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- PDB-5ne4: Crystal Structure of Foot and Mouth Disease Virus O PanAsia -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ne4
タイトルCrystal Structure of Foot and Mouth Disease Virus O PanAsia
要素
  • O PanAsia VP1
  • O PanAsia VP2
  • O PanAsia VP4
  • Polyprotein
キーワードVIRUS / Foot and Mouth Disease Virus / FMDV / OpanAsia
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host chromatin organization / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / viral capsid / host cell / regulation of translation / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell ...symbiont-mediated perturbation of host chromatin organization / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / viral capsid / host cell / regulation of translation / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell cytoplasm / RNA helicase activity / viral protein processing / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont entry into host cell / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Foot-And-Mouth Disease Virus, subunit 4 / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Peptidase C28, foot-and-mouth virus L-proteinase / Foot-and-mouth virus L-proteinase / Aphthovirus leader protease (L(pro)) domain profile. / Foot-and-mouth disease virus VP1 coat / Capsid protein VP4, Picornavirus / Viral protein VP4 subunit / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type ...Foot-And-Mouth Disease Virus, subunit 4 / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Peptidase C28, foot-and-mouth virus L-proteinase / Foot-and-mouth virus L-proteinase / Aphthovirus leader protease (L(pro)) domain profile. / Foot-and-mouth disease virus VP1 coat / Capsid protein VP4, Picornavirus / Viral protein VP4 subunit / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Jelly Rolls - #20 / Picornavirus coat protein / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Few Secondary Structures / Irregular / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Jelly Rolls / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Genome polyprotein / Genome polyprotein / Genome polyprotein / Genome polyprotein / Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス)
Foot-and-mouth disease virus - type O (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Kotecha, A. / StuarT, D.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)G1000099 英国
Medical Research Council (United Kingdom)G1100525/1 英国
Wellcome Trust090532/Z/09/Z 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Rules of engagement between αvβ6 integrin and foot-and-mouth disease virus.
著者: Abhay Kotecha / Quan Wang / Xianchi Dong / Serban L Ilca / Marina Ondiviela / Rao Zihe / Julian Seago / Bryan Charleston / Elizabeth E Fry / Nicola G A Abrescia / Timothy A Springer / Juha T ...著者: Abhay Kotecha / Quan Wang / Xianchi Dong / Serban L Ilca / Marina Ondiviela / Rao Zihe / Julian Seago / Bryan Charleston / Elizabeth E Fry / Nicola G A Abrescia / Timothy A Springer / Juha T Huiskonen / David I Stuart /
要旨: Foot-and-mouth disease virus (FMDV) mediates cell entry by attachment to an integrin receptor, generally αvβ6, via a conserved arginine-glycine-aspartic acid (RGD) motif in the exposed, antigenic, ...Foot-and-mouth disease virus (FMDV) mediates cell entry by attachment to an integrin receptor, generally αvβ6, via a conserved arginine-glycine-aspartic acid (RGD) motif in the exposed, antigenic, GH loop of capsid protein VP1. Infection can also occur in tissue culture adapted virus in the absence of integrin via acquired basic mutations interacting with heparin sulphate (HS); this virus is attenuated in natural infections. HS interaction has been visualized at a conserved site in two serotypes suggesting a propensity for sulfated-sugar binding. Here we determined the interaction between αvβ6 and two tissue culture adapted FMDV strains by cryo-electron microscopy. In the preferred mode of engagement, the fully open form of the integrin, hitherto unseen at high resolution, attaches to an extended GH loop via interactions with the RGD motif plus downstream hydrophobic residues. In addition, an N-linked sugar of the integrin attaches to the previously identified HS binding site, suggesting a functional role.
履歴
登録2017年3月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: O PanAsia VP1
2: O PanAsia VP2
3: Polyprotein
4: O PanAsia VP4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,4624
ポリマ－80,4624
非ポリマー00
水1,982110
1
1: O PanAsia VP1
2: O PanAsia VP2
3: Polyprotein
4: O PanAsia VP4
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,827,716240
ポリマ－4,827,716240
非ポリマー00
水4,324240
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
1: O PanAsia VP1
2: O PanAsia VP2
3: Polyprotein
4: O PanAsia VP4
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 402 kDa, 20 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)402,31020
ポリマ－402,31020
非ポリマー00
水36020
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
1: O PanAsia VP1
2: O PanAsia VP2
3: Polyprotein
4: O PanAsia VP4
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 483 kDa, 24 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)482,77224
ポリマ－482,77224
非ポリマー00
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
単位格子
Length a, b, c (Å)345.010, 345.010, 345.010
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: タンパク質 O PanAsia VP1


分子量: 23341.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス)
株: O / Variant: PanAsia / 細胞株 (発現宿主): BHK-21 / 発現宿主: Cricetinae (ネズミ) / 参照: UniProt: A0A1B0SZV3, UniProt: Q98W00*PLUS
#2: タンパク質 O PanAsia VP2


分子量: 24389.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス)
株: O / Variant: PanAsia / 細胞株 (発現宿主): BHK-21 / 発現宿主: Cricetinae (ネズミ) / 参照: UniProt: A0A1B0QWS1, UniProt: Q6ZZ87*PLUS
#3: タンパク質 Polyprotein


分子量: 23938.898 Da / 分子数: 1 / Mutation: H56R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Foot-and-mouth disease virus - type O (ウイルス)
Variant: PanAsia / 細胞株 (発現宿主): BHK-21 / 発現宿主: Cricetinae (ネズミ) / 参照: UniProt: J3T9N5, UniProt: Q7TD07*PLUS
#4: タンパク質 O PanAsia VP4


分子量: 8792.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス)
Variant: PanAsia / 細胞株 (発現宿主): BHK-21 / 発現宿主: Cricetinae (ネズミ) / 参照: UniProt: E6Y5R5, UniProt: Q7TD07*PLUS
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 1.5 M ammonium sulfate, 100 mM bis-Tris propane, pH 7.0.
PH範囲: 7.0-8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 294 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9778 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月13日
放射モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9778 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 229892 / % possible obs: 76.9 % / Observed criterion σ(I): 0.86 / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 23.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.27 / Net I/σ(I): 3.1
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.88 / % possible all: 45.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNSv1.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BBT

1bbt


解像度: 2.3→50 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22 11647 3.9 %Random
Rwork0.21 ---
obs-229892 76.9 %-
溶媒の処理減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / Bsol: 24.4454 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 20.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5089 0 0 110 5199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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