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- PDB-6tpn: Crystal structure of the Orexin-2 receptor in complex with HTL664... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6tpn | ||||||
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Title | Crystal structure of the Orexin-2 receptor in complex with HTL6641 at 2.61 A resolution | ||||||
![]() | Orexin receptor type 2,GlgA glycogen synthase,Orexin receptor type 2 | ||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / 7TM / GPCR | ||||||
Function / homology | ![]() regulation of circadian sleep/wake cycle, wakefulness / circadian sleep/wake cycle process / orexin receptor activity / Orexin and neuropeptides FF and QRFP bind to their respective receptors / neuropeptide receptor activity / glycogen (starch) synthase activity / feeding behavior / locomotion / glycogen biosynthetic process / peptide hormone binding ...regulation of circadian sleep/wake cycle, wakefulness / circadian sleep/wake cycle process / orexin receptor activity / Orexin and neuropeptides FF and QRFP bind to their respective receptors / neuropeptide receptor activity / glycogen (starch) synthase activity / feeding behavior / locomotion / glycogen biosynthetic process / peptide hormone binding / neuropeptide signaling pathway / cellular response to hormone stimulus / regulation of cytosolic calcium ion concentration / peptide binding / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (q) signalling events / chemical synaptic transmission / synapse / plasma membrane / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Rappas, M. / Ali, A. / Bennett, K.A. / Brown, J.D. / Bucknell, S.J. / Congreve, M. / Cooke, R.M. / Cseke, G. / de Graaf, C. / Dore, A.S. ...Rappas, M. / Ali, A. / Bennett, K.A. / Brown, J.D. / Bucknell, S.J. / Congreve, M. / Cooke, R.M. / Cseke, G. / de Graaf, C. / Dore, A.S. / Errey, J.C. / Jazayeri, A. / Marshall, F.H. / Mason, J.S. / Mould, R. / Patel, J.C. / Tehan, B.G. / Weir, M. / Christopher, J.A. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Comparison of Orexin 1 and Orexin 2 Ligand Binding Modes Using X-ray Crystallography and Computational Analysis. Authors: Rappas, M. / Ali, A.A.E. / Bennett, K.A. / Brown, J.D. / Bucknell, S.J. / Congreve, M. / Cooke, R.M. / Cseke, G. / de Graaf, C. / Dore, A.S. / Errey, J.C. / Jazayeri, A. / Marshall, F.H. / ...Authors: Rappas, M. / Ali, A.A.E. / Bennett, K.A. / Brown, J.D. / Bucknell, S.J. / Congreve, M. / Cooke, R.M. / Cseke, G. / de Graaf, C. / Dore, A.S. / Errey, J.C. / Jazayeri, A. / Marshall, F.H. / Mason, J.S. / Mould, R. / Patel, J.C. / Tehan, B.G. / Weir, M. / Christopher, J.A. | ||||||
History |
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Structure visualization
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 6to7C ![]() 6todC ![]() 6tosC ![]() 6totC ![]() 6tp3C ![]() 6tp4C ![]() 6tp6C ![]() 6tpgC ![]() 6tpjC ![]() 6tq4C ![]() 6tq6C ![]() 6tq7C ![]() 6tq9C ![]() 5wqcS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 64520.121 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() Gene: HCRTR2, PAB2292 / Production host: ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 5 types, 55 molecules ![](data/chem/img/NU8.gif)
![](data/chem/img/NO3.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/OLA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/NO3.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/OLA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-NU8 / | ||||||
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#3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-OLA / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.4 Å3/Da / Density % sol: 48.76 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: lipidic cubic phase Details: 100 mM trisodium citrate buffer 150-300 mM lithium nitrate or 150-300 mM potassium nitrate 28-43 % (v/v) polyethylene glycol 400 PH range: 5.0-6.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 23, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.96863 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.608→43.488 Å / Num. obs: 11699 / % possible obs: 91.6 % / Redundancy: 8.3 % / Biso Wilson estimate: 40.91 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 5.9 |
Reflection shell | Resolution: 2.608→2.794 Å / Num. unique obs: 4223 / CC1/2: 0.426 |
-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
---|
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5WQC Resolution: 2.608→41.475 Å / SU ML: 0.27 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 24.99
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 186.58 Å2 / Biso mean: 56.3158 Å2 / Biso min: 19.31 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.608→41.475 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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