[日本語] English
万見
- PDB-4pdw: A benzonitrile analogue inhibits rhinovirus replication -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pdw
タイトルA benzonitrile analogue inhibits rhinovirus replication
要素
  • (Genome polyprotein) x 3
  • Capsid protein VP4/VP2
キーワードVIRUS / benzonitrile inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


lysis of host organelle involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / viral capsid / host cell ...lysis of host organelle involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / viral capsid / host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / DNA replication / RNA helicase activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated suppression of host gene expression / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Picornavirus coat protein VP4 / Rhinovirus 14, subunit 4 / Picornavirus coat protein VP4 superfamily / Jelly Rolls - #20 / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A ...Picornavirus coat protein VP4 / Rhinovirus 14, subunit 4 / Picornavirus coat protein VP4 superfamily / Jelly Rolls - #20 / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Few Secondary Structures / Irregular / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Jelly Rolls / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2XK / Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human rhinovirus 14 (ライノウイルス)
Rhinovirus B (ライノウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Querol-Audi, J. / Guerra, P. / Lacroix, C. / Roche, M. / Franco, D. / Froeyen, M. / Terme, T. / Vanelle, P. / Neyts, J. / Leyssen, P. / Verdaguer, N.
引用ジャーナル: J.Antimicrob.Chemother. / 年: 2014
タイトル: A novel benzonitrile analogue inhibits rhinovirus replication.
著者: Lacroix, C. / Querol-Audi, J. / Roche, M. / Franco, D. / Froeyen, M. / Guerra, P. / Terme, T. / Vanelle, P. / Verdaguer, N. / Neyts, J. / Leyssen, P.
履歴
登録2014年4月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年7月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月24日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Genome polyprotein
B: Genome polyprotein
C: Genome polyprotein
D: Capsid protein VP4/VP2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,1779
ポリマ－94,4834
非ポリマー6955
水1,24369
1
A: Genome polyprotein
B: Genome polyprotein
C: Genome polyprotein
D: Capsid protein VP4/VP2
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,710,632540
ポリマ－5,668,952240
非ポリマー41,681300
水4,324240
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Genome polyprotein
B: Genome polyprotein
C: Genome polyprotein
D: Capsid protein VP4/VP2
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 476 kDa, 20 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)475,88645
ポリマ－472,41320
非ポリマー3,47325
水36020
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Genome polyprotein
B: Genome polyprotein
C: Genome polyprotein
D: Capsid protein VP4/VP2
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 571 kDa, 24 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)571,06354
ポリマ－566,89524
非ポリマー4,16830
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
単位格子
Length a, b, c (Å)439.411, 439.411, 439.411
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(0.84218, 0.46711, -0.26934), (-0.44077, 0.30867, -0.84288), (-0.31058, 0.82857, 0.46585)-38.809, 120.256, -66.039
3generate(0.58815, 0.31582, -0.74454), (-0.24378, -0.80855, -0.53555), (-0.77113, 0.49649, -0.39856)2.126, 230.147, 14.957
4generate(0.58803, -0.24431, -0.77106), (0.31676, -0.80759, 0.49746), (-0.74423, -0.53676, -0.39749)66.339, 177.836, 130.938
5generate(0.84366, -0.43819, -0.31022), (0.46597, 0.31061, 0.82849), (-0.26668, -0.84351, 0.46623)64.825, 35.539, 121.663
6generate(-0.7043, -0.62811, -0.33081), (-0.62649, 0.33078, 0.70575), (-0.33387, 0.70431, -0.62648)-82.23, -73.134, 65.351
7generate(-0.21585, -0.79763, 0.56321), (-0.8931, 0.39444, 0.21633), (-0.3947, -0.4563, -0.7975)-108.41, -55.568, 204.286
8generate(-0.00683, 0.11948, 0.99281), (-0.99319, -0.11629, 0.00716), (0.11631, -0.986, 0.11946)-233.13, 12.328, 217.397
9generate(-0.36713, 0.85632, 0.36322), (-0.78891, -0.49353, 0.36613), (0.49278, -0.15213, 0.85675)-284.056, 36.534, 86.515
10generate(-0.79853, 0.39325, -0.45574), (-0.56277, -0.21903, 0.79707), (0.21363, 0.89296, 0.39621)-190.6, -16.013, -7.521
11generate(0.85809, -0.4902, -0.15295), (-0.36156, -0.36525, -0.85783), (0.36465, 0.79139, -0.49065)54.737, 204.172, 117.498
12generate(0.986, 0.12174, 0.11392), (0.12183, -0.99253, 0.00614), (0.11382, 0.00782, -0.99347)-27.412, 230.926, 230.914
13generate(0.7422, 0.59226, -0.31365), (0.53655, -0.2447, 0.80761), (0.40156, -0.76769, -0.4994)-58.639, 106.437, 293.051
14generate(0.46501, 0.27058, -0.84294), (0.30621, 0.84422, 0.43991), (0.83066, -0.46268, 0.30972)4.178, 2.789, 217.867
15generate(0.53738, -0.39697, -0.74407), (-0.2474, 0.76927, -0.58908), (0.80624, 0.50064, 0.31518)74.082, 63.181, 109.391
16generate(-0.50027, 0.31028, 0.80837), (-0.40214, 0.74354, -0.53426), (-0.76682, -0.59235, -0.24719)-287.694, 43.011, 117.576
17generate(-0.80955, 0.53283, 0.24642), (-0.49788, -0.40077, -0.76909), (-0.31104, -0.7453, 0.58973)-284.343, 183.369, 92.385
18generate(-0.99264, -0.00727, -0.12086), (-0.00644, -0.99361, 0.11268), (-0.12091, 0.11263, 0.98625)-205.177, 205.391, -23.959
19generate(-0.79569, -0.56603, 0.21564), (0.3956, -0.21604, 0.89265), (-0.45868, 0.79558, 0.39582)-159.43, 78.629, -70.791
20generate(-0.49164, -0.36853, 0.78897), (0.14877, 0.85716, 0.49309), (-0.858, 0.3598, -0.36659)-210.495, -21.654, 16.712

