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- PDB-4c8x: Crystal structure of carbohydrate-binding module CBM3b mutant (Y5... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4c8x
タイトルCrystal structure of carbohydrate-binding module CBM3b mutant (Y56S) from the cellulosomal cellobiohydrolase 9A from Clostridium thermocellum
要素CELLULOSE 1,4-BETA-CELLOBIOSIDASE
キーワードHYDROLASE / CBM / CELLULOSOME / CBH9A
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / cellulose binding / cellulase activity / cellulose catabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Bacterial Ig domain / Endoglucanase-like / Cellulase N-terminal ig-like domain / Cellulase, Ig-like domain / Glycoside hydrolase family 9, His active site / Glycosyl hydrolases family 9 (GH9) active site signature 2. / Glycosyl hydrolases family 9, Asp/Glu active sites / Glycosyl hydrolases family 9 (GH9) active site signature 3. / Carbohydrate-binding, CenC-like / Carbohydrate binding domain ...Bacterial Ig domain / Endoglucanase-like / Cellulase N-terminal ig-like domain / Cellulase, Ig-like domain / Glycoside hydrolase family 9, His active site / Glycosyl hydrolases family 9 (GH9) active site signature 2. / Glycosyl hydrolases family 9, Asp/Glu active sites / Glycosyl hydrolases family 9 (GH9) active site signature 3. / Carbohydrate-binding, CenC-like / Carbohydrate binding domain / Cellulose binding domain / Carbohydrate-binding module 3 / Cellulose binding domain / CBM3 (carbohydrate binding type-3) domain profile. / Carbohydrate-binding module 3 superfamily / Glycoside hydrolase family 9 / Glycosyl hydrolase family 9 / Clostridium cellulosome enzymes repeated domain signature. / Dockerin domain / Dockerin domain profile. / Dockerin type I domain / Dockerin type I repeat / Dockerin domain superfamily / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily / Galactose-binding-like domain superfamily / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種CLOSTRIDIUM THERMOCELLUM (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.998 Å
データ登録者Yaniv, O. / Bayer, E.A. / Lamed, R. / Frolow, F.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Carbohydrate-Binding Module Cbm3B Mutant (Y56S) from the Cellulosomal Cellobiohydrolase 9A from Clostridium Thermocellum
著者: Yaniv, O. / Bayer, E.A. / Lamed, R. / Frolow, F.
履歴
登録2013年10月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CELLULOSE 1,4-BETA-CELLOBIOSIDASE
B: CELLULOSE 1,4-BETA-CELLOBIOSIDASE
C: CELLULOSE 1,4-BETA-CELLOBIOSIDASE
D: CELLULOSE 1,4-BETA-CELLOBIOSIDASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,8334
ポリマ－65,8334
非ポリマー00
水7,260403
1
A: CELLULOSE 1,4-BETA-CELLOBIOSIDASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4581
ポリマ－16,4581
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: CELLULOSE 1,4-BETA-CELLOBIOSIDASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4581
ポリマ－16,4581
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: CELLULOSE 1,4-BETA-CELLOBIOSIDASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4581
ポリマ－16,4581
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: CELLULOSE 1,4-BETA-CELLOBIOSIDASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4581
ポリマ－16,4581
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.186, 95.186, 83.637
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

-
要素

#1: タンパク質
CELLULOSE 1,4-BETA-CELLOBIOSIDASE / CARBOHYDRATE-BINDING MODULE FAMILY 3B


分子量: 16458.227 Da / 分子数: 4 / 断片: CARBOHYDRATE-BINDING MODULE, RESIDUES 1004-1147 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CLOSTRIDIUM THERMOCELLUM (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): (RIL)
参照: UniProt: Q59325, cellulose 1,4-beta-cellobiosidase (non-reducing end)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 403 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.82 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5
詳細: 0.2M DIAMMONIUM HYDROGEN CITRATE, 20% PEG3350, pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9299
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月22日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9299 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 50720 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.93 % / Biso Wilson estimate: 26.01 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2YLK

