-0.1459-0.08320.30780.09210.00980.42530.03340.3125-3.5830.909410.0269
92.13111.80961.76032.97773.21173.56950.21280.6964-0.6703-0.5970.3229-1.8831-0.38850.5791-0.3750.40590.0120.01660.33450.03870.5038-23.7377-1.260940.4768
102.75030.37590.74272.57583.95745.63-0.10190.1758-0.06030.26750.1003-0.00770.1234-0.076-0.0120.3157-0.01950.02670.29050.01070.3104-33.4654-6.958438.4801
114.8962.24040.61155.40112.03417.7577-0.01890.11210.5255-0.2984-0.26770.6203-0.3939-1.18160.13930.29340.04080.00040.3629-0.00120.4563-42.3146-2.734941.4262
122.44531.66380.08143.20790.54456.4179-0.12780.188-0.0429-0.11450.06380.12620.2738-0.41320.04430.259-0.00230.00040.3226-0.0120.3332-36.2353-9.735940.1268
136.98841.7031-1.34792.46390.6053.0501-0.3242.32871.0825-1.44680.09011.5778-1.868-0.90370.10741.13660.0448-0.23490.67350.03540.8306-34.357413.04343.4851
144.60730.4695-1.16283.38950.17674.0987-0.27340.452-0.12750.00940.3954-0.26680.1847-0.0688-0.14110.22290.0117-0.0090.3879-0.00780.2433-30.6132-7.297432.3665
153.74330.9791-0.4614.717-1.10934.80880.33890.0499-0.058-0.856-0.1571.3137-0.524-0.8153-0.21320.38650.1699-0.0240.444-0.02180.311-31.32217.264954.8368
161.19020.65170.68653.6171-0.99964.17650.177-0.4091-0.0794-0.1387-0.06110.18830.1248-0.1615-0.00050.31710.08490.00440.35780.01230.2987-24.556412.496264.99
171.7412-0.02590.94752.901-1.10325.03240.12040.3773-0.218-0.3933-0.28780.0762-0.42140.74550.10750.42860.11680.00810.44990.04090.367-20.351716.542855.2146
185.68330.13233.63323.13871.69753.27130.15850.8541-0.0977-1.2242-0.0411-0.33160.20640.69860.06490.62620.08370.08140.54070.03430.3869-17.976818.283951.1522
193.5146-2.84560.60165.8187-0.14555.46180.171-0.01690.5915-0.1329-0.0538-0.2963-0.7940.3654-0.13050.35370.00950.01910.24810.03120.3058-18.939223.709862.0983
202.3079-2.24620.17668.1094-1.78134.99740.1857-0.0333-0.1637-0.1524-0.05440.743-0.0632-0.2385-0.19590.26530.00890.01410.25460.04740.4459-28.093917.810964.9319
211.9805-1.1467-0.08590.6468-0.12820.9830.79190.7770.1674-0.8173-0.816-0.2543-0.73610.5122-0.04920.88660.2950.02810.4620.09090.3205-24.575221.883151.9117
224.817-1.17851.82940.77750.23696.02690.06250.1939-0.0346-0.1833-0.1242-0.08770.57421.1204-0.01910.48140.18250.01550.58260.05470.335-12.46014.8360.523
233.69471.3163-0.62281.29950.80211.32640.16050.68230.0754-0.6648-0.13081.0292-0.8069-0.5315-0.28960.7140.2782-0.10030.57720.05860.4241-31.294519.862747.9357
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 1:17 )A1 - 17
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 18:32 )A18 - 32
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 33:39 )A33 - 39
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 40:52 )A40 - 52
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 53:72 )A53 - 72
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 73:87 )A73 - 87
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 88:103 )A88 - 103
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN A AND RESID 104:113 )A104 - 113
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN B AND RESID 1:7 )B1 - 7
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND RESID 8:44 )B8 - 44
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN B AND RESID 45:63 )B45 - 63
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN B AND RESID 64:95 )B64 - 95
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN B AND RESID 96:100 )B96 - 100
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN B AND RESID 101:113 )B101 - 113
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN C AND RESID 1:17 )C1 - 17
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN C AND RESID 18:32 )C18 - 32
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN C AND RESID 33:39 )C33 - 39
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN C AND RESID 40:52 )C40 - 52
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN C AND RESID 53:72 )C53 - 72
20X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN C AND RESID 73:82 )C73 - 82
21X-RAY DIFFRACTION21( CHAIN C AND RESID 83:95 )C83 - 95
22X-RAY DIFFRACTION22( CHAIN C AND RESID 96:103 )C96 - 103
23X-RAY DIFFRACTION23( CHAIN C AND RESID 104:113 )C104 - 113

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る