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万見
- PDB-3etb: Crystal structure of the engineered neutralizing antibody M18 com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3etb
タイトルCrystal structure of the engineered neutralizing antibody M18 complexed with anthrax protective antigen domain 4
要素
  • Anthrax Protective Antigen
  • Antibody M18 light chain and antibody M18 heavy chain linked with a synthetic (GGGGS)4 linker
キーワードIMMUNE SYSTEM/TOXIN / single-chain FV / monoclonal antibody / immunoglobulin / toxin / antibody-antigen complex / IMMUNE SYSTEM-TOXIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host MAPK cascade / : / host cell cytosol / Uptake and function of anthrax toxins / host cell endosome membrane / protein homooligomerization / toxin activity / host cell plasma membrane / extracellular region / metal ion binding ...symbiont-mediated suppression of host MAPK cascade / : / host cell cytosol / Uptake and function of anthrax toxins / host cell endosome membrane / protein homooligomerization / toxin activity / host cell plasma membrane / extracellular region / metal ion binding / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #810 / Protective antigen domain 4 / : / Anthrax protective antigen, immunoglobulin-like domain / PA14/GLEYA domain / PA14 domain profile. / Bacterial exotoxin B / Protective antigen, heptamerisation domain / Protective antigen, Ca-binding domain / Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA, domain 3 ...Immunoglobulin-like - #810 / Protective antigen domain 4 / : / Anthrax protective antigen, immunoglobulin-like domain / PA14/GLEYA domain / PA14 domain profile. / Bacterial exotoxin B / Protective antigen, heptamerisation domain / Protective antigen, Ca-binding domain / Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA, domain 3 / Protective antigen, heptamerisation domain superfamily / Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA Ca-binding domain / Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA domain 2 / Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA domain 3 / PA14 domain / PA14 / PA14 domain / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protective antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Bacillus anthracis (炭疽菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Monzingo, A.F. / Leysath, C.E. / Barnett, J. / Iverson, B.L. / Georgiou, G. / Robertus, J.D.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of the engineered neutralizing antibody M18 complexed to domain 4 of the anthrax protective antigen.
著者: Leysath, C.E. / Monzingo, A.F. / Maynard, J.A. / Barnett, J. / Georgiou, G. / Iverson, B.L. / Robertus, J.D.
履歴
登録2008年10月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年8月2日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 1.32017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42021年10月20日Group: Database references
カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.62024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
F: Antibody M18 light chain and antibody M18 heavy chain linked with a synthetic (GGGGS)4 linker
G: Antibody M18 light chain and antibody M18 heavy chain linked with a synthetic (GGGGS)4 linker
H: Antibody M18 light chain and antibody M18 heavy chain linked with a synthetic (GGGGS)4 linker
I: Antibody M18 light chain and antibody M18 heavy chain linked with a synthetic (GGGGS)4 linker
J: Anthrax Protective Antigen
K: Anthrax Protective Antigen
L: Anthrax Protective Antigen
M: Anthrax Protective Antigen


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,4658
ポリマ－173,4658
非ポリマー00
水00
1
F: Antibody M18 light chain and antibody M18 heavy chain linked with a synthetic (GGGGS)4 linker
J: Anthrax Protective Antigen


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,3662
ポリマ－43,3662
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
G: Antibody M18 light chain and antibody M18 heavy chain linked with a synthetic (GGGGS)4 linker
K: Anthrax Protective Antigen


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,3662
ポリマ－43,3662
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
H: Antibody M18 light chain and antibody M18 heavy chain linked with a synthetic (GGGGS)4 linker
L: Anthrax Protective Antigen


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,3662
ポリマ－43,3662
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
I: Antibody M18 light chain and antibody M18 heavy chain linked with a synthetic (GGGGS)4 linker
M: Anthrax Protective Antigen


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,3662
ポリマ－43,3662
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.940, 299.720, 68.950
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.45, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細Asymmetric unit contains 4 biological units.

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要素

#1: 抗体
Antibody M18 light chain and antibody M18 heavy chain linked with a synthetic (GGGGS)4 linker


分子量: 26866.584 Da / 分子数: 4
変異: I21V, L46F, S56P, S76N, Q78L, L94P, S1030N, T1058S, K1065E, T1069I
由来タイプ: 組換発現 / 詳細: periplasm / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pAK400 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Jude-1
#2: タンパク質
Anthrax Protective Antigen / PA / PA-83 / PA83 / Anthrax toxins translocating protein [Contains: Protective antigen PA-20 and ...PA / PA-83 / PA83 / Anthrax toxins translocating protein [Contains: Protective antigen PA-20 and Protective antigen PA-63]


分子量: 16499.588 Da / 分子数: 4
Fragment: Domain 4 of protective antigen PA-63: UNP residues 621-764
由来タイプ: 組換発現 / 詳細: secreted / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 遺伝子: pagA, pag, pXO1-110, BXA0164, GBAA_pXO1_0164 / プラスミド: PX01 / 発現宿主: Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株 (発現宿主): avirulent / 参照: UniProt: P13423
Has protein modificationY
配列の詳細RESIDUE NUMBERS FOR ANTIBODY M18 HEAVY CHAIN FRAGMENT HAVE OFFSET 1000 TO DISTINGUISH THEM FROM THE ...RESIDUE NUMBERS FOR ANTIBODY M18 HEAVY CHAIN FRAGMENT HAVE OFFSET 1000 TO DISTINGUISH THEM FROM THE ANTIBODY M18 LIGHT CHAIN FRAGMENT WHICH HAS ORIGINAL RESIDUE NUMBERING.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.68 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 10% PEG 20000, 0.05 M Tris-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年6月27日 / 詳細: blue max-flux confocal
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.8→50 Å / Num. obs: 18357 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Χ2: 1.042 / Net I/σ(I): 6.1
反射 シェル解像度: 3.8→3.94 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.283 / Num. unique all: 1705 / Χ2: 1.35 / % possible all: 91.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 3ESU, 1ACC

3esu

1acc


解像度: 3.8→20 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.837 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Non-crystallographic symmetry restraints have been used for positional refinement. Group B factors were refined (2 per residue).
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.276 819 4.3 %random
Rwork0.232 ---
all0.232 16142 --
obs0.232 16142 83.8 %-
溶媒の処理Bsol: 10 Å2
原子変位パラメータBiso max: 100 Å2 / Biso mean: 13.505 Å2 / Biso min: 10 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.039 Å20 Å25.704 Å2
2---4.314 Å20 Å2
3---9.352 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11546 0 0 0 11546
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.45
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: CNS_TOPPAR:protein_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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