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- PDB-6u52: Anti-Sudan ebolavirus Nucleoprotein Single Domain Antibody Sudan ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6u52 | ||||||||||||
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Title | Anti-Sudan ebolavirus Nucleoprotein Single Domain Antibody Sudan B (SB) Complexed with Sudan ebolavirus Nucleoprotein C-terminal Domain 634-738 | ||||||||||||
![]() |
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![]() | IMMUNE SYSTEM / Antibody / nanobody / Ebola / filovirus | ||||||||||||
Function / homology | Ebola nucleoprotein / Ebola nucleoprotein / viral RNA genome packaging / helical viral capsid / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / ribonucleoprotein complex / RNA binding / Nucleoprotein![]() | ||||||||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Taylor, A.B. / Sherwood, L.J. / Hart, P.J. / Hayhurst, A. | ||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Paratope Duality and Gullying are Among the Atypical Recognition Mechanisms Used by a Trio of Nanobodies to Differentiate Ebolavirus Nucleoproteins. Authors: Sherwood, L.J. / Taylor, A.B. / Hart, P.J. / Hayhurst, A. | ||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 154.1 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 447.7 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 20 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 28.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6u50C ![]() 6u51SC ![]() 6u53C ![]() 6u54C ![]() 6u55C S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Antibody | Mass: 13056.438 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Semi-synthetic single pot library Nomad 1 based upon Lama glama Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 13588.128 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: C-terminal domain (residues 634-738) Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #3: Chemical | ChemComp-CL / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.35 Å3/Da / Density % sol: 47.56 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 10% polyethylene glycol 6000, 1.0 M lithium chloride, 0.1 M 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid (MES) pH 6.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() |
Detector | Type: RIGAKU RAXIS HTC / Detector: IMAGE PLATE / Date: Oct 6, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.54178 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→45.14 Å / Num. obs: 38124 / % possible obs: 96.9 % / Redundancy: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 34.25 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.082 / Net I/σ(I): 9.5 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→2 Å / Redundancy: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 5705 / CC1/2: 0.471 / Rpim(I) all: 0.849 / Rrim(I) all: 1.573 / % possible all: 99.8 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 6U51 Resolution: 1.9→23.31 Å / SU ML: 0.3 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Phase error: 31.012
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 47.16 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→23.31 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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