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- PDB-6tsd: Crystal structure of human coxsackievirus A24v in complex with pe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tsd
タイトルCrystal structure of human coxsackievirus A24v in complex with pentavalent inhibitor ME0752
要素(Capsid protein ...) x 4
キーワードVIRUS / human Coxsackievirus A24v / starfish-like inhibitor / pentavelent
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / RNA helicase activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral ...Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
HEXANE-1,6-DIOL / N-acetyl-alpha-neuraminic acid / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Coxsackievirus A24 (コクサッキーウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.81 Å
データ登録者Zocher, G. / Stehle, T.
資金援助 ドイツ, 3件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)FOR2327 ドイツ
German Federal Ministry for Education and ResearchBW-Stiftung - Glykobiologie ドイツ
Knut and Alice Wallenberg Foundation2013.0019 ドイツ
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: Pentavalent Sialic Acid Conjugates Block Coxsackievirus A24 Variant and Human Adenovirus Type 37-Viruses That Cause Highly Contagious Eye Infections.
著者: Johansson, E. / Caraballo, R. / Mistry, N. / Zocher, G. / Qian, W. / Andersson, C.D. / Hurdiss, D.L. / Chandra, N. / Thompson, R. / Frangsmyr, L. / Stehle, T. / Arnberg, N. / Elofsson, M.
履歴
登録2019年12月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月9日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_type / database_2 ...atom_type / database_2 / entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list / struct_ncs_oper / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_strain / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _struct_ncs_oper.vector[1] / _struct_ncs_oper.vector[3] / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
111: Capsid protein VP1
222: Capsid protein VP2
333: Capsid protein VP3
444: Capsid protein VP4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,43023
ポリマ－98,1534
非ポリマー1,27819
水14,700816
1
111: Capsid protein VP1
222: Capsid protein VP2
333: Capsid protein VP3
444: Capsid protein VP4
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,965,8241380
ポリマ－5,889,154240
非ポリマー76,6691140
水4,324240
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
単位格子
Length a, b, c (Å)305.475, 365.351, 366.484
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(0.498412, -0.809326, 0.310767), (0.811369, 0.30919, -0.496066), (0.305393, 0.499392, 0.810767)167.5181, 92.3701
3generate(-0.308951, -0.499177, 0.80955), (0.501452, -0.808764, -0.307321), (0.808143, 0.311003, 0.500182)142.827, 309.7515, -88.6626
4generate(-0.308742, 0.499152, 0.809645), (-0.502087, -0.808498, 0.306984), (0.807829, -0.311733, 0.500235)-39.6254, 351.3227, 25.1639
5generate(0.497715, 0.80991, 0.310365), (-0.811357, 0.308283, 0.496651), (0.306562, -0.499007, 0.810563)160.0658, 79.0529
6generate(-0.501438, 0.808483, 0.308084), (-0.808762, -0.311511, -0.498864), (-0.307352, -0.499316, 0.810073)25.469, 454.549, 172.7284
7generate(0.500938, 0.808568, -0.308673), (-0.809042, 0.31079, -0.498859), (-0.307429, 0.499627, 0.809852)-15.092, 340.9213, -9.6715
8generate(0.809953, -0.309741, -0.498033), (-0.306093, 0.501101, -0.809448), (0.500284, 0.808058, 0.311059)176.4422, 286.1443, -98.1978
9generate(-0.000454, -1, -0.000488), (-0.000786, 0.000488, -1), (1, -0.000453, -0.000786)335.6632, 366.1323, 30.5555
10generate(-0.810307, -0.309919, 0.497346), (-0.304877, -0.501843, -0.809446), (0.500453, -0.807529, 0.31216)242.5342, 469.1013, 196.5665
11generate(0.306085, -0.499743, 0.810289), (-0.498257, -0.809352, -0.31095), (0.811204, -0.308556, -0.496731)49.0711, 463.756, 206.0425
12generate(-0.001333, -0.000797, 0.999999), (-0.999999, 0.000931, -0.001332), (-0.00093, -0.999999, -0.000798)-29.8822, 335.7758, 366.4031
13generate(0.304468, 0.501394, 0.809878), (-0.500332, 0.807688, -0.311941), (-0.810535, -0.310232, 0.496779)169.1383, 273.3489
14generate(0.808579, 0.310341, 0.499889), (0.308542, 0.499771, -0.80934), (-0.501001, 0.808652, 0.308351)192.57, 55.7894
15generate(0.808401, -0.31056, 0.50004), (0.308868, -0.499354, -0.809473), (0.501087, 0.808825, -0.307757)-5.4659, 375.0669, 15.0381

