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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ne4 | ||||||||||||
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タイトル | Crystal Structure of Foot and Mouth Disease Virus O PanAsia | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | VIRUS (ウイルス) / Foot and Mouth Disease Virus (口蹄疫ウイルス) / FMDV (口蹄疫ウイルス) / OpanAsia | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 icosahedral viral capsid / modulation by virus of host chromatin organization / RNA-protein covalent cross-linking / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / : / カプシド / regulation of translation ...icosahedral viral capsid / modulation by virus of host chromatin organization / RNA-protein covalent cross-linking / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / : / カプシド / regulation of translation / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell cytoplasm / RNA helicase activity / viral protein processing / symbiont entry into host cell / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / structural molecule activity / タンパク質分解 / RNA binding / ATP binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス) Foot-and-mouth disease virus - type O (口蹄疫ウイルス) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Kotecha, A. / StuarT, D. | ||||||||||||
資金援助 | 英国, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017 タイトル: Rules of engagement between αvβ6 integrin and foot-and-mouth disease virus. 著者: Abhay Kotecha / Quan Wang / Xianchi Dong / Serban L Ilca / Marina Ondiviela / Rao Zihe / Julian Seago / Bryan Charleston / Elizabeth E Fry / Nicola G A Abrescia / Timothy A Springer / Juha T ...著者: Abhay Kotecha / Quan Wang / Xianchi Dong / Serban L Ilca / Marina Ondiviela / Rao Zihe / Julian Seago / Bryan Charleston / Elizabeth E Fry / Nicola G A Abrescia / Timothy A Springer / Juha T Huiskonen / David I Stuart / 要旨: Foot-and-mouth disease virus (FMDV) mediates cell entry by attachment to an integrin receptor, generally αvβ6, via a conserved arginine-glycine-aspartic acid (RGD) motif in the exposed, antigenic, ...Foot-and-mouth disease virus (FMDV) mediates cell entry by attachment to an integrin receptor, generally αvβ6, via a conserved arginine-glycine-aspartic acid (RGD) motif in the exposed, antigenic, GH loop of capsid protein VP1. Infection can also occur in tissue culture adapted virus in the absence of integrin via acquired basic mutations interacting with heparin sulphate (HS); this virus is attenuated in natural infections. HS interaction has been visualized at a conserved site in two serotypes suggesting a propensity for sulfated-sugar binding. Here we determined the interaction between αvβ6 and two tissue culture adapted FMDV strains by cryo-electron microscopy. In the preferred mode of engagement, the fully open form of the integrin, hitherto unseen at high resolution, attaches to an extended GH loop via interactions with the RGD motif plus downstream hydrophobic residues. In addition, an N-linked sugar of the integrin attaches to the previously identified HS binding site, suggesting a functional role. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5ne4.cif.gz | 143.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5ne4.ent.gz | 111.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5ne4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ne/5ne4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ne/5ne4 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3630C 3631C 3632C 3633C 3634C 3635C 5nedC 5nejC 5nemC 5nerC 5netC 5neuC 1bbtS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23341.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス) 株: O / Variant: PanAsia / 細胞株 (発現宿主): BHK-21 / 発現宿主: Cricetinae (ハムスター) / 参照: UniProt: A0A1B0SZV3, UniProt: Q98W00*PLUS |
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#2: タンパク質 | 分子量: 24389.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス) 株: O / Variant: PanAsia / 細胞株 (発現宿主): BHK-21 / 発現宿主: Cricetinae (ハムスター) / 参照: UniProt: A0A1B0QWS1, UniProt: Q6ZZ87*PLUS |
#3: タンパク質 | 分子量: 23938.898 Da / 分子数: 1 / Mutation: H56R / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Foot-and-mouth disease virus - type O (口蹄疫ウイルス) Variant: PanAsia / 細胞株 (発現宿主): BHK-21 / 発現宿主: Cricetinae (ハムスター) / 参照: UniProt: J3T9N5, UniProt: Q7TD07*PLUS |
#4: タンパク質 | 分子量: 8792.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス) Variant: PanAsia / 細胞株 (発現宿主): BHK-21 / 発現宿主: Cricetinae (ハムスター) / 参照: UniProt: E6Y5R5, UniProt: Q7TD07*PLUS |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 1.5 M ammonium sulfate, 100 mM bis-Tris propane, pH 7.0. PH範囲: 7.0-8.0 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 294 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9778 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月13日 |
放射 | モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9778 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 229892 / % possible obs: 76.9 % / Observed criterion σ(I): 0.86 / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 23.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.27 / Net I/σ(I): 3.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.88 / % possible all: 45.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1BBT 解像度: 2.3→50 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
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溶媒の処理 | 減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / Bsol: 24.4454 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3 | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.75 Å2 | ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→50 Å
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