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Yorodumi- PDB-3dh2: Crystal structure of ribonuclease Sa2 with guanosine-3'-cyclophos... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3dh2 | ||||||
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Title | Crystal structure of ribonuclease Sa2 with guanosine-3'-cyclophosphate prepared by cocrystallization | ||||||
Components | Ribonuclease | ||||||
Keywords | HYDROLASE / ribonuclease / protein-mononucleotide complex / guanosine-3'-monophosphate / mononucleotide / cocrystallization | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Streptomyces aureofaciens (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.25 Å | ||||||
Authors | Sevcik, J. / Bauerova-Hlinkova, V. | ||||||
Citation | Journal: Febs J. / Year: 2009 Title: Structure of RNase Sa2 complexes with mononucleotides - new aspects of catalytic reaction and substrate recognition Authors: Bauerova-Hlinkova, V. / Dvorsky, R. / Perecko, D. / Povazanec, F. / Sevcik, J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3dh2.cif.gz | 92.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3dh2.ent.gz | 72.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3dh2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3dh2_validation.pdf.gz | 1.7 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3dh2_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | Display | |
Data in XML | 3dh2_validation.xml.gz | 19.7 KB | Display | |
Data in CIF | 3dh2_validation.cif.gz | 25.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dh/3dh2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dh/3dh2 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3d4aC 3d5gC 3d5iC 3dgyC 1py3S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 10909.012 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptomyces aureofaciens (bacteria) / Strain: R8/26 / Plasmid: pEH200 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Nova Blue / References: UniProt: Q53752, EC: 3.1.4.8 #2: Sugar | #3: Chemical | ChemComp-SO4 / | #4: Chemical | ChemComp-3GP / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.06 Å3/Da / Density % sol: 40.17 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.2 Details: 2.2 M ammonium sulfate, phosphate buffer pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: EMBL/DESY, HAMBURG / Beamline: X31 / Wavelength: 1.1 Å |
Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: AREA DETECTOR / Date: Nov 16, 2001 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: Si 111 CHANNEL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.25→20 Å / Num. all: 16870 / Num. obs: 16347 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 11.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.25→2.28 Å / Redundancy: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.325 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 491 / % possible all: 75 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1py3 Resolution: 2.25→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 16.915 / SU ML: 0.214 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.556 / ESU R Free: 0.277 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 9.666 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.25→20 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.25→2.308 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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