-
要素

-
タンパク質 , 4種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Genome polyprotein


分子量: 32560.549 Da / 分子数: 1 / 断片: resdiues 568-856 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human rhinovirus 14 (ライノウイルス)
参照: UniProt: P03303, picornain 2A, nucleoside-triphosphate phosphatase, picornain 3C, RNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 Genome polyprotein


分子量: 28501.361 Da / 分子数: 1 / 断片: resdiues 70-331 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human rhinovirus 14 (ライノウイルス)
参照: UniProt: P03303, picornain 2A, nucleoside-triphosphate phosphatase, picornain 3C, RNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質 Genome polyprotein


分子量: 26236.754 Da / 分子数: 1 / 断片: resdiues 332-657 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human rhinovirus 14 (ライノウイルス)
参照: UniProt: P03303, picornain 2A, nucleoside-triphosphate phosphatase, picornain 3C, RNA-directed RNA polymerase
#4: タンパク質 Capsid protein VP4/VP2


分子量: 7183.863 Da / 分子数: 1 / 断片: residue 2-69 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhinovirus B (ライノウイルス) / 参照: UniProt: F5A5A0

-
非ポリマー , 3種, 74分子

#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-2XK / 4-[(4,5-dimethoxy-2-nitrophenyl)acetyl]benzonitrile


分子量: 326.303 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H14N2O5
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2 / 詳細: PEG 8000, calcium chloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.972 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.972 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→49.75 Å / Num. obs: 553702 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.203 / Rsym value: 0.233 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.687 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 80647 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア
名称分類
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
SCALAデータスケーリング
CNS精密化
Cootモデル構築
PHENIXモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1HRV

1hrv


解像度: 3→49.75 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2 27658 5 %random selection
Rwork0.2 ---
obs-553620 99.4 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→49.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6241 0 48 69 6358

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る