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- PDB-6tp3: Crystal structure of the Orexin-1 receptor in complex with darido... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tp3
タイトルCrystal structure of the Orexin-1 receptor in complex with daridorexant
要素Orexin receptor type 1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / 7TM / GPCR
機能・相同性
機能・相同性情報


orexin receptor activity / Orexin and neuropeptides FF and QRFP bind to their respective receptors / feeding behavior / peptide hormone binding / neuropeptide signaling pathway / regulation of cytosolic calcium ion concentration / cellular response to hormone stimulus / G protein-coupled receptor activity / G alpha (q) signalling events / chemical synaptic transmission ...orexin receptor activity / Orexin and neuropeptides FF and QRFP bind to their respective receptors / feeding behavior / peptide hormone binding / neuropeptide signaling pathway / regulation of cytosolic calcium ion concentration / cellular response to hormone stimulus / G protein-coupled receptor activity / G alpha (q) signalling events / chemical synaptic transmission / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / synapse / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Orexin/Hypocretin receptor type 1 / Orexin receptor family / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) ...Orexin/Hypocretin receptor type 1 / Orexin receptor family / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NS2 / Chem-PGW / Orexin/Hypocretin receptor type 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.04 Å
データ登録者Rappas, M. / Ali, A. / Bennett, K.A. / Brown, J.D. / Bucknell, S.J. / Congreve, M. / Cooke, R.M. / Cseke, G. / de Graaf, C. / Dore, A.S. ...Rappas, M. / Ali, A. / Bennett, K.A. / Brown, J.D. / Bucknell, S.J. / Congreve, M. / Cooke, R.M. / Cseke, G. / de Graaf, C. / Dore, A.S. / Errey, J.C. / Jazayeri, A. / Marshall, F.H. / Mason, J.S. / Mould, R. / Patel, J.C. / Tehan, B.G. / Weir, M. / Christopher, J.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute on Drug Abuse (NIH/NIDA)R01DA039553 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Comparison of Orexin 1 and Orexin 2 Ligand Binding Modes Using X-ray Crystallography and Computational Analysis.
著者: Rappas, M. / Ali, A.A.E. / Bennett, K.A. / Brown, J.D. / Bucknell, S.J. / Congreve, M. / Cooke, R.M. / Cseke, G. / de Graaf, C. / Dore, A.S. / Errey, J.C. / Jazayeri, A. / Marshall, F.H. / ...著者: Rappas, M. / Ali, A.A.E. / Bennett, K.A. / Brown, J.D. / Bucknell, S.J. / Congreve, M. / Cooke, R.M. / Cseke, G. / de Graaf, C. / Dore, A.S. / Errey, J.C. / Jazayeri, A. / Marshall, F.H. / Mason, J.S. / Mould, R. / Patel, J.C. / Tehan, B.G. / Weir, M. / Christopher, J.A.
履歴
登録2019年12月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22020年3月11日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32020年7月29日Group: Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Orexin receptor type 1
B: Orexin receptor type 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,45823
ポリマ－83,4522
非ポリマー7,00621
水00
1
A: Orexin receptor type 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,27712
ポリマ－41,7261
非ポリマー3,55111
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Orexin receptor type 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,18111
ポリマ－41,7261
非ポリマー3,45510
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.223, 146.423, 73.6
Angle α, β, γ (deg.)90, 109.55, 90
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Orexin receptor type 1 / Ox1R / Hypocretin receptor type 1


分子量: 41725.891 Da / 分子数: 2
変異: E46A I85L V95A R162L N194A L198A Y211A L304V C339A C375W C376W
由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Daridorexant bound in the orthosteric site / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HCRTR1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O43613
#2: 化合物 ChemComp-NS2 / [(2~{S})-2-(6-chloranyl-7-methyl-1~{H}-benzimidazol-2-yl)-2-methyl-pyrrolidin-1-yl]-[5-methoxy-2-(1,2,3-triazol-2-yl)phenyl]methanone


分子量: 450.921 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H23ClN6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-PGW / (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Palmitoyl-2-Oleoyl-sn-Glycero-3-[Phospho-(1-glycerol)] / PHOSPHATIDYLGLYCEROL


分子量: 749.007 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H77O10P / コメント: リン脂質*YM
#5: 糖
ChemComp-SOG / octyl 1-thio-beta-D-glucopyranoside / 2-HYDROXYMETHYL-6-OCTYLSULFANYL-TETRAHYDRO-PYRAN-3,4,5-TRIOL / 1-S-OCTYL-BETA-D-THIOGLUCOSIDE / octyl 1-thio-beta-D-glucoside / octyl 1-thio-D-glucoside / octyl 1-thio-glucoside


タイプ: D-saccharide / 分子量: 308.434 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O5S / コメント: 可溶化剤*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.82 %
結晶化温度: 284 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: 0.1M TRISODIUM CITRATE 50mM SODIUM CHLORIDE 50mM LITHIUM SULPHATE 15-34% PEG400
PH範囲: 3.0-6.5 / Temp details: Stable

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Stable / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96858 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月15日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96858 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.04→25.86 Å / Num. obs: 13842 / % possible obs: 58.6 % / 冗長度: 5.8 % / CC1/2: 0.985 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 3.04→3.32 Å / Num. unique obs: 396 / CC1/2: 0.416 / % possible all: 7.25

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6TO7

6to7


解像度: 3.04→25.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.891 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.878 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU Rfree Blow DPI: 0.498
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 700 -RANDOM
Rwork0.205 ---
obs0.207 13842 58.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 121.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.6355 Å20 Å2-0.055 Å2
2--2.213 Å20 Å2
3---1.4225 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.44 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.04→25.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4982 0 417 0 5399
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.015594HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg17630HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1936SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes833HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5594HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion731SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6524SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.73
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.98
LS精密化 シェル解像度: 3.04→3.32 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2547 28 -
Rwork0.2149 --
obs0.2177 396 7.25 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.6402-0.64220.04525.70851.37063.10930.1115-0.67040.1417-0.6704-0.0072-0.25330.1417-0.2533-0.1044-0.04640.13170.0608-0.27330.0833-0.2933-24.005424.9609-25.1908
21.30640.0151-0.46144.78382.13413.58610.12410.3058-0.32810.30580.10430.4013-0.32810.4013-0.2284-0.31860.1245-0.0429-0.26550.10340.0533-15.749647.5332-1.0274
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{A|33 - 377}
2X-RAY DIFFRACTION2{B|27 - 378}

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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