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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6tsd | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of human coxsackievirus A24v in complex with pentavalent inhibitor ME0752 | ||||||||||||
![]() | (Capsid protein ...) x 4 | ||||||||||||
![]() | VIRUS / human Coxsackievirus A24v / starfish-like inhibitor / pentavelent | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase ...picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / RNA helicase activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Zocher, G. / Stehle, T. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Pentavalent Sialic Acid Conjugates Block Coxsackievirus A24 Variant and Human Adenovirus Type 37-Viruses That Cause Highly Contagious Eye Infections. 著者: Johansson, E. / Caraballo, R. / Mistry, N. / Zocher, G. / Qian, W. / Andersson, C.D. / Hurdiss, D.L. / Chandra, N. / Thompson, R. / Frangsmyr, L. / Stehle, T. / Arnberg, N. / Elofsson, M. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 215.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4q4wS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
| x 60||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
-Capsid protein ... , 4種, 4分子 111222333444
#1: タンパク質 | 分子量: 34378.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: A24v / 発現宿主: ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 29817.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: A24v / 発現宿主: ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 26637.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: A24v / 発現宿主: ![]() |
#4: タンパク質 | 分子量: 7319.045 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: A24v / 発現宿主: ![]() |
-糖 , 1種, 1分子 ![](data/chem/img/SIA.gif)
#5: 糖 | ChemComp-SIA / |
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-非ポリマー , 6種, 834分子 ![](data/chem/img/HEZ.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#6: 化合物 | ChemComp-HEZ / #7: 化合物 | ChemComp-CL / #8: 化合物 | ChemComp-NA / | #9: 化合物 | ChemComp-CA / #10: 化合物 | ChemComp-MG / | #11: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 200 mM Magnesium chloride, 3.4 M 1,6-Hexanediol, 100 mM HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月14日 |
放射 | モノクロメーター: DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97625 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.81→50 Å / Num. obs: 14074225 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.71 % / CC1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 8.18 |
反射 シェル | 解像度: 1.81→1.92 Å / Num. unique obs: 2244009 / CC1/2: 0.679 / % possible all: 99.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4Q4w 解像度: 1.81→49.955 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / SU B: 1.889 / SU ML: 0.054 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.018 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.473 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.81→49.955 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Num. reflection Rfree: _ / Total num. of bins used: 20
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