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- PDB-3nrf: Crystal structure of an apag protein (PA1934) from pseudomonas ae... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nrf
タイトルCrystal structure of an apag protein (PA1934) from pseudomonas aeruginosa pao1 at 1.50 A resolution
要素ApaG protein
キーワードStructural Genomics / Unknown Function / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2
機能・相同性Protein of unknown function DUF4354 / Protein of unknown function DUF4354 / Domain of unknown function (DUF4354) / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / CACODYLATE ION / DUF4354 family protein
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of an ApaG protein (PA1934) from PSEUDOMONAS AERUGINOSA at 1.50 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2010年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月20日Group: Structure summary
改定 1.32011年11月16日Group: Structure summary
改定 1.42017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.52019年7月17日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.62023年2月1日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.72024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ApaG protein
B: ApaG protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,8846
ポリマ－22,3932
非ポリマー4924
水3,819212
1
A: ApaG protein
B: ApaG protein
ヘテロ分子

A: ApaG protein
B: ApaG protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,76812
ポリマ－44,7854
非ポリマー9838
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+3/21
Buried area6160 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area21530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.343, 96.491, 61.788
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細CRYSTAL PACKING ANALYSIS SUGGESTS THE ASSIGNMENT OF A TETRAMER AS A SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE.

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要素

#1: タンパク質 ApaG protein


分子量: 11196.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: PA1934 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q9I2H0
#2: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン


分子量: 136.989 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THIS CONSTRUCT (RESIDUES 22-126) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG ...THIS CONSTRUCT (RESIDUES 22-126) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.7 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 40.000000000% MPD, 5.000000000% PEG-8000, 0.1M Cacodylate pH 6.5, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.91837,0.97936,0.97922
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月12日 / 詳細: Flat collimating mirror, toroid focusing mirror
放射モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.918371
20.979361
30.979221
反射解像度: 1.5→29.178 Å / Num. obs: 32823 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 16.852 Å2 / Rsym value: 0.098 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 1.5→1.54 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Rsym value: 0.798 / % possible all: 95.8

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0110精密化
PHENIX精密化
SHELX位相決定
MolProbity3beta29モデル構築
SCALA3.3.15データスケーリング
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
MOSFLMデータ削減
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.5→29.178 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / SU B: 3.387 / SU ML: 0.062 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.084
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. 3. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 4. A MET- ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. 3. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 4. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 5.(4R)-2-METHYL- 2,4-PENTANEDIOL (MRD),AND CACODYLATE (CAC) FROM THE CRYSTALLIZATION WERE MODELED INTO THE STRUCTURE. THE MODELING OF CACODYLATE IS SUPPORTED BY ANOMALOUS DIFFERENCE MAPS. 5. SOLVENT MOLECULES WERE EXCLUDED FROM THE ASSIGNMENT OF THE TLS GROUPS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 1666 5.1 %RANDOM
Rwork0.184 ---
obs0.186 32812 98.29 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 81.77 Å2 / Biso mean: 24.291 Å2 / Biso min: 8.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.21 Å20 Å20 Å2
2---0.52 Å20 Å2
3----0.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→29.178 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1508 0 29 212 1749
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0221706
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021155
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6971.9732341
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.89532837
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.3175250
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.77224.2580
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg9.91115297
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.6531516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2274
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021988
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02352
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.608351091
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.68735445
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.36681761
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.63711615
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0534.5558
LS精密化 シェル解像度: 1.502→1.541 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.31 108 -
Rwork0.274 2229 -
all-2337 -
obs--96.65 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.83740.572-0.28351.1659-0.11650.5640.05370.0926-0.0781-0.0764-0.03480.0551-0.0278-0.0539-0.01890.03940.0081-0.02030.05940.00180.059230.409513.191227.0536
20.64880.1956-0.21651.08370.28221.72290.1137-0.0855-0.06440.1987-0.00880.13320.1206-0.0389-0.10490.07260.0119-0.01750.0472-0.00280.064714.975113.335751.5627
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A25 - 126
2X-RAY DIFFRACTION2B23 - 125

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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