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Yorodumi- PDB-6u52: Anti-Sudan ebolavirus Nucleoprotein Single Domain Antibody Sudan ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6u52 | ||||||||||||
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Title | Anti-Sudan ebolavirus Nucleoprotein Single Domain Antibody Sudan B (SB) Complexed with Sudan ebolavirus Nucleoprotein C-terminal Domain 634-738 | ||||||||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / Antibody / nanobody / Ebola / filovirus | ||||||||||||
Function / homology | Ebola nucleoprotein / Ebola nucleoprotein / viral RNA genome packaging / helical viral capsid / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / ribonucleoprotein complex / RNA binding / Nucleoprotein Function and homology information | ||||||||||||
Biological species | Lama glama (llama) Sudan ebolavirus | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.9 Å | ||||||||||||
Authors | Taylor, A.B. / Sherwood, L.J. / Hart, P.J. / Hayhurst, A. | ||||||||||||
Funding support | United States, 3items
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Citation | Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2019 Title: Paratope Duality and Gullying are Among the Atypical Recognition Mechanisms Used by a Trio of Nanobodies to Differentiate Ebolavirus Nucleoproteins. Authors: Sherwood, L.J. / Taylor, A.B. / Hart, P.J. / Hayhurst, A. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6u52.cif.gz | 219.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6u52.ent.gz | 154.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6u52.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u5/6u52 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u5/6u52 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6u50C 6u51SC 6u53C 6u54C 6u55C S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Antibody | Mass: 13056.438 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Semi-synthetic single pot library Nomad 1 based upon Lama glama Source: (gene. exp.) Lama glama (llama) / Plasmid: pecan219 / Production host: Escherichia coli (E. coli) #2: Protein | Mass: 13588.128 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: C-terminal domain (residues 634-738) Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Sudan ebolavirus (strain Boniface-76) / Strain: Boniface-76 / Gene: NP / Plasmid: pecan236/237 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q9QP77 #3: Chemical | ChemComp-CL / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.35 Å3/Da / Density % sol: 47.56 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 10% polyethylene glycol 6000, 1.0 M lithium chloride, 0.1 M 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid (MES) pH 6.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU MICROMAX-007 HF / Wavelength: 1.54178 Å |
Detector | Type: RIGAKU RAXIS HTC / Detector: IMAGE PLATE / Date: Oct 6, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.54178 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→45.14 Å / Num. obs: 38124 / % possible obs: 96.9 % / Redundancy: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 34.25 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.082 / Net I/σ(I): 9.5 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→2 Å / Redundancy: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 5705 / CC1/2: 0.471 / Rpim(I) all: 0.849 / Rrim(I) all: 1.573 / % possible all: 99.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6U51 Resolution: 1.9→23.31 Å / SU ML: 0.3 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Phase error: 31.012
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 47.16 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→23.31 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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