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万見
- PDB-1fmd: THE STRUCTURE AND ANTIGENICITY OF A TYPE C FOOT-AND-MOUTH DISEASE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fmd
タイトルTHE STRUCTURE AND ANTIGENICITY OF A TYPE C FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS
要素
  • FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS (SUBUNIT VP1)
  • FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS (SUBUNIT VP2)
  • FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS (SUBUNIT VP3)
  • FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS (SUBUNIT VP4)
キーワードVIRUS / Icosahedral virus
機能・相同性
機能・相同性情報


L-peptidase / IRES-dependent viral translational initiation / symbiont-mediated perturbation of host chromatin organization / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / viral capsid / regulation of translation / host cell ...L-peptidase / IRES-dependent viral translational initiation / symbiont-mediated perturbation of host chromatin organization / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / viral capsid / regulation of translation / host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell cytoplasm / RNA helicase activity / viral protein processing / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont entry into host cell / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Foot-And-Mouth Disease Virus, subunit 4 / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Peptidase C28, foot-and-mouth virus L-proteinase / Foot-and-mouth virus L-proteinase / Aphthovirus leader protease (L(pro)) domain profile. / Foot-and-mouth disease virus VP1 coat / Capsid protein VP4, Picornavirus / Viral protein VP4 subunit / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type ...Foot-And-Mouth Disease Virus, subunit 4 / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Peptidase C28, foot-and-mouth virus L-proteinase / Foot-and-mouth virus L-proteinase / Aphthovirus leader protease (L(pro)) domain profile. / Foot-and-mouth disease virus VP1 coat / Capsid protein VP4, Picornavirus / Viral protein VP4 subunit / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Jelly Rolls - #20 / Picornavirus coat protein / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Few Secondary Structures / Irregular / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Jelly Rolls / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Genome polyprotein / Genome polyprotein / Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス)
手法X線回折 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Lea, S. / Fry, E. / Stuart, D.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1994
タイトル: The structure and antigenicity of a type C foot-and-mouth disease virus.
著者: Lea, S. / Hernandez, J. / Blakemore, W. / Brocchi, E. / Curry, S. / Domingo, E. / Fry, E. / Abu-Ghazaleh, R. / King, A. / Newman, J. / Stuart, D. / Mateu, M.G.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.A / 年: 1993
タイトル: Methods Used in the Structure Determination of Foot and Mouth Disease Virus
著者: Fry, E. / Acharya, R. / Stuart, D.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 1989
タイトル: The Three-Dimensional Structure of Foot and Mouth Disease Virus at 2.9 Angstroms Resolution
著者: Acharya, R. / Fry, E. / Stuart, D. / Fox, G. / Rowlands, D. / Brown, F.
履歴
登録1994年2月10日処理サイト: BNL
改定 1.01994年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
1: FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS (SUBUNIT VP1)
2: FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS (SUBUNIT VP2)
3: FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS (SUBUNIT VP3)
4: FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS (SUBUNIT VP4)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,7914
ポリマ－79,7914
非ポリマー00
水00
1
1: FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS (SUBUNIT VP1)
2: FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS (SUBUNIT VP2)
3: FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS (SUBUNIT VP3)
4: FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS (SUBUNIT VP4)
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,787,460240
ポリマ－4,787,460240
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
1: FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS (SUBUNIT VP1)
2: FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS (SUBUNIT VP2)
3: FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS (SUBUNIT VP3)
4: FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS (SUBUNIT VP4)
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 399 kDa, 20 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)398,95520
ポリマ－398,95520
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
1: FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS (SUBUNIT VP1)
2: FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS (SUBUNIT VP2)
3: FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS (SUBUNIT VP3)
4: FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS (SUBUNIT VP4)
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 479 kDa, 24 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)478,74624
ポリマ－478,74624
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
1: FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS (SUBUNIT VP1)
2: FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS (SUBUNIT VP2)
3: FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS (SUBUNIT VP3)
4: FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS (SUBUNIT VP4)
x 5


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 399 kDa, 20 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)398,95520
ポリマ－398,95520
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation4
単位格子
Length a, b, c (Å)347.600, 347.600, 347.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO 1 111 / 2: CIS PROLINE - PRO 2 84
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrix
1given(1), (1), (1)
2generate(0.5, -0.80901699, 0.30901699), (0.80901699, 0.30901699, -0.5), (0.30901699, 0.5, 0.80901699)
3generate(-0.30901699, -0.5, 0.80901699), (0.5, -0.80901699, -0.30901699), (0.80901699, 0.30901699, 0.5)
4generate(-0.30901699, 0.5, 0.80901699), (-0.5, -0.80901699, 0.30901699), (0.80901699, -0.30901699, 0.5)
5generate(0.5, 0.80901699, 0.30901699), (-0.80901699, 0.30901699, 0.5), (0.30901699, -0.5, 0.80901699)

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要素

#1: タンパク質 FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS (SUBUNIT VP1)


分子量: 22694.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス)
属: Aphthovirus / 器官: KIDNEY / 発現宿主: Mesocricetus auratus (ネズミ) / 参照: UniProt: Q65095
#2: タンパク質 FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS (SUBUNIT VP2)


分子量: 24297.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス)
属: Aphthovirus / 器官: KIDNEY / 発現宿主: Mesocricetus auratus (ネズミ) / 参照: UniProt: Q9YQQ5, UniProt: P15072*PLUS
#3: タンパク質 FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS (SUBUNIT VP3)


分子量: 24020.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス)
属: Aphthovirus / 器官: KIDNEY / 発現宿主: Mesocricetus auratus (ネズミ) / 参照: UniProt: Q9YQQ5, UniProt: P15072*PLUS
#4: タンパク質 FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS (SUBUNIT VP4)


分子量: 8778.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス)
属: Aphthovirus / 器官: KIDNEY / 発現宿主: Mesocricetus auratus (ネズミ) / 参照: UniProt: P87677, UniProt: P49303*PLUS
配列の詳細NOTE: THE SEQUENCE AS PRESENTED IN THE COORDINATES AND THE SEQRES RECORDS BELOW HAS BEEN CONFIRMED ...NOTE: THE SEQUENCE AS PRESENTED IN THE COORDINATES AND THE SEQRES RECORDS BELOW HAS BEEN CONFIRMED BY RESEQUENCING OF THE SPECIFIC VIRUS USED IN THE STRUCTURE DETERMINATION. SWISS-PROT ENTRY POLG_FMDVT PRESENTS THE SEQUENCE OF STRAIN C1. SWISS-PROT ENTRY POLG_FMDVS PRESENTS THE SEQUENCE OF CHAIN 1 AND PART OF CHAIN 3 OF STRAIN C1-SANTA PAU (C-S8). NEITHER OF THESE PRESENTS THE SEQUENCE OF THE STRAIN PRESENTED IN THIS ENTRY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
19.5-11.5 %satammonium sulfate1reservoir
210 mMdithiothreitol1reservoir

-
データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 3.5 Å / Num. obs: 64849 / % possible obs: 74 % / Num. measured all: 98942 / Rmerge(I) obs: 0.18

-
解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 3.5→27 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数
Rwork0.204 -
obs0.204 79016
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5169 0 0 0 5169
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.9
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.204
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 1.9

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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