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要素

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Capsid protein ... , 4種, 4分子 111222333444

#1: タンパク質 Capsid protein VP1 / Cosackievirus A24v viral capsid protein 1


分子量: 34378.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Coxsackievirus A24 (コクサッキーウイルス)
株: A24v / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: V9VEF3
#2: タンパク質 Capsid protein VP2 / Cosackievirus A24v viral capsid protein 2


分子量: 29817.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Coxsackievirus A24 (コクサッキーウイルス)
株: A24v / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: V9VEF3
#3: タンパク質 Capsid protein VP3 / Cosackievirus A24v viral capsid protein 3


分子量: 26637.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Coxsackievirus A24 (コクサッキーウイルス)
株: A24v / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: V9VEF3
#4: タンパク質 Capsid protein VP4 / Cosackievirus A24v viral capsid protein 4


分子量: 7319.045 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Coxsackievirus A24 (コクサッキーウイルス)
株: A24v / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: V9VEF3

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糖 , 1種, 1分子

#5: 糖 ChemComp-SIA / N-acetyl-alpha-neuraminic acid / N-acetylneuraminic acid / sialic acid / alpha-sialic acid / O-SIALIC ACID / N-アセチル-α-ノイラミン酸


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 309.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C11H19NO9 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DNeup5AcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-D-neuraminic acidCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-Neup5AcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
Neu5AcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 6種, 834分子

#6: 化合物
ChemComp-HEZ / HEXANE-1,6-DIOL / 1,6-ヘキサンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2
#7: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#9: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#10: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 816 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 200 mM Magnesium chloride, 3.4 M 1,6-Hexanediol, 100 mM HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月14日
放射モノクロメーター: DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.81→50 Å / Num. obs: 14074225 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.71 % / CC1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 8.18
反射 シェル解像度: 1.81→1.92 Å / Num. unique obs: 2244009 / CC1/2: 0.679 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0232 2018/13/08精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4Q4w

4q4w


解像度: 1.81→49.955 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / SU B: 1.889 / SU ML: 0.054 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.018 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rwork0.1502 1824194 -
all0.15 --
obs-1824194 99.892 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.473 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.084 Å2-0 Å20 Å2
2---0.174 Å2-0 Å2
3---0.091 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.81→49.955 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6519 0 67 816 7402
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0136857
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0176145
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3811.6589380
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2821.56814326
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.1285874
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.34722.378328
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.624151062
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9441535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.2939
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.027681
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021449
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.180.22324
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1610.211568
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1620.26598
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0780.26194
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1170.21346
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0290.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.7570.2197
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.6920.2923
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1710.2114
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.760.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9626.7853383
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.966.7833382
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5889.7864231
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.599.7884232
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.9957.5533474
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.0117.5593475
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.43610.5975127
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.43510.6055128
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it7.02950.3587939
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other6.83546.6657695
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Num. reflection Rfree: _ / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.81-1.8570.32513264813443798.66930.321
1.857-1.9080.25913106413107299.99390.248
1.908-1.9630.22412762912763999.99220.209
1.963-2.0240.19812381912382699.99430.184
2.024-2.090.18512006812006999.99920.17
2.09-2.1630.17111618511618899.99740.155
2.163-2.2450.15611216911217399.99640.139
2.245-2.3360.14810791810792199.99720.129
2.336-2.440.14310367110367599.99610.123
2.44-2.5590.14990289903299.9960.12
2.559-2.6970.135943349433799.99680.117
2.697-2.860.131893128931699.99550.115
2.86-3.0560.12583893838931000.111
3.056-3.30.123782147821599.99870.112
3.3-3.6140.1272062720621000.112
3.614-4.0370.118652756527799.99690.113
4.037-4.6570.11577455774699.99830.108
4.657-5.6910.118490224902399.9980.115
5.691-7.9970.15382153821999.98950.144
7.997-49.9550.197219272194699.91340.198

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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