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- PDB-4oky: Crystal structure of PvuRts1I, a 5-hydroxymethylcytosine DNA rest... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4oky
タイトルCrystal structure of PvuRts1I, a 5-hydroxymethylcytosine DNA restriction endonuclease
要素Restriction endonuclease PvuRts1 I
キーワードDNA BINDING PROTEIN / SRA-like domain / restriction endonuclease
機能・相同性SET and RING associated domain / : / SET and RING associated domain / Restriction endonuclease PvuRts1 I-like, N-terminal / endonuclease activity / Restriction endonuclease PvuRts1 I
機能・相同性情報
生物種Proteus vulgaris (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Wang, C.L. / Shao, C. / Zang, J.Y.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Structural basis for the substrate selectivity of PvuRts1I, a 5-hydroxymethylcytosine DNA restriction endonuclease
著者: Shao, C. / Wang, C. / Zang, J.
履歴
登録2014年1月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年9月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月17日Group: Database references
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Restriction endonuclease PvuRts1 I


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5241
ポリマ－34,5241
非ポリマー00
水00
1
C: Restriction endonuclease PvuRts1 I

C: Restriction endonuclease PvuRts1 I


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,0482
ポリマ－69,0482
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z+1/21
Buried area1620 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area27270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)160.210, 160.210, 45.120
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Restriction endonuclease PvuRts1 I / Restriction endonuclease PvuRts1I


分子量: 34524.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Proteus vulgaris (バクテリア) / 遺伝子: pvuRts1I / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3) / 参照: UniProt: Q52612
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.67 %
結晶化温度: 286 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 10.5
詳細: 1.128M NaH2PO4, 0.752M K2HPO4, 0.1M CAPS pH 10.5, 0.19M Li2SO4, 6%(v/v) glycerol , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 286K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月25日
放射モノクロメーター: sagitally focused Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→56.71 Å / Num. all: 13568 / Num. obs: 13311 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 12.9 / Observed criterion σ(I): 12.9 / 冗長度: 10.5 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 12.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIXモデル構築
REFMAC5.7.0032精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.9→56.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.876 / SU B: 14.504 / SU ML: 0.275 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.562 / ESU R Free: 0.355 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28695 662 5 %RANDOM
Rwork0.25202 ---
obs0.25373 12620 97.63 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 55.258 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.95 Å2-0 Å20 Å2
2---0.95 Å2-0 Å2
3---1.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→56.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2184 0 0 0 2184
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0192229
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.022023
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4871.9413031
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.84734592
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4845280
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.11123.645107
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg24.47815330
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.1531516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2340
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022588
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02548
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.1545.8271129
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.1535.8231128
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.2648.7231406
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.9468.3031407
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9975.8141100
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.065.4611076
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.1358.131592
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.47343.6152552
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.47443.5882550
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.281 46 -
Rwork0.322 932 -
obs--98.39 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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