2ylk


解像度: 1.998→47.593 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.76 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.203 2361 5.1 %
Rwork0.161 --
obs0.1631 46648 92.01 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 21.74 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.09 Å20 Å20 Å2
2---0.09 Å20 Å2
3---0.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.998→47.593 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4620 0 0 403 5023
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074736
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0636416
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.9411720
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045668
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004848
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9975-2.03830.2657840.2081425X-RAY DIFFRACTION51
2.0383-2.08260.24881000.20011811X-RAY DIFFRACTION64
2.0826-2.13110.30521010.2032120X-RAY DIFFRACTION76
2.1311-2.18440.27121280.20832411X-RAY DIFFRACTION85
2.1844-2.24340.25731450.20682604X-RAY DIFFRACTION93
2.2434-2.30940.25851440.19222776X-RAY DIFFRACTION97
2.3094-2.3840.22741460.19772799X-RAY DIFFRACTION99
2.384-2.46920.26461400.19072792X-RAY DIFFRACTION100
2.4692-2.5680.22871490.17872827X-RAY DIFFRACTION100
2.568-2.68490.24451490.17142825X-RAY DIFFRACTION100
2.6849-2.82640.21311430.16512845X-RAY DIFFRACTION100
2.8264-3.00350.21481600.1652820X-RAY DIFFRACTION100
3.0035-3.23530.19691560.1582816X-RAY DIFFRACTION100
3.2353-3.56080.18611450.14912828X-RAY DIFFRACTION100
3.5608-4.07580.18311620.13752841X-RAY DIFFRACTION100
4.0758-5.13420.14451510.11872852X-RAY DIFFRACTION100
5.1342-47.60650.17721580.16382895X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.97290.9402-2.33241.2317-1.25169.9517-0.0482-0.023-0.08590.0176-0.1197-0.0054-0.02160.16640.20470.18660.0424-0.00530.1714-0.00830.2011-13.00297.18162.1771
24.28741.373-3.17682.68580.57863.7922-0.0760.23370.2084-0.49960.09630.0913-0.07160.117-0.02860.15790.0122-0.0010.17780.01660.1696-9.038816.3413-10.1425
33.50690.8415-1.68641.94410.49453.76590.12710.29710.10540.1180.08670.1892-0.3504-0.6077-0.21120.15720.0910.01140.16190.06650.2479-19.675617.84453.6562
44.2765-0.9148-5.59991.22831.21627.3111-0.3756-0.4102-0.1370.17330.2856-0.07980.16920.44640.07080.20430.01160.00950.27030.02660.219-6.42417.75625.1817
51.8152-0.6207-1.75421.502-0.28754.79350.1176-0.02340.1046-0.0250.05950.1018-0.338-0.0215-0.15910.16040.01150.01630.15050.01630.1882-12.621919.18230.3452
61.0414-0.06460.13281.57130.66293.38970.05640.0772-0.1394-0.02630.00230.04570.223-0.2239-0.04290.16850.00470.01680.1950.03470.2183-17.77548.14661.7626
76.25592.0651-2.5066.34391.03556.69820.07750.39480.5011-0.60580.23360.5169-0.3357-0.7196-0.38840.16090.0692-0.05530.28830.03810.1932-22.718116.8075-10.1046
82.90180.16082.30550.53730.80636.653-0.05970.00980.00880.0736-0.0152-0.08580.0383-0.16560.08730.228-0.00260.00380.1563-0.00010.212-49.751632.708328.1844
92.88020.247-0.2932.58180.73260.38290.1697-0.6448-0.47660.250.1049-0.30470.57010.0222-0.30490.31430.05990.05210.28420.11160.2862-42.183923.385139.0218
102.3564-0.9388-0.67086.36961.4072.58420.35360.3519-0.3995-0.0177-0.40460.05860.9867-0.24740.21950.4242-0.04010.00480.2296-0.02790.2926-53.991520.002215.3273
112.33840.12262.53291.90490.93995.96150.03480.0451-0.18760.06910.02910.00390.29030.1109-0.05060.19470.02360.03610.14960.02640.1852-42.415925.826727.3627
121.67180.2454-0.20181.1085-0.40225.30420.0425-0.2813-0.11870.0912-0.06940.11330.4072-0.47990.00410.1967-0.03950.03020.21270.03450.254-53.898826.720529.7004
131.27090.62880.95171.23120.12792.6361-0.04060.1079-0.17-0.1941-0.03-0.098-0.07150.07180.06890.1950.05530.04560.22920.01260.2255-33.180136.27931.7818
142.26623.62960.6798.5682-1.1062.10580.1056-0.2187-0.60810.8118-0.2073-0.4721-0.03030.80820.11740.32130.0762-0.04160.49210.0880.3811-21.545436.449518.8881
152.5483-0.25861.62411.3620.03624.793-0.0331-0.0379-0.0303-0.0598-0.1154-0.15570.12350.05590.13710.16060.05850.03360.18080.03620.254-33.204829.82885.399
160.2095-0.0416-0.63811.24090.02613.2951-0.02740.0288-0.0597-0.1462-0.0776-0.1674-0.07980.28230.08960.12920.0160.02640.22590.02210.2102-28.216939.94766.0582
171.95230.2578-0.47121.74510.39942.145-0.0974-0.17570.09510.2868-0.12760.05290.43850.18430.24040.2702-0.02120.02220.2141-0.02050.18476.73113.528920.7378
183.99110.352-2.86861.388-1.51344.58330.064-0.14830.03080.27570.03020.18770.05220.4942-0.10930.2203-0.0660.00720.2093-0.01890.18890.932715.617225.9582
191.96920.3371-0.67791.2931-1.4392.03090.1946-0.59280.48120.52020.08710.0494-0.39070.0003-0.23010.3903-0.06080.03630.3598-0.13490.2566-1.000524.915832.9539
202.09150.76130.16376.1721-0.75782.06350.07330.25660.2658-0.6413-0.3064-0.2063-0.4480.54330.24840.3077-0.03670.04020.2996-0.0210.280810.87826.00589.4988
211.34310.7096-1.32651.6212-0.9144.22160.031-0.08780.14840.14570.08910.0794-0.1561-0.2047-0.12880.2254-0.00670.04050.2379-0.03480.2451-1.910922.991222.9132
221.5921-0.1238-0.29681.074-0.55164.7160.0793-0.22110.01360.1187-0.0859-0.06880.08740.41390.0060.1652-0.01980.00270.2205-0.03740.18758.521117.260219.8285
232.93020.82031.37553.586-0.90443.87390.0995-0.5410.40060.27660.04270.091-0.69610.16240.19210.4516-0.2580.00120.36-0.3030.23628.891927.270432.966
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 1 THROUGH 17 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 18 THROUGH 33 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 34 THROUGH 50 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESID 51 THROUGH 61 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESID 62 THROUGH 102 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND (RESID 103 THROUGH 133 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN A AND (RESID 134 THROUGH 144 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN B AND (RESID 1 THROUGH 26 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN B AND (RESID 27 THROUGH 42 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN B AND (RESID 43 THROUGH 50 )
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN B AND (RESID 51 THROUGH 102 )
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN B AND (RESID 103 THROUGH 144 )
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN C AND (RESID 1 THROUGH 42 )
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN C AND (RESID 43 THROUGH 50 )
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN C AND (RESID 51 THROUGH 95 )
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN C AND (RESID 96 THROUGH 144 )
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN D AND (RESID 1 THROUGH 17 )
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN D AND (RESID 18 THROUGH 26 )
19X-RAY DIFFRACTION19CHAIN D AND (RESID 27 THROUGH 42 )
20X-RAY DIFFRACTION20CHAIN D AND (RESID 43 THROUGH 50 )
21X-RAY DIFFRACTION21CHAIN D AND (RESID 51 THROUGH 95 )
22X-RAY DIFFRACTION22CHAIN D AND (RESID 96 THROUGH 133 )
23X-RAY DIFFRACTION23CHAIN D AND (RESID 134 THROUGH 144 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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